同時明陝西三邊總督：洪承疇，則在平涼府槐安堡打敗農民軍，逼其逃奔亂竄。
隨後農民軍就去攻打平涼府華亭縣、莊浪縣，而官兵們則分頭追捕，皆破潛匿着的農民軍。
先是延西諸寇被明陝西三邊總督下令誘降、招撫，蕩清了部分流寇，僅有農民軍；郝臨庵、可天飛、獨行狼、劉道江，逃入慶陽府鐵角城內躲着。
獨行狼、李都司，急忙趕去同他們會合，可天飛、劉道江，就攜手一起圍攻慶陽府合水縣。
好在明臨洮衛總兵：曹文詔，及時前去援救，故此農民軍當即就隱藏了自己的精銳部隊，只讓一千多騎兵出來迎戰，引誘明軍抵達慶陽府合水縣南原鄉時伏兵大起。
城上的農民軍們大喜，紛紛呼喊道“呵呵！曹總兵這次死定了。”
但話音剛落，就見到一杆銀白色的金槍，從人羣中殺了出來，農民軍一看發現果然是曹總兵。
只見明臨洮衛總兵拿着長槍，在敵人中間來回衝擊，單槍匹馬被包圍在萬餘名農民軍中間。
各軍見狀連忙以火炮營轟炸，騎兵出擊配合援助，致使農民軍再次大敗伏屍遍野，殘餘的農民軍逃往桐川橋去了。
之後明臨洮衛總兵：曹文詔、明臨洮衛左參將：曹變蛟、明鳳翔守禦千戶：馮舉、明甘肅總鎮總兵：楊嘉謨、明西寧衛指揮使：方茂功，追上他們衝鋒陷陣，拼命廝殺讓農民軍又一次大敗落荒而逃。
此刻陝西承宣布政使司境內的，原任朝廷明通政使：馬鳴，上奏道“三秦爲海內上游，延綏總鎮、慶陽府爲關中屏藩，榆林衛又爲延綏總鎮、慶陽府之屏藩，無榆林衛則必無延綏總鎮、慶陽府，若無延綏總鎮、慶陽府必無關中矣！乃自盜發以來破城屠野，四載於茲，良以盜衆我寡、盜飽我飢，內鮮及時之餉，外乏應手之援，揆厥所由，緣廟堂之上，以延綏總鎮、慶陽府視延綏總鎮、慶陽府，未嘗以全秦視延綏總鎮、慶陽府，若以秦視秦，未嘗以天下安危視秦，而且誤視此流寇爲饑民，勢焰燎原，不可撲滅，若非亟增大兵措大餉，爲一勞永逸之計，恐官軍騖於東，賊馳於西，師老財匱，揭竿莫御，天下事尚忍言哉！乞敕所司，亟措餉二十萬，給民牛種，爲兵士犒賞，急圖安戢，庶全秦安而各鎮安矣。”
此奏章說出了陝西承宣布政使司的叛軍與流寇之弱點，可惜朝廷官員無一人能夠聽懂其中含義！
接着明山西總鎮總兵：張應昌，出擊圍剿斬殺農民軍：黃友才，暫時穩定住山西承宣布政使司境內的流寇局面。
2月10日，陝西承宣布政使司延綏總鎮寧塞堡叛軍們，再次死灰復燃，還煽動守軍拉攏百姓扯旗造反，並夜攻入延安府鄜州，斬殺明鄜州兵備道僉事：郭應響，劫掠延安府。
3月17日，農民軍攻陷平涼府華亭縣，而明華亭縣知縣：徐兆麟，剛剛赴任七日，在城陷之時，他竟然不顧百姓安危獨自一人逃跑，也不組織任何抵抗！
以至於縣衙衙役、捕快，以及縣城守軍們還沒反應過來，就被農民軍衝進城內拿下縣城，城內軍民們人人皆喊太冤。
4月初6日，湖廣承宣布政使司流盜進入江西承宣布政使司，活動於南安府崇義縣與贛州府興國州一帶，又順勢北上流竄到吉安府泰和縣、萬安縣、龍泉縣等處。
7月初3日，山西承宣布政使司農民軍繼續攻陷平陽府大寧縣。
8月11日，明臨洮衛總兵：曹文詔、明寧夏衛總鎮總兵：賀虎臣、明固原衛總鎮總兵：楊麒，在延安府甘泉縣虎兕凹鄉合力圍剿，打敗農民軍大獲全勝。
同時明陝西三邊總督：洪承疇，下令脅從明軍剿賊者免死，還招降了農民軍四千人，解散者則有數千人，其餘農民軍皆散匿於山谷之中。
之後明陝西三邊總督在平涼府斬殺了農民軍：可天飛，降服其將領：白廣恩，其餘的農民軍分路逃竄了。
由明臨洮衛總兵：曹文詔，在平涼府、鳳翔府之間追殲他們。
隨後就逼向西安府耀州錐子山的農民軍，其黨羽立刻殺死首領：獨行狼、郝臨庵，投降了明軍，被明陝西三邊總督斬殺了其中四百多人，其餘的遣散回家，關中西安府的農民軍這下子基本上都被剿滅了。
這時明陝西總鎮巡按兼都察院左副都御史：範復粹，在遞給朝廷的奏章中，總計歷次戰鬥中，共斬獲的首級有；三萬六千六百多，以明臨洮衛總兵：曹文詔，的功勞第一、明甘肅總鎮總兵：楊嘉謨，的功勞第二、明延綏總鎮總兵：王承恩、明固原衛總鎮總兵：楊麒，分別在第三和第四。
其中明臨洮衛總兵在陝西承宣布政使司時，經過大小几十次戰鬥立功最多，但明陝西三邊總督：洪承疇，卻沒有給他記功！
故此明都察院陝西道監察御史：吳牲，十分推崇曹總兵，就連明陝西總鎮巡按兼都察院左副御史：範復粹，也再次上書彙報，但兵部還是壓低他的功績，最後還是沒有給曹總兵論功行賞。
在這個時候農民軍們看到陝西明軍兵力開始強盛，就大都流入山西承宣布政使司境內，他們的首領：紫金樑（王自用）、混世王（馬光玉）、姬關鎖（武自強）、西營八大王（張獻忠）、曹操（羅汝才）、闖塌天（劉國能）、闖王（高迎祥）分別統帥七大營部將，總計兵馬25萬。
每部人數多的有一萬人，少的也有五千人，在山西承宣布政使司平陽府、太原府，一帶肆意劫掠錢糧活動。
明都察院左都御史：張宸極，就上書朝廷，說道“賊寇是從陝西承宣布政使司來的，而陝西承宣布政使司圍剿流寇的將領，臨洮衛總兵：曹文詔，素有威名又受到士紳百姓們的擁戴，還爲他編歌謠，稱讚說；軍中有一曹，西賊聞之心膽搖，而且他曾經在山西承宣布政使司也立過戰功，如今陝西承宣布政使司的賊寇，都差不多已經消滅殆盡了，應該下令讓他進入山西承宣布政使司圍剿流寇。”
於是朝廷命令山西承宣布政使司、陝西承宣布政使司的各位將領，一同受曹總兵的指揮。
8月27日，賊首：紫金樑（王自用）、老回回（馬守營）、八金剛（韓國基）以三萬人圍攻山西承宣布政使司澤州沁水縣竇莊村堡，明寧武守禦千戶：猛忠，出擊戰死！
此時恰好明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事：張道浚，因貪污受賄被朝廷貶入山西承宣布政使司太原府忻州。
在得知流寇們入侵家鄉澤州之時，他親率其族抵禦。
還命令堂兄明忻州遊擊將軍：張瓚，帶領一批南鎮撫司錦衣衛隊與勇衛營，以及先頭部隊潼關衛明軍，出戰打退流寇圍擊。
逃回去的流寇們就把消息傳出去，給農民軍各部首領聽，在聽聞陝西承宣布政使司有明軍的到來？
這讓之前從陝西承宣布政使司，流竄過來的流寇們嚇得驚慌失措，農民軍首領：紫金樑（王自用）計劃擒拿這位張錦衣衛指揮僉事，用來威脅明軍將領。
但是幾次進攻都拿不下，致使農民軍損兵折將，他急忙來到陣前想以張錦衣衛指揮僉事爲由讓朝廷招降，這樣也好提出相應的籌碼，免得日後在顛沛流離。
便在陣前舉起白旗。
但明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事見狀，以爲是小隊流寇部將？就讓人傳話令流寇將領放下武器。
但對面的農民軍首領：紫金樑（王自用）卻大聲高呼道“我乃王自用也，因誤從流寇王嘉胤叛亂，至此顛沛流離已然醒悟，特來乞降！”
同去的另一人也向明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事，解釋道“我乃是延安府宜川縣廩生：韓廷憲，爲流寇首領王嘉胤所俘，今後願意誓死受張指揮僉事的管束。”
明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事慰勞他們，讓他們先回去，在暗中派人去利誘韓廷憲，讓他當農民軍的內應，去說服各部農民軍將領，若是真能招安也算是他的功勞。
正巧此時農民軍：老回回（馬守營）率軍趕到，明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事害怕事情會敗露，就讓農民軍首領：紫金樑（王自用）先送還明軍戰俘，他則回去請旨謀劃招安方略。
於是農民軍們還其戰俘，拔營而西撤退入澤州陽城縣境內，雖然流寇首領提出了招安？
但是明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事依舊對此有所懷疑？不太相信，還勸說明山西總鎮巡撫：宋統殷，提防一二。
而農民軍在澤州陽城縣倒也老實，遵守了與大明軍隊所訂立的規約按兵不動。
韓廷憲每天開始催促農民軍首領：紫金樑（王自用）接受招安，但紫金樑在與各部將領們商議之後，還是猶豫不決，他害怕在招安之後兔死狗烹？會變成第二個水泊梁山的大宋楚州安撫使：宋江？
就這樣時間一拖到了9月17日，明軍見流寇沒有絲毫投降之意？
便再次發動了進攻，炮聲一響農民軍將領們各個大怒，責怪韓廷憲毀約，便南下進入河南承宣布政使司懷慶府攻打濟源縣、溫陽縣。
農民軍首領：紫金樑（王自用）命令農民軍：闖王（高迎祥）、混世王（馬光玉）、西營八大王（張獻忠）、闖將（李自成）合攻山西承宣布政使司平陽府蒲州、蒲州守禦千戶所、大寧縣，澤州陽城縣，等地。
此刻韓廷憲知道流寇賊首：紫金樑（王自用）已對他有所懷疑了，想殺他投降官軍？（不知是不是真降？）就發信約明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事在澤州沁水縣沁河接應。
於是明南鎮撫司錦衣衛指揮僉事，就派遣了明澤州遊擊將軍：劉偉，去與流寇談話。
當晚因有流寇攻打明沁水縣生員：蓋汝璋，的莊院被與明軍交談的韓廷憲得知，他認爲勸流寇投降之事已經行不通了！便與明澤州遊擊將軍一起逃走。