而叛國投緬的明僞隴川宣撫使：嶽鳳，及其子：嶽襄烏，則被押送到大明帝都北直隸京畿順天府紫禁城內處死，邊境地區的土司們紛紛重新歸順到大明帝國門下。
7月13日，負責籍沒前任明內閣首輔：張居正，府中財產的官兵們開始登記人口，封鎖門戶。
此舉導致大批人員餓死或者被殺，正當處置張府家族時，年近80多歲的明一品詔命夫人：張老太，親眼目睹孫媳們一個個投環求死不得，複用匕首刺目，血流不止，左目遂瞎。
而先前長孫明禮部主事：張敬修，被抓下獄自殺，次孫明翰林院編修：張嗣修，被髮配邊疆充軍（待罪之身）三孫明江陵縣狀元：張懋修，投井自殺未成功又絕食自盡也失敗，一同被髮配邊疆充軍。
四孫明南鎮撫司錦衣衛指揮同知：張簡修，是武壯士出生又娶了明陝西三邊總督兼北直隸刑部尚書領南直隸兵部尚書：王之誥，的女兒，因此只是被貶爲庶民，免去一劫。
唯有五孫明尚寶司司丞：張允修，聽聞風聲之後，就逃到湖廣承宣布政使司荊州府江陵縣老家山林之中隱居起來。
以及六孫：張靜修，由於年紀尚幼，未授予任何官職，又在親朋好友的幫助下逃到德安府應城縣躲過一劫。
就在官兵們動手抓捕明一品誥命夫人，並上奏準備用刑之際，明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明都察院左副都御史兼刑部尚書：潘季馴，有些於心有不忍，就上疏明神宗：朱翊鈞，他們認爲（治張閣老之獄太急，至於奄奄待斃之老母，煢煢無倚之諸孤，行道之人皆爲憐憫。）
但是明神宗看後卻有些不悅，恰好明都察院江西道監察御史：李植、明都察院河南道監察御史：江東之，等人與明內閣首輔兼文淵閣大學士：申時行、明吏部尚書：楊巍，互相攻擊彈劾對方。
明刑部尚書：潘季馴，則幫助內閣打壓其餘彈劾官員。
於是明都察院江西道監察御史就以黨庇張居正，「朋黨奸逆，誣上欺君」言辭刻薄，呈交給皇帝陛下觀看，讓明神宗大爲喜悅，即刻就令明刑部尚書自辯。
誰知明刑部尚書上疏認罪，卻被削籍爲民。
8月初5日，廣西都指揮使司平樂守禦千戶所內，發生了因軍餉分賞不均，而導致士兵們鬧事，殺死打傷了四十餘人，並逮捕明平樂縣知縣：王佩搖，還企圖索要糧餉。
於是當地州府立刻命令官兵前往討伐，參加兵變者幾乎全部被殺盡，首要分子明平樂守禦副千戶：徐凱，被俘不屈自縊身亡。
之後由明都察院右副都御史兼廣西總鎮巡撫：吳文華，奏報朝廷，明神宗特此下令將明平樂府知府：周祈，逮捕入京問罪。
9月13日，朝廷升孟密安撫使司爲孟密宣撫使司，並任命明騰越州副總兵：劉綎，爲臨安府兼元江軍民府左參將，移鎮蠻莫安撫使司。
爲了對付緬軍的象陣，明臨安府兼元江軍民府左參將：劉綎，還買了大象，臨陣演習兵馬衝鋒，這些措施鞏固了雲南承宣布政使司的邊防，也加強了抵禦緬軍入侵的力量。
10月22日，明平樂府知府被押解至京，明神宗欲重治其罪，因閣臣搭救，才從寬處置革職爲民。
12月11日，建州左衛軍民指揮使司女真部族人們認爲，朝廷既以授封愛新覺羅·努爾哈赤爲建州左衛軍民千戶，而他卻還不領情！依舊在練兵準備攻打明蘇克素滸河部圖倫城主：佟佳·布庫錄（漢名：尼堪外蘭）報仇。
導致他的四族叔：愛新覺羅·龍敦，又起殺意，甚至有些人，也反對他掌管千戶所事務，並嚮明建州左衛軍民指揮使：鬆塔，反映情況。
不過明建州左衛軍民指揮使卻礙於他勇猛，且與朝廷有關係，故此沒太在意！
隨後四族叔就唆使了明建州左衛軍民千戶：愛新覺羅·努爾哈赤，的庶母弟（堂弟）：愛新覺羅·薩木佔，合謀由兆佳女真部城主：李岱，出面去導引海西女真哈達部搶劫建州左衛軍民指揮使司治下的瑚齊寨。
而愛新覺羅·薩木佔，則謀害了明建州左衛軍民千戶的得力助手，練兵主帥既；明建州左衛軍民千戶的妹夫，明建州左衛軍民百戶：噶哈善·哈思虎，致使他本部麾下的兵馬無人訓練。
但明建州左衛軍民千戶卻並沒有閒着，他一心想要報仇，更想要謀奪軍民衛指揮使的官職，便決定先穩住族內勢力，再圖出征之事。
明萬曆十三年公元1585年正月19日，四川都指揮使司治下的敘南衛建武守禦千戶所士兵驕縱，不聽節制，並要求預給當月錢糧。
這讓明敘南衛總兵：沈思學，得知消息後，當即下令革去鬧事官兵，也引得其餘士兵們不服，連夜發生譁變起事，放火焚燒了總兵府官署，還打傷了沈總兵，就連明四川總鎮巡撫兼都察院右僉都御史：雒遵，都控制不了這個局面。
只得上奏給朝廷，請求明神宗派兵鎮壓，並把明敘南衛總兵革職查辦。
正月21日，明建州左衛軍民千戶：愛新覺羅·努爾哈赤，獲悉海西女真哈達部是被內部人員引誘進來，的這個情況後，他決計先發制人，向兆佳女真部城主：李岱，發動攻擊。
時值大雪紛飛，建州左衛軍民指揮使司女真兵由瑚齊寨至兆佳城，需要翻越噶哈嶺，此處山勢陡峭，道路難行。
士兵們剛到達嶺前，便有人畏怯意圖後退，被明建州左衛軍民千戶得知後，一方面曉喻兵將樹立信心，另一方面則周密佈置，他率先鑿山爲磴，命令士卒們用繩子連馬，前拉後推魚貫而上，很快就圍困住了兆佳城。
而兆佳女真部城主事先接到密報，已聚兵登城早有戒備，讓明建州左衛軍民千戶見狀，不得不親自身先士卒奮力強攻。
其中明建州左衛軍民總旗：鈕祜祿·額亦都，率先登上城牆領兵跟進，守城的兆佳女真兵們力不能支，出現了全線潰敗的情況，導致兆佳女真部城主被俘。
同時在北直隸京畿順天府紫禁城內，明神宗召明通政使司左通政：海瑞，爲南直隸都察院右僉都御史，命他即刻赴任。
當時明南直隸都察院右僉都御史：海瑞，已經七十二歲了，他直言上疏稱自己衰老垂死，願意效仿古人尸諫的意思，並列舉出明太祖吳王洪武高皇帝陛下刑法，剝人皮裝上草製成皮囊，以及定律枉法多達八十貫，用以判處絞刑的規定。
並且還說應當用這樣的方法，來懲治貪污，其它謀劃時政，言語極爲切實，只有勸皇帝用暴虐刑法才能治國。
然而當時南北直隸都察院的官員們評議，都認爲這樣做是錯誤的？故此由明都察院經歷使：梅鵾祚，出面彈劾明南直隸都察院右僉都御史：海瑞。
好在明神宗明察秋毫，認爲明南直隸都察院右僉都御史言論雖有過失，卻清楚的意識到海大人的忠誠，爲此只是免去明都察院經歷使的俸祿，並改任海瑞爲南直隸吏部右侍郎。
3月10日，朝廷下令明元江軍民府知府：那恕，去招撫明車裡軍民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年間，車裡軍民宣慰使司就曾以大車裡（既；宣慰使司南部）應緬甸軍民宣慰使司，而以小車裡（既；普洱縣一帶）應大明帝國。
這次在明軍對緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝的自衛反擊戰中，取得了勝利的形勢下，明車裡軍民宣慰使才復歸大明帝國，並進獻訓象、金屏、象牙諸物，以謝罪。
在這種情況下，明神宗不計前嫌恢復了他的車裡軍民宣慰使官職。
4月初10日，禮部重修「大明會典」，要刑部提供有關法律資料，明刑部尚書：舒化，與明吏部尚書：楊巍，遂選輯自明嘉靖三十四年公元1555年曆次詔令以及〈宗藩條例〉、〈軍政條例〉、〈捕盜條例〉、〈漕運議單〉中與法律相關的條款，以律令爲正文，以事例爲附註，共三百八十二條，彙編成書，定名爲〔問刑條例〕。
5月19日，明神宗早朝退了之後，以平臺方式召見明內閣首輔：申時行，等官員們商議大事。
明陝西總鎮巡按兼都察院廣西道監察御史：董子行，趁機上奏疏稱“總鎮巡撫、總鎮巡按，官員當親自巡歷地方，不可推諉給其餘將吏，總鎮巡撫宜久任，沿邊兵備道官員宜加優待，沿邊同知、通判等官員宜慎選用，破格遷除。”
此刻明神宗則回覆道“董愛卿所言甚是，邊疆之事重大，若總鎮巡撫、總鎮巡按，官員不親歷地方，而專委小官，豈不誤事也！”
但明內閣首輔等官員卻上奏說“就如陛下所言，邊疆之事全賴總鎮巡撫、總鎮巡按，官員他們每年巡歷地方，而下人不敢欺騙，自能盡心料理，若總鎮巡撫久任，卻不惟人才得以展布，發揮作用，而百姓亦得相安無事。”
明神宗則說“總鎮巡撫久任者，寧可加俸加銜，也不行以親故贊其成，非大臣謀國之忠。”
立刻就被明內閣首輔奏辯道“當初陛下閱視此地時，都察院江西道監察御史李大人、都察院河南道監察御史江大人，可並沒有說起此事，若輕易更動乃輔臣召對之典，自孝廟後至是再舉。”
由此引起了明神宗的注意。
6月17日，四川都指揮使司敘南衛建武守禦千戶所，參加譁變的士兵將領如；明建武守禦副千戶：範泰龍、明建武守禦千戶所鎮撫使：李德，等十餘人被殺，並傳首所部兵營。
又有四川承宣布政使司龍安府平武縣楊柳蕃人進犯松潘衛金瓶堡，以及成都府茂州蕃人聯合起來集結成48寨，北上進犯疊溪守禦千戶所與疊溪長官使司、普安堡、歸水巖，一帶導致川西震驚。