待明五司總督的檄榜所過各州府縣衛所，在把糧食傳送到饑民們手中享用之後，便出官道脫離險境，數萬流寇漸漸不受控制，仍造反從事殺掠。
繼續造反的流寇們所過之地，盡殺監護官五十員，並攻陷了鳳翔府麟遊縣、西安府永壽縣，勢不可擋也！
其中農民軍：闖將（李自成）還在西安府永壽縣劫掠得民婦：邢夫人，因邢夫人長得端莊大方且又是富貴人家子女，知書達禮深得闖將（李自成）喜愛。
再加上邢夫人是被俘虜過來的，因害怕被殺，故此只得暫時聽從命令。
8月24日，流寇們又出動攻陷了陝西承宣布政使司平涼府靈臺縣、崇信縣、華亭縣、涇州，等地劫掠糧食。
明五司總督立刻趕至漢中府鳳縣，見到流寇們又再起復出，且遍佈各地，北接慶陽府、西至鞏昌府、西北至西安府邠州、長安縣、西南則盩厔縣、寶雞縣，擁兵二十萬人數時，讓他後悔當初沒有在「車廂峽之戰」中早些出兵剿滅！
現在分兵出御已經太晚了，明軍兵力根本不如流寇多，只能依靠火器佈陣出戰，方有勝算。
9月初8日，中原流寇二十營一起出動劫掠，兵鋒西至河南承宣布政使司河南府新安縣函谷新關一帶，東至懷慶府孟縣，連營屯兵百餘里，部分陝西流寇連營設在西安府雒南縣、河南府閿鄉縣、鳳翔府扶風縣。
致使明秦景親王：朱存機、明鄭靈親王：朱翊鍾、明福恭親王：朱常洵，三位藩王有些惶恐不安！
這時朝廷下令讓明都察院陝西道監察御史：吳甡，代替「山西總鎮巡撫」之職。
而河南承宣布政使司流寇東至湖廣承宣布政使司黃州府蘄水縣，大隊人馬盡入黃州府黃梅縣、廣濟縣。
迫使湖廣承宣布政使司黃州府蘄州的藩王，明荊簡親王：朱慈煙，封地受到流寇們劫掠，明荊簡親王下令荊親王府儀衛司、荊親王府羣牧所、荊親王府護衛指揮使司（蘄州衛）加強防禦。
兵部急檄榜文讓河南都指揮使司明軍入西安府同州、華陰縣，負責剿賊，湖廣行都指揮使司明軍則入西安府商州、雒南縣，負責剿賊，四川都指揮使司明軍入漢中府興安守禦千戶所、平利縣，負責剿賊，山西都指揮使司明軍入西安府韓城、蒲州，負責剿賊。
流寇聽聞消息後大亂，陝西承宣布政使司農民軍們立刻分兵三路；一路由漢中府鳳縣攻打漢中府首府漢中衛以及南鄭縣，另一路出漢中府寧羌州略陽縣由陽平關，入四川承宣布政使司保寧府梓橦縣、劍州。
最後一路由漢中府寧羌州入四川承宣布政使司保寧府犯廣元縣。
接着明陝西三邊總督：洪承疇，派遣了明漢中府副總兵：左光先，援救鳳翔府隴州，替明西安府副總兵：賀人龍，解圍。
10月13日，明陝西總鎮巡按兼都察院右副都御史：傅永淳，上奏道“商雒兩縣降盜陷城破邑，所在騷擾，皆由五司總督陳大人主端招降所至，以謂盜已革心？不許道途訊詰，故州府官吏不敢問，便開門揖盜，致使剿撫兩妨，皆由陳大人之流毒也。”
正巧明山西總鎮巡撫：吳甡，也上奏道“招安流盜最宜慎重，彼狼子野心勢難馴服，況且邊地窮荒，蕪居無食僅曰免死，遂甘心易慮乎哉！”
讓明毅宗：朱由檢，對明五司總督：陳奇瑜，開始懷疑其能力？但仍命他待罪立功。
同時河南承宣布政使司農民軍：掃地王（張一川）、太平王，以及湖廣承宣布政使司黃州府等部流寇東進，打算往南直隸方向靠近。
流寇們大肆從歸德府永城縣、鹿邑縣、黃州府黃梅縣、羅田縣，進入南直隸分掠安慶府潛山縣、太湖縣、宿松縣，別部農民軍活動在開封府陳州、河南府靈寶縣，一帶。
另一面的湖廣承宣布政使司流寇們，則從襄陽府宜城縣官道，南下興都留守司承天府進逼顯陵衛而來，明軍出動之際流寇們就遁入京山縣山中。
此時大批流寇依舊佔據陝西承宣布政使司地區，畢竟是家鄉流連忘返也是常事，其中農民軍：老回回（馬守應）屯兵在西安府武功縣。
由於陝西承宣布政使司被招降的流寇們，復起造反聲勢浩大，所以明五司總督：陳奇瑜，就把責任推卸給了明陝西總鎮巡撫：練國事。
使得練總鎮巡撫被逮捕下獄！
朝廷命明都察院左僉都御史：李喬，代替陝西總鎮巡撫職位，率領明軍出擊三次打敗流寇於西安府華陰縣、河南府潼關衛之間，斬首流寇一千二百人。
11月15日，明五司總督再次請撫各鎮分地之內流寇，但是流寇們卻利用此機會，打不過就投降，有實力又造反，搞得明軍們焦頭爛額！
恰好又遇到河南承宣布政使司與湖廣承宣布政使司的流寇們，繼續流竄入南直隸攻克了廬州府英山縣、霍山縣。
致使明毅宗大怒，直接下令削去陳奇瑜的五司總督職位。
12月初1日，朝廷聖旨到達晉封剿賊有方的明陝西三邊總督：洪承疇，爲兵部尚書銜，負責總督河南都指揮使司、山西都指揮使司、陝西都指揮使司與陝西行都指揮使司、湖廣行都指揮使司與湖廣都指揮使司、大寧都指揮使司，五司軍務其陝西三邊總督官銜依舊如故。
之後陝西行都指揮使司西寧衛由於漠南蒙古察哈爾部南下過掠，南逃入朵甘都指揮使司答思麻萬戶府。
明五司總督兼陝西三邊總督、兵部尚書：洪承疇，害怕有責任，便斬殺了明西寧衛指揮僉事：李摯，還率軍出擊朵甘都指揮使司。
卻沒想到西寧衛明軍居然打算叛亂！
結果明五司總督兼兵部尚書：洪承疇，不得不立刻還軍，還讓陝西行都指揮使司駐軍南下，以防止西寧衛叛軍脫逃。
而叛軍則先發制人，分兵攻打陝西行都指揮使司涼州衛、永昌衛，被甘肅總鎮治下的甘州左衛、甘州右衛、甘州前衛、甘州後衛、甘州中衛，這5衛出兵平定叛亂。
於是明五司總督兼兵部尚書就從陝西行都指揮使司甘肅總鎮回師東行，流寇們聽聞殺人不眨眼的洪軍門將至，紛紛率部東逃，分道盡入河南承宣布政使司。
而明援剿副總兵：左良玉，則移軍到河南承宣布政使司河南府澠池縣。
明開封府左參將：陳永福、明四川總鎮副總兵：鄧玘，兩人合兵在懷慶府濟源縣斬殺了流寇賊首：紫金樑（王自用）之後明軍會師南陽府，各方戰績頗有斬獲。
至於山西承宣布政使司黃河一帶的流寇，大多數由官道北逃到山西行都指揮使司大同府靈丘縣、廣靈縣，來回奔走於五台山。
倒是陝西承宣布政使司西安府、湖廣行都指揮使司鄖陽府各處告警，逼得剛入興都留守司承天府的流寇們舉兵東下常德府。
此時也讓大同府封地的明代安親王：朱彝㬎、以及常德府的明榮靈親王：朱慈照，分別加強了山西行都指揮使司代親王府儀衛司、代親王護衛指揮使司（大同前衛、大同後衛）有一衛留守都司府，以及榮親王府護衛指揮使司、榮親王儀衛司、榮親王羣牧所，等處藩王機構防禦。
12月13日，叛軍：楊國董，率領三千騎兵，來到西安府城下乞撫，明陝西總鎮巡按：範復粹，見狀，不敢直接開城接受，而是登城觀望。
打算繼續固守城池，以防叛軍詐降？
這時明陝西總鎮巡撫兼都察院左僉都御史：李喬，正在西安府鄠縣聞迅飛馳趕來，檄榜於賊。
雙方在城中談了一夜都沒有退讓，便不受撫，所以明陝西總鎮巡撫就懷疑叛軍，必西走西安府鄠縣、盩厔縣一帶？
就密檄沿途官兵們設防於夾水溝。
因此時氣候水草茂盛且泥潭衆多，讓騎兵不能馳騁殺場，待叛軍一入夾水溝之後，就遭到了明軍伏擊，不得已叛軍們就斬殺楊國董，提首級來降。
其餘叛軍們人人自疑互相對打，死傷千餘人，均逃入終南山。
接着明五司總督兼兵部尚書：洪承疇，就進入西安府華州繼續剿賊，各方陝西流寇連忙從西安府朝邑縣北撤，逃奔西安府澄城縣、郃陽縣。
農民軍：混世王（馬光玉）等部，則從鳳翔府東奔進犯西安府。
由於明五司總督兼兵部尚書早一步進入西安府，所以他檄榜諸路兵馬趕赴西安府合力擊賊。
致使流寇倉皇逃到西安府東境，但明軍也已經追擊得疲憊不堪了，故此明五司總督兼兵部尚書恐防流寇東出河南府潼關衛，就先令明湖廣總鎮副總兵：張全昌、明西安府總兵：曹變蛟，奔走西安府渭南縣、華州，之地，趕在前面阻擊流寇。
而明五司總督兼兵部尚書則率兵到達河南府潼關衛紅鄉溝追擊流寇。
明潼關衛遊擊將軍：李效祖、明西安左衛守備：柏永鎮，力戰敵軍，使流寇們不能進入潼關衛，因而轉入西嶽華山，卻被明五司總督從西安府藍田縣加急趕過來，從山後小道進行圍剿。
午時，流寇們知曉明軍合圍之意，便夜走西安府商州、雒南縣，與農民軍：老回回（馬守應）等萬餘人，先佔踞西安府雒南縣山中。
明五司總督率諸將三千人前來圍剿時，嚴令河南府潼關衛、閿鄉縣、靈寶縣，等地封鎖消息，不得放一個流寇入內。
先是明潼關衛總兵：尤世威，出戰兵敗於西安府雒南縣，導致羣賊們進入河南承宣布政使司河南府盧氏縣逃去永寧縣。
在到守隘諸將官兵們，因露宿在外，沒有搭建帳篷已有三月！
這才引起了軍中疫痢，士兵們低弱不能出戰，僅有明援剿副總兵：左良玉，率軍從河南府閿鄉縣赴援盧氏縣救援。
而陝西承宣布政使司慶陽府境內的流寇們，趁機南下，烽火燃燒至西安府三原縣、涇陽縣、耀州、富平縣，等地。