這下明荊簡親王：朱慈煙，又開始難過了！他不停地寫信，讓各地駐軍抵抗流寇，嚴禁劫掠藩地物資，以做到保境安民。
還在鳳陽行都督府、潁州的流寇，開始逃入南直隸廬州府英山縣、霍山縣、湖廣承宣布政使司黃州府蘄州一帶，劫掠附近州府縣。
其中在河南府盧氏縣、靈寶縣，一帶的陝西流寇們，則西去劫掠河南府潼關衛以及西安府一帶州縣。
而西安府雒南縣的流寇又折入漢中府，約有六七萬人，致使西安府諸州縣並遭蹂躪！有流寇四大營北渡渭河，突破西安府邠州、耀州，之間的明軍防禦。
山西承宣布政使司的流寇們，則繼續在平陽府境內劫掠，情況一度對朝廷來說非常不利！
此刻朝廷派遣來的明鳳陽行都督府總鎮巡按兼都察院廣東道監察御史：吳振纓，在來到鳳陽行都督府中都留守司皇陵衛時，見到一片被燒過的廢墟。
被嚇得他趕緊從馬上下來哀嚎哭泣，還立刻上報朝廷皇陵衛的情況。
次日子時，在京城內大批文武官員們，先後開始更衣起牀，走過皇城各門進入紫禁城午門處，等候旗手衛們準時敲鐘擊鼓。
到了夜半時分也就是寅時初，旗手衛們就開始擊鼓並且打開午門的城門了，文武官員們按照官職等級，陸續從午門旁邊的左右掖門進入。
一直來到皇極門（御門）前，依次按照隊列排序站好，等候更換了皮弁服的大明天子來到御門外，接受文武百官們的朝拜。
在幾聲山呼萬歲禮畢之後，由明毅宗：朱由檢，走到御門前面。
而司禮監與宮女們負責撐着傘團，走在後面，親軍二十六衛則一直守在皇極殿與御門處，以及皇帝陛下身邊護衛着。
所有上朝官員還要填寫〈注籍〉也就是自己的官職和名字，由明中書舍人：肖俊鵬，負責記錄；入朝官員，是否有打哈欠？吐痰？放屁？等不雅行爲。
待換上了龍袍（不是袞服，而是紅、藍、黑、黃，四色龍袍）的皇帝陛下，坐上龍位之後，早朝便算開始了。
以明司禮監秉筆太監：曹化淳，爲主，緩緩走出皇極殿外，大聲宣佈入朝議政。
於是乎，四品以上的在京官員以及來京官員們，全部入御門內排列，既皇極殿外，而明毅宗則在皇極殿內，高坐龍椅與羣臣們商議早朝之事，所謂有事啓奏無事退朝…。
待一番商議結束後，明毅宗就率領着文武官員們下朝了，時間大約在辰時左右。
之後更換了黃龍色（常服）的皇帝陛下，就在文華殿內舉行了「經筵日講」所有六部尚書（當然兵部因爲剿賊所以沒來！）、都察院左、右都御史、內閣大學士和有爵位的朝臣勳戚們都要前來參加，還有六科都給事中、特進光祿大夫們，很多人也在聽講的行列中出現。
皇帝則在身材魁梧的南北鎮撫司錦衣衛隊，編屬的大漢將軍20人的保衛下，首先擺駕來到文華殿內。
在這文質彬彬的場合中，大漢將軍也免除了甲冑，改換上袍服，但仍攜帶有金瓜錘、長柄刀，等必不可少的武器，隨時準備護駕。
大明皇帝則在文華殿內，面南坐定，傳諭百官們進入殿內行禮作揖，至此鴻臚寺官員們纔將書案擺在御座面前專供聖鑑。
另一張則擺設在數步之外，爲講官所用，參加聽講的官員們魚貫而入，分列於書案左右，經筵和其他所有的儀式一樣，必有其目視耳聽的對稱均衡，先一日用楷書恭繕的講義，此時已經陳列於案几之上。
在贊禮官呼唱之下，兩員身穿紅袍的講官和兩員身穿藍袍的展書官出列，他們都是翰林院中的優秀官員。
以講官面對皇帝，展書官在書案兩側東西對立，首先是講官作揖叩頭禮畢，左邊的展書官膝行接近書案，打開御用書本講義，用銅尺壓平。
此時左邊的講書官也已經趨前，站在中央的位置上開始演講…。
講完之後，書本蓋復如前，講官及展書官退列原位，以便右邊的同僚們履行任務，左邊講官所講授的是〈四書〉，右邊講官所講授的則爲歷代歷史，此種節目歷時大半天才結束。
期間只有講官們可以口講指劃，其他全部人員都要凝神靜聽，即便是皇帝也不能例外。
當經筵快要結束之時，京城內突然有通政使司官員來報，說有飛騎加急？居然是；南直隸鳳陽行都督府中都留守司，被流寇們焚掠了一番的消息！
明毅宗聽後，立刻取消經筵日講，更換上了（青袍）先跑去奉先殿內，向祖宗的靈位哭訴，在親自去皇城祭告太廟，又命令文武百官們都更換上了（吉服）前來哀悼大明列祖列宗。
隨後就下令逮捕明鳳陽行都督府總鎮巡撫兼都察院右僉都御史：楊一鵬，下北鎮撫司詔獄，在命明山東總鎮巡撫兼兵部右侍郎：朱大典，總督鳳陽行都督府漕運並代理鳳陽行都督府總鎮巡撫官職，與明五司總督兼兵部尚書：洪承疇，一起合力剿賊。
而明五司總督立刻上奏，請求道“四川總鎮巡撫、總鎮總兵俱移駐夔州府，進援湖廣承宣布政使司襄陽府與陝西承宣布政使司漢中府，而湖廣總鎮巡撫、總鎮總兵則分駐承天府興都留守司、襄陽府，鄖陽府巡撫則移駐去鄖陽府、襄陽府，鳳陽行都督府漕督則移駐到鳳陽行都督府潁州、亳州，進援汝寧府、歸德府，而山東總鎮巡撫則移鎮到淮安府進援南直隸地區，山西總鎮巡撫則移到平陽府蒲州進援河南府靈寶縣，陝西總鎮巡撫則移西安府商州，圍剿漢中府興安守禦千戶所等地流寇，河南總鎮巡撫則移汝州、南陽府之間，保定巡撫、總鎮總兵移駐北直隸廣平府邯鄲縣可南北策應。”
這些計策全部被朝廷批准，並且下令讓明五司總督兼兵部尚書務必要在五個月之內，把這幫中原流寇們一網打盡。
3月12日，湖廣承宣布政使司流寇攻陷了黃州府麻城縣，而黃州府蘄州農民軍：爬天王（黃大盜）擁有部衆八百人，但在出動軍隊劫掠蘄州時，因兵力分散被村民們擒獲住。
他身高八尺（約爲2米5）被擒住時，大喊道“天亡我也，非我罪也！”
由於此人攻陷許多州縣，又殺害無辜百姓和官軍無數，故此被村民們分屍，其餘農民軍則被官軍圍剿兵敗戰死。
這讓黃州府蘄州封地的明荊簡親王：朱慈煙，很是高興，連忙下令獎賞了當地百姓們，還發了三萬兩銀子給黃州府駐軍，讓他們再接再厲繼續剿滅流寇。
另一邊因鳳陽行都督府流寇們，已經逃奔黃州府蘄州、黃梅縣，而明五司總督剛到河南承宣布政使司汝寧府，就考慮入南直隸剿賊。
不過他依舊傳令明四川總鎮副總兵：鄧玘，扼守湖廣承宣布政使司襄陽府，再令明大同總鎮總兵：曹文詔，來湖廣承宣布政使司德安府隨州、應城縣之間，又讓明西安府總兵：賀人龍、明漢中府總兵：劉成功，率兵分駐在汝寧府信陽州、南陽府泌陽縣，等地，恐防其流寇入河南承宣布政使司。
之後漢中府流寇們就攻陷了漢中府寧羌州。
接着明四川總鎮副總兵在襄陽府首府樊城關巡檢司內，斬殺一批流寇軍隊，但所屬川軍並無紀律，且川軍好淫掠。
再加之這次搶劫中，明保寧府左參將：王允承，率本部數千騎兵因上月軍餉未發之事而造反，還趁着劫掠之際縱火焚燒。
明四川總鎮副總兵只得登樓避難，卻不幸被火燒死。
4月16日，明五司總督：洪承疇，掉頭進入河南承宣布政使司汝州，以各部流寇大多數東逃入秦爲由，他自己也打算率領諸將自汝州入陝西承宣布政使司，還檄榜明大同總鎮總兵：曹文詔，會師合剿。
次日，明五司總督趕到河南府靈寶縣，明大同總鎮總兵則到達南陽府，洪軍門提出以西安府商州、雒南縣，爲流寇活動區，漢中府、興安守禦千戶所、平利縣，爲流寇寄留之境，令明大同總鎮總兵帶領天雄軍出河南府閿鄉縣，直搗西安府商州、雒南縣，壓制興安守禦千戶所，一帶的流寇們無處藏身。
5月11日，明大同總鎮總兵連夜趕到西安府商州、雒南縣。
流寇們以山路險要設伏，但被天雄軍識破，明大同總鎮總兵直接架起火炮擊敗流寇伏兵。
之後明宣府總鎮總兵：張全昌，自西安府咸陽縣出興平縣之東，農民軍：老回回（馬守應）負責抵抗官兵，流寇連營有五十里。
這時明西安府總兵：賀人龍，趁機南入西安府長安縣子午谷巡檢司奪其南徑，再由明漢中府總兵：劉成功，以及明興安守禦千戶所遊擊將軍：王永祥，往東南北走夜渡河進入鳳翔府郿縣，明五司總督也渡河追去。
明軍一直追到鳳翔府王渠鎮巡檢司，逼得流寇們無處可逃了，方纔下馬往鳳翔府岐山縣方向跑去，準備轉入山中存活。
但賀瘋子部陝西明軍卻勇猛追擊，斬殺正在登山的流寇。
其餘兵馬也陸續趕到這裡，明軍們在岐山腳下架炮轟炸，再出動步兵與火銃隊進山搜索流寇，其中明宣府總鎮總兵率領的明軍非常賣力，在半山腰就斬殺了許多流寇。
嚇得部分流寇們被迫詐降下山，在衝出明軍包圍圈往東逃入西安府商州、雒南縣，以及終南山一帶藏身。
6月21日，明河南總鎮巡撫：玄默，因剿賊不利，被朝中東林黨派彈劾下刑部大獄。
接着聖旨下達，免去明陝西總鎮巡撫：李喬，官職治罪，以「庸懦玩寇」爲罪名，說其剿不滅流寇，改由明都察院右僉都御史：甘學闊，擔任〈陝西總鎮巡撫〉。
之後農民軍：搖天動，趁機襲擊鞏昌府西和縣。