此刻四川承宣布政使司明軍，在保寧府巴州打敗農民軍，但四川承宣布政使司境內自去年秋八月起，也是出現了不雨大旱的節奏，使得百姓們大飢人人相食！也算是變相的增長了流寇參與人數。
4月19日，明鄖陽府巡撫兼都察院右僉都御史：蔣允儀，以失陷鄖陽府諸縣！則力不能敵，便上奏朝廷推薦明都察院右副都御史：盧象升，要求他帶〈天雄軍〉前來鎮壓流寇。
農民軍們則渡過保寧府利州衛河，駐紮在陝西承宣布政使司漢中府寧羌州陽平關巡檢司、四川承宣布政使司保寧府廣元縣白水關、朝天關，等地兵分四路劫掠。
還遭到了地方土司軍民百姓的反抗。
再加上這一帶十分荒涼，也確實沒什麼物資，迫使流寇們又東逃到夔州府首府奉節縣一帶活動。
楚賊們則活動在湖廣行都指揮使司鄖陽府房縣，被明湖廣總鎮副總兵：張全昌，出戰接連擊敗之。
朝廷還發動國庫內帑五萬兩錢糧，命明都察院陝西道監察御史：樑炳，帶着餉銀，前去陝西承宣布政使司賑濟災民。
同時四川承宣布政使司農民軍三萬人，來到湖廣行都指揮使司屯兵在鄖陽府黃龍灘，在分爲三道；一是在襄陽府均州，但活動於河南承宣布政使司的、一是在鄖陽府，但活動於陝西承宣布政使司、最後一個是四川承宣布政使司流寇，但活動於陝西承宣布政使司漢中府一帶的。
4月26日，四川承宣布政使司流寇進入陝西承宣布政使司搶劫漢中府寧羌州、略陽縣、鳳縣。
一時間嚇得明瑞安親王：朱常浩，再次發出消息告急，祈求各地駐軍前來救援。
而此時因漠南蒙古察哈爾部呼圖克圖汗：孛兒只斤·丹巴圖爾臺吉（大明稱；插漢兒虎墩兔）既；林丹汗，他率兵西犯陝西行都指揮使司甘肅總鎮。
這讓原本鎮守在漢中府剿賊的明陝西三邊總督：洪承疇，不得不立刻北上驅敵。
可剛到漢中府褒城縣青橋驛官道時，就聽聞有流寇數萬營直奔漢中府寧羌州而來，又急忙返回沔縣守禦千戶所援救。
嚇得農民軍們立即跑去寧羌州陽平關過河，不是南下，而是逃奔陝西承宣布政使司鞏昌府，被明陝西三邊總督給追至鞏昌府成縣一帶。
但是流寇勢力已經非比尋常了，基本上不跟明軍主力軍作戰，而且打不過就跑，打得過就出擊或者偷襲，所以明陝西三邊總督就傳檄明西安府副總兵：賀人龍、明漢中府總兵：劉成功，帶兵三千人，急赴西安府藍田縣夾擊流寇。
而鞏昌府兩當縣、漢中府鳳縣，還是遭到流寇們的攻陷。
同時流寇還兵分兩道，一路向鳳翔府殺去、一路向漢中府殺去。
聽聞消息後，明漢中府知府：吳敬之，當機立斷直接斷其官道，並派兵把守漢中府褒城縣雞頭關巡檢司，使流寇軍隊進不了關，只能轉而進犯漢中府城固縣、洋縣，一帶地區。
明軍分路合圍進逼流寇，讓流寇敗走漢中府石泉縣、漢陰縣，其中有二萬農民軍由漢中府鳳縣，北上鳳翔府寶雞縣、西安府涇陽縣卻被明軍招撫。
這次明陝西三邊總督按照實情處理，不在全部斬殺。
同時明鄖陽府巡撫：盧象升、明延綏總鎮巡撫兼五司總督：陳奇瑜（因明陝西三邊總督：洪承疇，在陝西承宣布政使司圍剿流寇，走不開身，故此由他代替五司總督官銜），以五個都指揮使司兵力彙集於四川承宣布政使司圍剿。
其中由湖廣行都指揮使司明軍爲主力壓縮過去，把流寇趕回去陝西承宣布政使司漢中府地區，也讓明瑞安親王：朱常浩，成天活在擔驚受怕的環境中。
使得明瑞安親王開始不近女色，經常前去寺廟內燒香拜佛祈求平安。
而身處在西安府商州、雒南縣（避大明光宗泰昌貞皇帝：朱常洛，名諱），的流寇們謀劃入四川承宣布政使司，故此流寇們活動在西安府終南山之上。
5月11日，農民軍進入大旱的鞏昌府文縣，這鞏昌府自去年入秋以來早霜，且冬季無雪、春雨不下！鬥米升至七錢，而延綏總鎮西路榆林衛一帶也數年不下雨，致使難民造反，農民軍得以補充人數。
接着流寇們分兵兩路；一路進入延安府掠鄜州、一路進入慶陽府掠寧州。
等明軍到來之時，流寇們早已滿載而歸回到西安府終南山，又繼續竄入西安府商州、雒南縣，一時間羣盜畢集深入終南山。
之後流寇們又復出攻打漢中府鳳縣、沔縣守禦千戶所、鳳翔府麟遊縣、西安府永壽縣、同官縣，等地之間攪的天翻地覆。
明軍們在大舉圍剿鳳翔府之時，流寇們就向西逃入鳳翔府汧陽縣、隴州。
隨後明陝西三邊總督就從漢中府調兵，北上進入陝西行都指揮使司甘肅總鎮，先打退漠南蒙古察哈爾部，在圖剿滅流寇之事。
此時明陝西總鎮巡撫：練國事，則奏稱“今日最難有五大事？其一；缺兵，自盜賊們起兵造反延綏總鎮、榆林衛以來，我軍兵力不足！又被轉調至甘肅總鎮，而寧夏七衛、甘肅總鎮又喪師，今防插漢兒部（察哈爾部）尚且不足！又怎能分以兵力剿賊也？榆林衛兵止五千，被五司總督陳大人率以剿賊，而防秋又當西還，則兵愈少，其二；缺餉，西安府、鳳翔府兵荒，故此所留新餉即使支盡，不能抵禦三鎮之用，都司府無兵可借，餉銀怎能出？其三；缺官，荒盜頻繁有參罰戴罪，有追贓客死，有失城就逮，道府且不樂就，何況有司？今官員欠缺三十多員，何以治民辦賊？故缺官宜急補，而參罰亦減少也，其四；宗祿，奏俗囂悍、貧宗尤甚、垂涎賑金、漸不可長，其五；驛地，秦、晉驛遞，例不全給，今募夫之苦，更加千倍，故人人思遁，凡在衝路，宜全給以安其心。”
同時明陝西三邊總督進軍鳳翔府岐山縣，而駐紮在西安府三原縣的流寇有十二萬人，但明陝西三邊總督統帥的兵力才僅有三千人！
故此只能依靠設伏，逼流寇從西安府耀州東奔同州。
眼下漢中府兵力有三千四百人，由明漢中府副總兵：左光先，統率、臨洮衛和鞏昌衛有兵力三千五百人，由明鞏洮府總兵：孫顯祖，統率、平涼衛兵力一千人，由明平涼府副總兵：艾萬年，統率，但只可守城，出擊尚且難以自保！
至於明西安府總兵：張全昌，所部六千人，則只專注於流寇行進動向爲援剿之師。
6月13日，明五司總督：陳奇瑜、明鄖陽府巡撫：盧象升，聯合進剿湖廣行都指揮使司鄖陽府竹山縣、竹溪縣，各路山賊與流寇，連戰斬殺一千七百人、俘虜七百人，淹死五千人、墮崖死傷者二千人。
7月初7日，陝西承宣布政使司投降的農民軍，再次造反又攻陷了鳳翔府隴州。
見此情況明陝西三邊總督：洪承疇，連忙上奏道“入陝猖獗之賊，大抵可有十四五萬，明知官軍一二萬不能四馳，才持其勢衆旁伏遞進，使其剿賊之難，且賊多精騎，每跨雙馬，而我官軍才馬三步七追逐之難！賊攻堡掠野到處可資，官軍待餉轉連，則糧芻之難，賊入山負嵎，官兵相持一日，即坐誤一日，則時日之難，且請鹽課提舉司發放銀三十萬，交與靖虜衛曹指揮使，讓我軍鼓其敵愾。”
這時流寇們到鳳翔府寶雞縣，以藉口稱奉督撫之令招安想混入城內，守城明軍們知其詐，不敢開門。
只敢放下吊橋，在用籃子拉他們上來城樓，先登城的36人盡殺之，其餘流寇們見狀，則盡數撤離。
事後明五司總督因借爲辭，上奏彈劾地方官紳阻撓剿撫以激上怒，在命南鎮撫司錦衣衛提騎（校尉）逮捕明寶雞縣知縣：李嘉彥，以及明鳳翔府鄉紳員外郎：孫鵬，等五十人下刑部大獄。
8月12日，明五司總督發繳各鎮兵四萬五千人，開赴河南承宣布政使司，而中原流寇們則入侵開封府禹州、許州、長葛縣，之間。
流寇十三營陣地在河南府永寧縣、盧氏縣一帶，大有向山東承宣布政使司東進以誘降官軍東出，在謀襲開封府首府祥符縣爲目地之舉？
此舉讓在開封府封地且古稀之年，已經年近71歲的明周端親王：朱肅溱，聽到流寇大規模活動劫掠藩地畝產以及州縣之時，暴跳如雷，因此臥病在牀！
在陝西承宣布政使司的流寇們，則復陷鳳翔府隴州，還屯兵在州城內。
明西安府副總兵：賀人龍，聽聞消息後立刻發兵支援鳳翔府隴州，幷包圍了州城。
流寇們到處收攬勢力有；暴民、兇徒、山賊、叛軍，相繼加入還挑選精壯之人爲前鋒，又收城內的婦女老弱納爲妻妾，緊急時刻用來餌引官軍，故此明軍在圍剿之際經常以百姓冒充流寇，俗稱（殺良冒功！）
之後明五司總督上報降賊流寇名單有；一萬三千八百人、斬首將領十人，其餘流寇被遣還原籍。
剩下的流寇先是被明陝西三邊總督追逐，逃竄到漢中府，在讓四川承宣布政使司明軍扼守巴蜀諸關，讓流寇們無從掠奪食物，困守在陝西承宣布政使司漢中府興安守禦千戶所車廂峽地區。
由於飢餓使得斷糧之後的流寇，在闖王（高迎祥）的提議下決定詐降明軍，但他們迫於明陝西三邊總督：洪承疇，都是殺害投降流寇的，故此流寇們選擇了投降明五司總督：陳奇瑜，以圖後續發展。
因此有數萬人流寇來降，史稱「車廂峽之戰」。
這讓明五司總督很是高興，他專門負責招撫受其降，還檄榜諸軍按兵不動，在遣監護官保護降者，免遭屠戮。
因諸盜流寇未受大創，本無降意，只是由於飢餓，困於險地罷了！