在會師明重慶府總兵：秦翼明、明夔州府總兵：楊世臣，等將領們一起搜山。
至此中原流寇漸少，大部分流寇俱逃入陝西承宣布政使司、湖廣承宣布政使司的大山之中。
明四司總督：盧象升，就上奏稱“陝西承宣布政使司、河南承宣布政使司、湖廣承宣布政使司、湖廣行都指揮使司大山綿亙萬里，流寇們出沒無端，若奮剿窮追何地可歇！凡崇岡峻嶺，密箐深林扳木懸崖，日行三四十里，馬不能進人苦於登，此時折銀無所用，本糧無從運，車驢無所施，勢必以人負米二斗隨兵來往，日食一升供兵，十日而二斗之糧盡，無論此十日內遇賊勝負，而以千兵入，須千人肩運萬兵入，須萬人肩運，即賊不出而俱歸於盡矣。”
接着河南承宣布政使司南陽府藩地，唐親王府內深明大義，且體察民情的明唐親王：朱聿鍵，就上奏朝廷，稱“南陽府饑民衆多，竟有其母烹其女者相食之，懇求朝廷發糧。”
但卻被朝廷駁回奏章，還以藩王干政爲由，命宗人府管制唐親王藩。
隨後明陝西總鎮巡撫：甘學闊，因剿賊不利被明毅宗：朱由檢，下令削職，以明順天府府尹：孫傳庭，代之。
此刻農民軍：闖王（高迎祥）、蠍子塊（拓養坤）自漢中府興安守禦千戶所入褒城縣，致使明瑞安親王：朱常浩，發出求救信號，讓明軍前來圍剿流寇。
而明鄖陽府巡撫：宋祖舜，也被削職，以追寇失利收繳其符印。
4月16日，以明都察院右僉都御史：苗胙土，代替〈鄖陽府巡撫〉官職，當即就免除了鄖陽府八個縣的田租。
5月13日，朝廷下詔大赦山西承宣布政使司、陝西承宣布政使司脅從羣盜，令地方多方安插人員看守，以消除造反之心，違者重治之。
同時陝西承宣布政使司農民軍：過天星（惠登相）復叛於延安府，圖謀渡河入山西承宣布政使司，而流寇：闖將（李自成）、老回回（馬守應）、混十萬（馬進忠）等數部，從湖廣承宣布政使司、山西承宣布政使司入西安府商州、雒南縣，大山當中。
明重慶府總兵：秦翼明，擊敗流寇於襄陽府南漳縣山中，明延綏總鎮總兵：俞沖霄，則擊敗流寇於延安府安定縣。
朝廷急命明兵部職方清吏司員外郎：包鳳起，繳詔下去招撫羣盜。
6月14日，明五司總督：洪承疇，上言道“漢中府今實數共有步騎一萬三千人，先選川軍五千人俱爲步卒，專用西安府藍田縣、商州、雒南縣，等處堵截剿賊，而陝西承宣布政使司、河南承宣布政使司接界之寇，先是闖將：李自成，約有三萬人、混天王：張應金，約有二萬人、過天星：惠登相、滿天星：張大壽，約有三萬人，歷次被我軍剿散，今混天王逃延綏總鎮勢孤，複合闖將、過天星、滿天星，等部一起逃奔延綏總鎮，猶可督責收拾，而闖塌天：劉國能、闖王：高迎祥、蠍子塊：拓養坤，俱出鄖陽府、襄陽府已奔漢中府而來，我軍定當力圖協剿。”
7月18日，陝西承宣布政使司的流寇，攻陷了鞏昌府成縣。
接着明陝西總鎮巡撫：孫傳庭，擊敗流寇於西安府盩厔縣，親自擒拿住農民軍賊首：闖王（高迎祥）以及農民軍：劉哲，等部流寇，並押送往京師獻俘於闕下，被明毅宗磔斬於市。
迫使農民軍：蠍子塊（拓養坤）敗走河西方向。
明大同左衛指揮使：曹變蛟，配合圍攻流寇，打得闖將（李自成）還剩下幾百人，倉惶逃入西安府商州。
但馬上就有流寇：高一功，帶着一萬農民軍前來助他，其中流寇：高一功，的姐姐：高桂英，文武雙全很得闖將：李自成，的喜愛。
爲了拉攏人心，流寇：闖將（李自成）就跟高桂英走得很近，漸漸地也就產生了愛戀之情。
8月19日，農民軍：老回回（馬守應）焚燬開封府杞縣西關鄉，企圖聯絡分散在中原之間的羣盜時散時合。
9月11日，因東虜建奴韃子入侵，使得京師在度戒嚴，朝廷急調明四司總督：盧象升，總督各鎮兵馬入援，還改封他爲宣大總督兼管山西行都指揮使司軍務。
此時南陽府藩地內的明唐親王：朱聿鍵，則上疏請求率軍勤王。
但一時沒有得到批准！便自行親率唐親王府儀衛司、唐親王府護衛指揮使司（南陽衛）三千人北上勤王。
在走到南陽府裕州時，由河南都指揮使司、河南提刑按察使司、河南承宣布政使司，這三司嚮明都察院河南道監察御史：楊繩武，彙報情況。
在一起上奏朝廷，彈劾道“藩王無詔，私自出封地，乃屬於造反大罪！”
於是明毅宗連忙傳令明唐親王率軍返回，但在途中與流寇軍隊相遇，兩軍交鋒之際，唐親王殿下不得不下令班師回南陽府首府南陽縣。
此時河南承宣布政使司汝寧府流寇出動劫掠，搞得黃河千里雞犬不寧！關市盡空、荒村深谷，殘黎多夜、伏豐草深林中，採野穗爲食、田壟間亂木枒槎皆成拱矣，因爲人煙稀少，所以虎狼也發展起成千上百隻，前來掠食村民。
再次讓明崇愍親王：朱由樻，嚇得屁滾尿流，乞師救援汝寧府藩地。
隨後明宣大總督：盧象升，帶領着天雄軍北撤之後，農民軍：老回回（馬守應）等部繼續盤踞在鄖陽府、襄陽府，之間休糧息馬以備待戰。
還與農民軍：曹操（羅汝才）、闖塌天（劉國能）等部匯合總計二十萬兵馬，沿長江而下進犯湖廣承宣布政使司黃州府蘄州、南直隸應天府六合縣與江浦縣、安慶府懷寧縣與望江縣。
所到之地各處告急，烽火遍及揚州府儀真衛境內。
而中原流寇至開封府尉氏縣、鄭州、汝寧府信陽州等地，以至明荊簡親王：朱慈煙、明崇愍親王：朱由樻，兩位藩王向朝廷求救。
也讓中軍都督府明軍兵馬活躍起來。
朝廷立刻以明兵部左侍郎：王家貞，爲河南總鎮巡撫，暫時管理北直隸、四川都指揮使司、湖廣行都指揮使司與湖廣都指揮使司、山西都指揮使司、陝西都指揮使司，五司軍務（因爲前任明五司總督：洪承疇，又去陝西承宣布政使司剿賊去了）
10月23日，中原流寇攻陷了開封府襄城縣，而湖廣行都指揮使司流寇則攻陷了鄖陽府鄖縣。
11月12日，宗人府經過審查之後，宣佈廢除，明唐親王：朱聿鍵，的親王爵位，貶爲庶人！幽禁在鳳陽行都督府高牆內。
朝廷改封其弟：朱聿鏌，爲唐親王。
12月12日，朝廷東林黨人開始彈劾明鄖陽府巡撫：苗胙土，以湖廣行都指揮使司流寇在鄖陽府奪城爲由，罷免了明鄖陽府巡撫，以明都察院湖廣道監察御史：陳良訓，代替。
明崇禎十年公元1637年正月10日，農民軍：老回回（馬守應）等部圍攻南直隸安慶府桐城縣，明重慶府總兵：秦翼明，急忙率領川軍追逐流寇於湖廣承宣布政使司黃州府麻城縣、黃岡縣，之間。
接着農民軍：老回回（馬守應）、整齊王（張胖子）、北營八大王、南營八大王、大膽王、徵西王、福壽王、密靈王、領兵王，這九營流寇被大明川兵白杆軍團，聯合明軍騎兵打敗潰散。
分爲四部；一支走黃州府羅田縣、一支走黃州府黃岡縣團風鄉、一支走黃州府蘄水縣、一支走黃州府麻城縣岐亭鄉。
南直隸農民軍：闖塌天（劉國能）等諸部流寇，則兵分兩路；一路走安慶府桐城縣犯廬州府廬江縣、舒城縣，一路從河南承宣布政使司汝寧府光州、固始縣，東進廬州府霍山縣、六安州，分擾淮安府與揚州府。
這讓明淮安府巡撫：朱大典，急忙前來援剿。
另一邊的陝西承宣布政使司農民軍：混天星，則殺入西安府商州，流寇：闖將（李自成）則縱橫雒南縣，農民軍：過天星（惠登相）盤踞在鳳翔府汧陽縣、隴州，農民軍：獨行狼，在漢中府、農民軍：蠍子塊（拓養坤）在鞏昌府還企圖聯合與西番（朵甘都指揮使司）合謀攻取陝西承宣布政使司。
其餘湖廣承宣布政使司流寇盡在南直隸，而明應天府總鎮巡撫：張國維，則專門駐師在鎮江府丹徒縣，沿江戒嚴盤查過往人員。
不久流寇就從鳳陽行都督府潁州、亳州直殺滁州而來，連營火夜燭數十里羣賊會聚。
在到池河守禦百戶所斬殺明軍於大山寺，流寇們分別屯兵大江山、小江山、皇甫山、常山，等地使得揚州府儀真衛、應天府六合縣的軍民百姓們皆擔驚受怕。
2月初5日，明援剿總兵：左良玉，在南直隸大破流寇於廬州府舒城縣、六安州，連戰三捷。
而明重慶府總兵：秦翼明，則打敗流寇：闖塌天（劉國能）於黃州府黃岡縣細石嶺，擒賊將：一條蔥、新來虎。
部分敗逃流寇跑到廬州府英山縣，開始伐竹爲筏，圖謀渡江潛竄到大山中，被明應天府總鎮巡撫：張國維，檄榜明援剿總兵：左良玉，入山搜捕。
但左總兵仗着有軍功在身，不奉調、不進險山搜索，而是屯兵廬州府舒城縣。
再加上明援剿總兵擁有降丁萬人，在軍中救得婦女數千人，連營環繞數十里，左家軍所過之地到處劫掠百姓，抓壯丁入伍。
使得明應天府總鎮巡撫三次檄榜，讓左家軍出兵。
之後明援剿總兵才慢悠悠的從廬州府舒城縣進發，無奈流寇們已飽掠出境！
此刻明山西總鎮總兵：王忠，帶兵支援河南承宣布政使司，卻稱病數月不進！被明兵科右給事中：凌義渠，給彈劾，逮捕了王忠入大理寺庭審，又革去左良玉之職。
3月13日，農民軍：西營八大王（張獻忠）率軍從安慶府潛山縣出動，連破安慶府太湖縣、黃州府黃梅縣、蘄州。