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在正史記載中，倉央嘉措的歷史蹤跡，戛然而止於青海湖附近。無論是作爲一位宗教領袖，還是那個人們喜愛的風流浪子，他的故事似乎都應該在1706年（康熙四十六年）冬天，隨着青海湖畔的寒風而逝。
然而倉央嘉措的身影並未定格，關於他的身後事，與他的政治生涯、日常生活一樣，即使在正史文獻中也充滿了語焉不詳甚或相互矛盾之處。這裡面並不排除當時各方政治勢力的有意捏造，更不排除後世人出於某種忌諱的有意篡改。再加上民間傳說神秘的演繹，倉央嘉措的身後行蹤，更顯撲朔迷離。
舉一個很簡單的例子，一個人的身後事，無非就是死亡地點和死亡時間。按照正史記載，倉央嘉措在被押送北京的途中、路過青海湖附近時亡故，那麼，具體地點在哪裡呢？翻遍漢藏蒙三文史籍，有“青海道”、“西寧口外”、“青海”、“青海湖”、“黑河附近”、“工噶洛”、“公噶瑙湖”（也做袞噶瑙）等多種記載，這些地點的大致範圍都在西寧以西、那曲以北，所以，後世史書乾脆通稱“青海湖畔”或“青海湖附近”。
然而，倉央嘉措是藏傳佛教格魯派的第六世喇嘛，也是西藏當然的政教領袖，雖然他被押往北京，但在清中央政府議罪之前，至少在名義上他還沒到隨便哪個小人都可以踩上一腳的地步。這樣身份的人，死亡的具體地點怎麼會如此語焉不詳？
於是，另一種說法便也有考證的價值——沒死。正因爲沒死，所以那些無中生有的人只好隨便說個大概地點，又沒有一個精確、統一的口徑，所以在漢語、藏語和蒙語的不同史籍中，出現了多種記載。
然而這樣一來，倉央嘉措的死亡時間又成了疑案了。
同時，既然沒死，爲什麼又有人記載他死了呢？這又怎麼解釋？
如此，關於他的身後事，給後世留下了一個長達三百年的歷史謎團，至今也無定論。
綜合正史和野史的記載，關於倉央嘉措的死亡時間和地點，總結起來，有三大類八種之多。
第一類：死亡說，或叫早逝說，也就是認爲倉央嘉措於1706年死於青海湖附近。這也是近代宗教、文化研究者比較認同、廣泛採用的說法。
這一類觀點又分爲三種：其一，病逝說，認爲他患水腫病故；其二，謀害說，認爲他被拉藏汗的和碩特蒙古勢力害死。這兩種說法是目前認爲比較可信的。早年間還存在第三種說法，即自殺說，這種說法十分不可靠，現在幾乎沒有人持有這種觀點。
第二類，非死亡說，也就是目前民間比較流行的“遁去說”。
此類說法又有不同版本：其一，失蹤說，認爲他自行逃走，民間有他“施力”掙脫刑枷而脫身的記載；其二，放行說，認爲押解者迫於兩難局面，“懇請”他逃走；其三，營救說，有史料記載他被其他政治勢力接走，此後隱姓埋名。
至於他“遁去”之後的事，都落在“阿拉善”。無論是自行逃走，還是被放行走脫，或者被營救而走，無非是“遁去”的方法不一樣，到了最後，他的最終歸宿都是在賀蘭山附近的內蒙古阿拉善旗終老。因此，學界也將幾種說法統歸爲“阿拉善說”。
第三類，五臺山說。五臺山說又有兩個版本，其一是五臺山囚禁說，也就是說倉央嘉措被一路押解到北京，後來被康熙皇帝囚禁於五台山終老；其二是五臺山隱居說，這個說法實際上是“阿拉善說”的插曲，認爲倉央嘉措“遁去”後輾轉來到五臺山，隱居六年之後，最終又云游到阿拉善去了。
如此紛亂的各種觀點，給倉央嘉措1706年後的“身後事”留下了種種謎團，如何穿越層層歷史迷霧，找到歷史真相呢？
遺憾的是，迷霧是可以穿越的，對史料的質疑、辨別、考證、舍取都是可以做到的，但歷史真相，直到現在也無法找到。現代人能夠做到的，僅僅是將各類觀點逐一理清，努力找到其中可信度較高的部分。
我們先從比較簡單的說法入手——五臺山說。
很多人認爲，這一觀點見於近代學者牙含章先生的著作《喇嘛傳》。
牙含章（1916～1989年），甘肅和政縣人，20歲時曾在格魯派六大叢林之一的拉卜楞寺學習藏文，之後作爲嘉木樣活佛的漢文秘書隨行到拉薩，並在哲蚌寺學習了寺內藏文佛教古籍。此後，他參加了革命，並在戰爭時期堅持民族歷史的研究。解放後，他曾作爲班禪行轅助理代表護送班禪大師進藏，並在西藏工作7年。其後他擔任過中國科學院民族研究所所長等職，是我國著名的社會學家、民族學家。
1952年開始，牙含章先生深入研究西藏曆史，寫成了26萬餘字的《喇嘛傳》和近30萬字的《班禪額爾德尼傳》。這兩部著作一直被現代學者認爲是研究喇嘛、班禪額爾德尼兩世系活佛生平的信史。
在《喇嘛傳》中，關於倉央嘉措的死因和下落，牙含章並未定論，而是並列了死亡、遁去和五臺山三種說法，之後緊接着說“西藏人民一直認爲倉央嘉措死在青海海濱”。
其中五臺山一說，牙含章先生說，這見於藏文的《十三世傳》。他簡單地歸納爲“十三世到山西五臺山朝佛時，曾親去參觀六世倉央嘉措閉關靜坐的寺廟”。而他看到的藏文原文，翻譯過來的大意是：十三世喇嘛曾在五臺山朝佛時，於倉央嘉措閉關修行的公亞東山洞中，爲紀念這位前輩唸誦《大慈悲經》21日。
然而奇怪的是，這一細節在牙含章《喇嘛傳》的“十三世喇嘛土登嘉措”一節中絲毫不見記載，只簡要地敘述了十三世喇嘛途經五臺山的活動，無外乎是講經說法和會見一些外國使節等。
可見，牙含章並不是傾向於“五臺山說”的：在“六世喇嘛”一節中，他只不過是並列出幾種民間說法，而非做出結論性意見；在“十三世喇嘛”一節中，他認爲“參觀遺蹟”一事根本不值一提，不宜再做史料記載。況且，牙含章並未明確指出倉央嘉措是“五臺山隱居”還是“五臺山囚禁”。
因此，凡是用牙含章的《喇嘛傳》作爲“五臺山說”正史證據的，全都是斷章取義，絕不能將學者列舉的傳說、猜測性說法當做他的學術觀點。
但是因爲在民間，這種觀點確實比較流行，雖屬無稽之談，但有必要繼續分析一下“五臺山說”到底有多大的可信度。
第一，五臺山隱居說，可信度非常低，低得簡直可以不去考證。
民間的說法中，倉央嘉措“遁去”之後，遊歷到五臺山，找了一個山洞避難。有一天，來了一位姑娘，送他一幅觀音畫像。他把像掛在壁上，開始念“安像咒”，這時姑娘忽然離地而起，冉冉走入像中。那幅像中的觀音開口說道：“不必再念，我已到像中來了！”這時倉央嘉措才醒悟，原來那姑娘是觀音的化身。因此，那幅畫像被稱爲“說過話的像”，他修法的山洞被稱爲“觀音洞”。
這種事兒足以讓人相信嗎？很好笑的是，如果我們什麼都信，那就會聯想出一件荒唐的事情——在藏傳佛教中，喇嘛被視爲觀音菩薩轉世，一個化身遇到另一個化身，竟然不認識，這是什麼邏輯呢？
這座“觀音洞”，現在山西五臺山臺懷鎮南二里處的一個懸崖上，規模不大，有上、下兩院，上院在山上，殿後有天然石洞兩個。左洞相傳是觀音菩薩修行過的地方，右洞相傳就是倉央嘉措住過的。而下院在山腳處，據說倉央嘉措也曾在這兒靜坐修持過。
很顯然，這是個民間傳說。幾乎所有有佛寺的地方都有類似的故事，更何況五臺山這樣歷史悠久的名勝之地。
說它可信度低，是從情理上推斷：倉央嘉措不敢來、五臺山不敢收。
從康熙二十二年（1683年）到康熙四十九年（1710年），康熙皇帝五次“巡幸五臺山”，此地儼然是半個皇家寺廟基地，寺院管理一定非常嚴格。雖然清朝前期廢除了度牒制度，但卻是中國歷史上僧官制度最爲完備的時期。京師設僧錄司，地方上從行省、道到縣分三級設立僧綱司、僧正司、僧會司（唯獨湖南衡山縣破格設省級的僧綱司）。尤其值得注意的是，這些僧務機構都是設置在寺院之內的。這就是說，地方寺院都有政府派來的官員。
那麼，一個漢語講得很可能不太靈光的僧人，跑到五臺山這樣的皇家宗教重地“掛單”六年，倉央嘉措怎麼可能有這樣大的膽子？藏在鄉野之間尚且提心吊膽，難道他還敢跑到中原腹地、尤其是五臺山這樣顯眼的地方？況且，誰也不知道康熙帝會不會再次“巡幸”，又有哪間寺廟敢收留外來僧人？
“五臺山隱居說”更不可信的地方在於，它被“嫁接”到“遁去說”中，成爲倉央嘉措四方雲遊的一段插曲。
第二，五臺山囚禁說，可信度不高。至少，囚禁在五臺山是不足信的。
首先，如果倉央嘉措被順利押解到北京，並見到康熙皇帝，康熙皇帝的做法很可能是規勸和教導一番，之後大張旗鼓地送他回西藏。如果秘密處決，或者羈留囚禁，西藏的局勢穩定不住，會激起藏民的不滿。康熙絕對不會做這樣的事情。
這一點在介紹“阿拉善說”時還會詳細分析。
其次，即使是對外宣稱倉央嘉措已經死在青海，康熙也不大可能將他秘密囚禁在五臺山。因爲，至少在順治皇帝派阿旺老藏（也就是康熙皇帝賜號的“清涼老人”）任“總理五臺山番漢喇嘛”之前，五臺山已經開始了漢、蒙、藏三族共建的局面，康熙時期五臺山的藏傳佛教寺廟已經不少。
以藏傳佛教對喇嘛的尊崇，康熙皇帝將倉央嘉措囚禁於此，豈不是故意激起民族矛盾、惹禍上身？即使倉央嘉措被迫隱匿身份，但這些寺廟的喇嘛們見到一個會說藏語的陌生僧人，難道不會生疑？
況且，如果此說成立，雖然清宮檔案可以銷燬記錄，但沒有不透風的牆，至少應該存在兩類野史材料：一、某大臣對康熙囚禁倉央嘉措事件的筆記；二、某個五臺山喇嘛對倉央嘉措的回憶錄。然而，即使這樣的野史，現在也沒有發現，更別提倉央嘉措用過的東西這樣的物證了。
那麼，牙含章先生提到的藏文《十三世喇嘛傳》的記載到底是怎麼回事呢？
據有些學者的推測，真實的情況很有可能是這樣的：十三世喇嘛確實在五臺山參觀了一些寺廟，而當時的漢族地區已經流傳出“五臺山說”，或者，十三世喇嘛在參觀的時候想起了倉央嘉措的命運多舛，不由得憑弔一番，這樣，後人誤傳他參觀的寺廟是倉央嘉措住過的，再之後便明目張膽地成爲“五臺山說”的直接證據了。
爲什麼十三世喇嘛會想起倉央嘉措、並感同身受般憑弔一番呢？這就要說到他當時的處境。
十三世喇嘛土登嘉措，清光緒二年（1876年）5月出生，20歲時親政。
在19世紀70年代，毗鄰西藏的中國外藩全部被納入了英國勢力範圍。1884年，英國開始打西藏的主意，經過多次的試探後，1888年3月，英國終於動用了武力。十三世喇嘛雖然極力抗擊侵略者，但得不到的清政府的支持，抗英行動只能以失敗告終。1888年是藏曆土鼠年，因此藏胞稱這次的抗英戰爭爲“土鼠年戰爭”。
1903年秋，在英國人榮赫鵬的帶領下，英軍第二次進軍西藏，並於1904年8月佔領了拉薩。在此之前，十三世喇嘛已經離開拉薩，想去北京求援。但清政府以“貽誤兵機，擅離招地”爲由，革去了他的喇嘛名號。無奈，他只能改道去蒙古，並在庫倫（今蒙古烏蘭巴托）滯留到1906年；此後，又暫居青海塔爾寺一年多。他想回西藏，但駐藏大臣不許，他想去北京，又沒有了名號，就這樣，顛沛流離了三年，他才被允許進京覲見皇帝。
可當他1908年正月途徑五臺山的時候，清政府那邊卻沒信兒了，他只好在五臺山住了半年多。在此期間，德國、日本、美國、沙俄等國使臣和代表不斷地來“看望”他，他難免擔心這樣的“外事活動”會遭到清政府進一步的懷疑和不滿。此時的十三世喇嘛，真是內外交困，難免聯想起同樣命運多舛的倉央嘉措。他們的共同之處是在面臨敵對勢力的時候，都得不到中央政府的有力支持，一個是當時的“假”，一個是此時的“被革”；一個是當時被押解進京，一個是想進京卻受到百般阻撓。此時的十三世喇嘛找間寺廟參觀一下，如果恰好聽到倉央嘉措“五臺山說”的故事，雖然他是不相信的，但記錄者筆下的附會之處，也是在所難免。
由此看來，無論是“五臺山隱居說”，還是“五臺山囚禁說”，幾乎都無法成立。
此外，學界還有對“五臺山囚禁說”的另外一種批評意見：藏文版《十三世喇嘛傳》中確實有他朝拜六世喇嘛遺蹟的活動記載，但此處文字僅僅說“六世喇嘛”，並沒有明說是倉央嘉措，還是後來的益西嘉措。持此觀點的人認爲，益西嘉措後來被囚禁在五臺山，後人混淆、訛傳，流傳出倉央嘉措的“五臺山囚禁說”；甚至還有好事者要考證益西嘉措最後是否被囚禁在五臺山。
首先必須要說明的是，牙含章引用這段文字的時候，明確點出了“倉央嘉措”的字樣，分析一件不存在的事兒，根本就是無的放矢。
其次，這種觀點不合情理和邏輯，簡直就是癡人說夢。