明保寧府左參將：羅於萃，在中途攔截斬殺了部分流寇，在窮追流寇於漢中府西鄉縣子午谷巡檢司一帶，奪其所掠子女二千口，使賊奔赴漢中府石泉縣饒風關巡檢司。
同時逃入南直隸鳳陽行都督府的流寇們，繼續攻陷了廬州府巢縣、和州含山縣。
明崇禎九年公元1636年正月13日，明四司總督兼湖廣總鎮巡撫：盧象升，會師南直隸明軍於鳳陽行都督府，在勒令各路兵馬進剿。
很快農民軍：闖王（高迎祥）、闖塌天（劉國能）、西營八大王（張獻忠）、搖天動，等部流寇連營數十萬軍隊，便一起合力攻打南直隸滁州。
農民軍們環山爲營，包圍了平原百餘里。
明南直隸行太僕寺寺卿：李覺斯、明滁州知州：劉太鞏，督率軍民上城樓固守，流寇則架雲梯衝鋒，又挖戰壕在城外抵擋明軍炮火轟炸。
還修了百道環形戰壕進攻，城頭火輪巨炮相續發射，山下多數地方被炸成爛泥。
明軍們以滾油、萬人敵、弓箭、火銃，抗擊爬上雲梯的流寇，致使流寇們的進攻減弱，開始撤兵。
流寇們夜間又再次進攻，開挖了支河想引河水入城內，在騎着黑牛、戰馬渡河攻城，但城上明軍連炮轟炸，讓流寇們死傷慘重不得不再次撤退。
就在流寇們撤退之時，還趁機劫掠了隱居落山谷的婦女數百人，皆去衣裳裸而淫之！盡斷其頭爲樂，孕者則被開膛刨腹，手段極其殘忍。
滁州衛明軍們出動觀望之際，大多都是掩面不忍直視，明將們也不敢出擊，只是開炮轟炸城外流寇罷了！
寅時，明四司總督兼兵部尚書：盧象升，和諸道援軍趕來馳援南直隸滁州與滁州衛，以明寧遠衛指揮使：祖大樂、明寧遠衛左參將：祖寬，爲前鋒。
率領寧遠衛明軍與遼東鐵騎衝殺過來，在以火攻三營（火銃、火炮、戰車營）爲後勁，由明四司總督親率麾下三百鐵騎居中督戰。
因部分流寇們還在搶劫當中，所以沒有佈置防禦，故此明軍殺來之際，多數流寇被屠殺。
其中明寧遠衛左參將一馬當先，衝到陣前，被流寇們羣起接戰，後方明將們則戰於城東五里橋，官軍們踊躍爭奮以各類手雷如；風火震天雷、霹靂伏火雷、土雷、陶雷，等炸向流寇。
各路明軍又追逐流寇北退五十里地，積屍遍野，繳獲器械衆多，斬首一千二百人。
其中明淮安府總督兼山東總鎮巡撫：朱大典，還派明淮安府左參將：楊世恩，復截流寇於鳳陽行都督府定遠縣，又斬首了六百人。
流寇餘部一路東奔定遠縣，藏於嘉山之中。
而明宿松總兵：劉良佐，則扼守鳳陽行都督府西北方向的英武衛，讓流寇們繼續向西突破池河守禦百戶所。
待過了池河守禦百戶所之後，流寇們再出滁州衛東岡守禦百戶所，明東崗守禦百戶：劉光輝，爲了打擊流寇，親率五百人死守東岡守禦百戶所。
但流寇數萬大軍到來圍城時，守禦百戶所內的明軍們很快就彈盡糧絕了！
明東崗守禦百戶還被射中三箭，摔落下去護城河中，其餘明軍皆戰死，被流寇進城奪其盔甲與（玄鳥）旗幟渡河。
企圖冒充明軍，繼續往南進入南直隸應天府江浦縣地區。
因爲是快速通行的，又不用出示令牌、路引以及彙報上司，故此有士兵就上報明中軍都督府右都督兼應天府提督總兵：杜弘域，他感覺不對勁？
於是連忙從江浦縣渡河追去。
而滁州潰敗的流寇們，則再次西向鳳陽行都督府進犯中都留守司皇陵衛，使得明淮安府總督兼山東總鎮巡撫：朱大典、明鳳陽行都督府總兵：楊御蕃，急忙列營保護皇陵衛城牆。
明軍們把守甚嚴不許進出，讓流寇們不敢輕易進攻，便西渡河劫掠鳳陽行都督府懷遠縣。
另外湖廣承宣布政使司襄陽府棗陽縣，有山賊大當家：廖三、二當家：袁世儒、三當家：李玉石，以牛羊好酒迎中原流寇：張樂、高燕，合夥入營一同搶劫。
正月21日，南直隸流寇：紫薇星，率部攻陷了鳳陽行都督府懷遠縣，但馬上就被明淮安府總督率兵前來圍剿。
流寇們連忙放火北逃，還繼續攻陷了鳳陽行都督府靈璧縣、進逼泗州。
明寧遠衛指揮使：祖大樂，親率遼東鐵騎于歸德府永城縣，斬首72營農民軍賊首：混天王（張應金）奪其驢馬萬頭。
而湖廣行都指揮使司鄖陽府、襄陽府流寇們開始掠奪谷城縣，讓明襄忠親王：朱翊銘，很是擔心。
他決定出動襄親王府軍隊，調查流寇動向，以便隨時彙報給剿賊明軍。
南直隸流寇們則攻陷了徐州蕭縣、陝西承宣布政使司流寇則攻陷了鳳翔府麟遊縣、河南承宣布政使司流寇攻陷了河南府閿鄉縣。
這時明兵科都給事中：常自裕，連忙上奏道“現今流寇已有數十萬，最強當屬匪首：闖王高迎祥，其麾下多擁有湖廣承宣布政使司番、漢降丁堅甲鐵騎，洪軍門、盧軍門即日報斬獲之數，焉不過是別營小隊人馬也！於闖勢力並無損傷，今秦賊在延安府宜君縣、鄜州，不過闖將李自成當責成秦撫，中原流寇在汝州者僅有老回回馬守應等部數賊，當專注於中原剿撫，而督理兩臣宜令專攻闖王，應讓洪軍門以陝西總鎮總兵：王承恩、平涼府總兵：孫顯祖，等邊軍、川兵二萬人出關，由汝州、南陽府急赴汝寧府光州、固始縣斷其後，在讓盧軍門以寧遠衛指揮使：祖大樂、寧遠衛左參將：祖寬，率兵二萬由鳳陽行都督府潁川衛、壽州奔赴廬州府英山縣、六安州，截斷其前，淮安府總督：朱大典、鳳陽行都督府提督：楊御蕃，等將領應屯兵於廬州府霍山縣防其東 突，應天府總鎮巡撫：張國維，應派安慶總兵：許自強，屯兵於安慶府潛山縣、太湖縣，防其流寇進入安慶府，湖廣總鎮巡按：王夢尹，當以黃州府總兵：秦翼明，屯兵於黃州府麻城縣、黃梅縣，防其流寇南衝，至於南陽府鄧州、襄陽府隨州、鄖陽府棗陽縣之間，則由鄖陽府巡撫：宋祖舜，處理各路兵馬若合圍則賊定無所逃遁，在殲其首領則餘賊自破也。”
這時農民軍：闖王（高迎祥）掃地王（張一川）等二十四營流寇，繼續攻打南直隸徐州，但久攻不克。
隨西陷歸德府虞城縣，入河南承宣布政使司。
另外農民軍：一字王（拓先齡）、曹操（羅汝才）、掃地王（張一川）等五營，由河南承宣布政使司歸德府趕赴開封府儀封縣石家樓，被明寧遠衛指揮使率軍悄悄在歸德府野雞岡守禦百戶所攔截。
斷其流寇前鋒在分兵設伏，以步兵誘敵，遇賊於雪園既戰。
官軍佯裝兵敗被流寇們爭先馳逐，關鍵時刻明寧遠衛指揮使鳴鼓舉旗，從東西兩翼殺出，再出遼東騎兵配合明軍火銃隊攻擊流寇，打得流寇們大亂，被明軍三面追擊，斬首一千四百人。
這時湖廣行都指揮使的流寇們，分爲二部；一路往襄陽府均州、一路入四川承宣布政使司夔州府。
中原流寇們則彙集於開封府蘭陽縣，明四司總督：盧象升，立刻移駐到鳳陽行都督府壽州剿賊。
2月12日，湖廣承宣布政使司黃州府流寇們，再次殺入安慶府潛山縣又陷太湖縣，而湖廣行都指揮使司鄖陽府、襄陽府的流寇們，則進犯鄖陽府竹山縣。
接着明甘肅總鎮總兵：柳紹宗，率軍出擊，在陝西行都指揮使司靖虜衛打敗農民軍：過天星（惠登相）與九條龍等八營流寇。
嚇得其餘流寇們西逃並劫掠蘭河，又南擾鞏昌府會寧縣。
明五司總督：洪承疇，則檄榜明漢中府副總兵：左光先、明甘肅總鎮總兵：柳紹宗，合兵擊賊。
讓流寇從慶陽府安邊守禦千戶所北逃，在進入寧夏後衛花馬池守禦千戶所。
由寧夏後衛明軍聯合圍剿，明軍力戰攻打流寇，使諸賊們請降，被明陝西總鎮巡撫：甘學闊，接受，並安插其部數萬人於延安府。
但流寇們馬上就叛變了，還劫掠延安府延長縣、延川縣，兩地。
3月15日，山西承宣布政使司流寇們攻陷了遼州和順縣。
在剿賊之際，明五司總督兼兵部尚書：洪承疇，奏報朝廷稱“流寇多在陝西承宣布政使司、河南承宣布政使司山中，聞其附近州府縣一有糧餉便劫掠，由南陽府淅川縣水運以通湖廣承宣布政使司荊州府、襄陽府販賣，可艘船隻攔截，宜派人在淅川縣斷糧。”
在明軍採取行動之時，農民軍：九條龍、整齊王（張胖子）從襄陽府南漳縣、光化縣，攻陷了襄陽府谷城縣。
在進逼鄖陽府保康縣，二千里內居民房舍全被焚燒殆盡。
接着又攻陷了鄖陽府竹溪縣、房縣，流寇們在得知保康縣內糧食空虛就不入了，這使得明四司總督：盧象升，聽聞消息後，急忙率領諸將追逐流寇到襄陽府谷城縣。
得知流寇再次來到襄陽府，可着實讓明襄忠親王：朱翊銘，對這些流寇們恨之入骨啊！
他連忙發了襄親王府庫房白銀一千兩，給明四司總督當做獎勵。
由於明軍圍追得太猛，迫使流寇們北走湖廣行都指揮使司鄖陽府，官軍們三道並進，待大霧升起之時，流寇們迷路看不清方向，不知大軍以至，倉猝應戰。
遭到了明軍們的鎮壓，流寇兵敗逃奔板橋山中，明軍繼續追擊砍殺，導致墜落山崖的流寇無數。
斬殺了流寇賊將：黑煞神、飛山虎，還追奔流寇數十里地，一路上屍橫遍野。
此時明河南總鎮巡撫：陳必謙，亦討南陽府內鄉縣、淅川縣，一帶的餘寇，而明寧遠衛左參將：祖寬、明承天府總兵：李重鎮，則由承天府荊門守禦千戶所到達荊門州，防其流寇逃奔。