朝廷爲了監視剿賊諸將們的功罪勤惰，特命明內官監右少監：陳大金、明司禮監左少監：閻思印、明直殿監太監：謝文舉、明司設監右少監：孫茂霖，分別監視；明山西都指揮同知：曹文詔、明山西總鎮總兵：張應昌、明援剿副總兵：左良玉、明援剿總兵兼四川總鎮總兵：鄧玘，等將領們的軍紀功過。
並催戶部發糧餉，仍發內帑四萬兩白銀、素紅蟒綢緞四百匹、紅素千匹，軍前給賞。
這時明山西都指揮同知：曹文詔，出兵夜襲流寇於北直隸廣平府邯鄲縣偏店鄉，使得流寇兵敗退走山路，墜山谷死傷者佔大半。
明軍將領們則合兵追逐流寇到清河，奪馬騾數千匹，把北直隸流寇們盡數逼出去到河南承宣布政使司彰德府。
6月14日，四川明軍遭流寇伏兵進攻，兵敗於河南承宣布政使司彰德府林縣，明趙恪親王：朱常㳛，開始告急，連忙乞求地方駐軍增強對；趙親王府護衛指揮使司（彰德衛）、趙親王府儀衛司、趙親王府羣牧所，三處藩王封地的保護，以拱衛趙親王殿下自己的安危。
接着流寇們兵圍河南承宣布政使司彰德府湯陰縣、林縣、涉縣、武安縣，以及衛輝府輝縣。
部分流寇還從山西承宣布政使司澤州陽城縣、平陽府垣曲縣，北上合兵於太原府清源縣攻陷了遼州和順。
明援剿副總兵：左良玉，破賊於懷慶府懷慶衛解救了鄭親王殿下，逼流寇盡奔走太行山之上，又擔心河南承宣布政使司流寇盜蔓延，特命明濟南府總兵：倪寵、明京營副將：王樸，分率京營兵馬前來。
在以明司禮監內監：楊進朝、明御用監太監：盧九德，賜給二位將帥弓矢一千五百張、戰馬三百匹，健丁三百人，馳赴河南承宣布政使司協助剿賊。
7月21日，流寇們屯兵於河南承宣布政使司彰德府與山西承宣布政使司汾州府一帶，由明山西總鎮總兵：張應昌，出擊進剿。
其中明汾州府知府：費甲鏸，以逼迫百姓壓榨賦稅出名，故此在流寇殺來之際只能投井而死。
山西流寇們還趁勢攻陷了太原府樂平縣、河南流寇們則攻打彰德府，明援剿副總兵：左良玉，急忙率軍前去禦敵。
隨後山西流寇們又繼續攻陷澤州永和隘與沁水縣！
8月16日，因原陝西明軍被北調入京，去遼東都指揮使司關外抗後金，致使陝西承宣布政使司明軍兵力空虛之際，流寇們又復起造反。
在平涼府舉兵攻佔了靜寧州隆德縣，斬殺明隆德縣知縣：費彥芳，負責鎮守平涼府的明固原衛總鎮左參政：陸夢龍，率明軍出擊，不幸戰死於隆德縣城下。
嚇得明韓穆親王：朱亶塉，惶恐不安！
不過他並沒有灰心，而是加強了韓親王府儀衛司、韓親王府護衛指揮使司（安東中護衛）的人數兵力。
9月初3日，明山西總鎮總兵：張應昌，追擊進入河南承宣布政使司的流寇，在河南府弘農衛靈寶縣、陝州平陸縣一帶，擒獲了農民軍將領：一盞燈（張有義）。
不過河南府雒陽縣境內的明福恭親王：朱常洵，倒是沒有害怕流寇，反而是剿賊明軍們經過河南府時都眼巴巴的看着，富甲天下的福親王府黃金糧餉乾瞪眼。
10月17日，山西承宣布政使司、河南承宣布政使司各部農民軍們組成二十四營，渡河大規模進軍河南承宣布政使司尋找糧食打着劫富商口號，還進犯河南府閿鄉縣、澠池縣。
之後農民軍擔心，又會遭到明軍的圍攻，便決定再次分散行動，有的繼續留在河南承宣布政使司，有的則南下湖廣行都指揮使司以及湖廣承宣布政使司、有些則跑回去老家陝西承宣布政使司，更有些甚至開始往北組隊進入北直隸、山西行都指揮使司。
至此中原地帶大多數官宦、富商、鄉紳門戶都被流寇們劫掠，農民軍們還大肆宣傳讓百姓們參與造反，抵抗朝廷反擊明軍的宣傳口號。
12月初2日，河南承宣布政使司農民軍們進攻汝州伊陽縣、河南府盧氏縣等地，又劫掠南陽府淅川縣、內鄉縣，以及湖廣行都指揮使司襄陽府光化縣、均州，導致大批百姓們苦不堪言！
進入湖廣行都指揮使司的流寇們，還扮成進香客趁機攻陷湖廣行都指揮使司鄖陽府鄖西縣、上津縣。
期間流寇們還哄騙百姓加入，又開倉放糧、散銀，致使兵力擴充至30萬人。
以至於襄陽府封地的明襄忠親王：朱翊銘，非常害怕整天提心吊膽的，他急忙增派襄親王府儀衛司、襄親王府護衛指揮使司（襄陽護衛）以及襄陽衛，來加強防禦。
而陝西承宣布政使司農民軍：鑽天哨、開山斧，則獨據延安府延川縣永寧關，憑前阻山險下臨黃河，讓明軍們久攻不下。
明延綏總鎮巡撫：陳奇瑜，圖謀取之，他發繳榜文集合明軍出兵七千人，進抵延安府延川縣悄悄帶兵入山。
待明軍上山後開始追殺農民軍，聽聞明軍漫山遍野襲來，讓流寇們不敢輕易戀戰倉皇潰佚，被明軍焚其巢穴，斬首1千6百人，剷平了延安府流寇，也讓明延綏總鎮巡撫聲威大振。
但不幸的是陝西承宣布政使司、山西承宣布政使司又發生天災接連大旱！
明崇禎七年公元1634年正月16日，農民軍：王崗、王志臣（豹五）、通天柱（孝義），等流寇將領們因無糧食吃，又被明軍圍住各處關卡，不得不前來太原府首府陽曲縣內歸降。
明太原府巡撫：戴君恩，得知情況後大喜，連忙設宴灌醉敵人誘殺流寇，共斬首四百二十九人。
而太原府岢嵐州農民軍：顯道神（高加計）略懂天文地理和一些法術，他在州縣境內登臺蠱惑並算出來年會天將大旱，還分發糧食給百姓，使得投賊者甚多。
很快大明北直隸京畿帝都的精銳兵力開始集結，這讓剛剛進入北直隸大名府境內的流寇們聽聞一點消息後，便匆忙逃出往南撤。
部分河南流寇從南陽府新野縣渡江，進入湖廣行都指揮使司，又掠奪襄陽府谷城縣、光化縣。
其中襄陽府境內還有不少百姓從賊！配合流寇打擊明軍四處搶掠，與農民軍合併總計四千人圍攻襄陽府均州，在南下荊州府圍攻夷陵州。
使得南陽府封地內的明唐親王：朱聿鍵（未來的南明紹宗隆武襄皇帝）拿出唐親王府庫銀，招募得一千人，加入到唐親王府儀衛司、唐親王府護衛指揮使司（南陽中護衛）以及南陽衛當中。
但是荊州府首府江陵縣的明遼懿親王：朱術雅，與荊州府歸州的明惠安親王：朱常潤，兩人岌岌可危！也分別拿出庫銀組建了遼親王府護衛指揮使司、惠親王府護衛指揮使司。
但由於兩人都沒有儀衛司，故此又增加了遼親王府儀衛司與惠親王府儀衛司總計三千人，分別保護兩位藩王殿下的安全。
另一邊在陝西承宣布政使司漢中府境內，由土匪、山賊與暴民們組織起的聯軍，聯合攻陷了漢中府洵陽縣，進逼興安守禦千戶所，使得部分陝西農民軍們響應漢中府暴動。
接着流寇聯軍們連續攻陷了漢中府紫陽縣、平利縣、白河縣，使得明興安守禦千戶：王道臺，害怕千戶所城陷！他急忙發信號請求支援。
明陝西三邊總督：洪承疇，得知消息後立即率兵趕赴救援，明陝西總鎮巡撫：練國事，則急忙移兵到西安府商州、山陽縣，一帶防守流寇。
也讓漢中府封地的明瑞安親王：朱常浩，決定出庫銀讓瑞親王府儀衛司、瑞親王府護衛指揮使司，以及漢中衛增加到一千人，還從瑞親王府庫房中拿出一千兩白銀，賞賜給前來救援的明陝西三邊總督軍隊。
流寇們見無法立足於陝西承宣布政使司漢中府，便走官道沿着山路繞過明軍南下，進入四川承宣布政使司保寧府。
此刻湖廣行都指揮使司的流寇們，繼續攻陷了荊州府遠安縣、鄖陽府房縣、保康縣。
這讓明遼懿親王：朱術雅、明惠安親王：朱常潤，不得不相互照應出錢糧，給當地駐軍提高防禦。
戰報傳出去之後，明南直隸兵部尚書：呂維祺，就上奏道“南都承天府（興都留守司）以及南直隸鳳陽行都督府中都留守司，所屬之地均爲陵寢所在之地，宜以鳳陽行都督府宿州、壽州、湖廣承宣布政使司襄陽府爲咽喉，而淮安府、徐州，則爲京師咽喉也，乞求敕明淮安巡撫：楊一鵬，命他急忙預備，以防流寇東犯。”
2月13日，四川承宣布政使司農民軍在夔州府攻陷了巫山縣，進入夔州府首府奉節縣，劫掠了一宿才離去！
因流寇們分散蔓延在陝西承宣布政使司、山西承宣布政使司、四川承宣布政使司、河南承宣布政使司，湖廣承宣布政使司，一帶且定居不穩流動性很大，故此朝廷內閣與兵部商議後，認爲“各鎮官兵撫事權不一，互相觀望，宜以重臣開設督府，統攝諸道兵討賊。”
於是明毅宗：朱由檢，下詔以明陝西三邊總督：洪承疇，爲主，與明延綏總鎮巡撫：陳奇瑜，爲副，兩人一同總督陝西都指揮使司、山西都指揮使司、河南都指揮使司、湖廣行都指揮使司，以及湖廣都指揮使司、四川都指揮使司，五個都司軍務（準確來說是6個）不過因爲湖廣行都指揮使司所轄衛所不明確，故此歸納入只算湖廣都指揮使司1個，視賊所向各方剿撫。
3月初9日，明南直隸都察院右都御史：唐世濟，上奏道“流寇有四類，其一爲亂民、其二爲驛卒、其三爲饑民、其四爲難民，宜分別剿撫。”
朝廷把這份奏章呈報給明五司總督兼陝西三邊總督：洪承疇，與明延綏總鎮巡撫：陳奇瑜，兩人各一份，讓他們按情況而定。