7月17日，南直隸蘇州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司寧波府、紹興府，瀕海地區又發生大風雨，海溢傷害莊稼，淹死人畜不計其數。
同時明太子太保兼武英殿大學士：許國，上疏稱“今四夷交犯，而內外小臣爭朝務攻擊，致大臣們紛紛離去，誰能再爲國效力？請申諭諸臣，各修職業，不得意氣用事，攻擊大臣。”
明神宗：朱翊鈞，得知後，立即告誡六部和都察院官員們，下令道“近來或卑凌尊，或新間舊，或僚屬而制官長，或長吏而排閣臣，致使國事紛紛，朝納混亂，大臣解體，爭欲去官，國無其人，朕與誰共理國事！今後再有肆行誣衊大臣者將重治不貸。”
7月24日，明福建提刑按察僉事：李琯，上疏彈劾論前任明內閣首輔：申時行，十大罪！其一；明鹽城縣訓導：龐尚鴻，奏壽宮（明神宗選擇的陵墓）有水、不吉利，但明內閣首輔卻置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，謀擁立之功。其三；請陛下下詔禁言路。其四；將明南直隸國子監司業：劉應秋、明廣東布政使司右參議：章守誠、明南直隸吏部驗封清吏司主事：蔡時鼎，告發自己罪狀的奏摺留中不發，其欺君罔上行爲甚於張閣老。其五；其子：申用嘉，假冒籍貫，中浙江承宣布政使司鄉試、其婿：李鴻，假冒籍貫納監，村民：沈璟強、汪讓，代爲取中。其六；縱容家人：宋九通，賄納京衛經歷使司，未嘗歷俸，竟得雙封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史：郜光先，之賄金，而私授他爲總制陝西三邊總督軍務官職，致使敵寇盤跨兩川。其八；私收明遼東總鎮總兵：李成樑，賄金爲他掩蓋敗績，陣亡八百人，竟反以奏捷議賞。其九；爲明湖廣總鎮巡撫兼都察院右副都御史：秦耀，報私怨，而暗中排擠明吏部尚書：宋琯，爲明金門備禦千戶：徐春時，復私仇，而排斥明吏科左給事中：張養蒙。其十；接受被罷官回府聽候處理的明漳州府知府：胡繼新，之珠寶而私自將其留用，接受因罪被審問的明神武中衛指揮僉事：李時孝，之寶玉，而免去其罪。
最後還列舉了明文淵閣大學士：王錫爵，的諸多不法事件，稱其與前任明內閣首輔：申時行，是；同惡相濟、宜並罷斥，以正欺蔽之奸。
在明福建提刑按察僉事：李琯，將奏摺呈上去之後，明武英殿大學士：許國，立刻辯說法司彈劾閣臣無先例。
於是明神宗開始傳令由；六部、六科，進行私議，處決把李琯革職爲民。
8月初9日，南直隸鳳陽行都督府泗州以及泗州衛大水，淹沒了衛指揮所公署三尺深，溺死軍民無數，且浸及鳳陽行都督府祖陵〈孝陵衛〉。
爲此明南直隸工部尚書：曾同亨，奏報此事上朝堂惹得羣臣們議論紛紛，明神宗遂命明工科給事中：張貞觀，前往鳳陽行都督府泗州衛勘視水勢。
9月12日，河套打兒漢子部首領：土昧，與河套永謝布部首領：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市請求，復開臨邊要賞，聲犯內地以求赦書。
這引起了坐鎮在陝西承宣布政使司的，明兵部尚書兼陝西三邊總督：魏學曾，的注意，他特地傳令讓明延綏總鎮總兵：杜桐，率軍出擊，打算斬殺河套永謝布部首領。
很快明延綏總鎮總兵：杜桐，就與明延綏總鎮巡撫：賈仁元，用計先出兵奇襲河套永謝布部，逼出首領並追擊。
在讓明榆林衛右參將：張剛，出延綏總鎮鎮羌守禦千戶所神木縣，明鎮羌守禦千戶所遊擊將軍：李紹祖，則從延綏總鎮孤山堡出擊，主力方面由明延綏總鎮總兵：杜桐，率領輕騎自延綏總鎮榆林衛，三道並進夾擊敵寇。
明軍一遭遇到河套永謝部就力戰，大破敵軍斬首四百七十三人，其中河套永謝部首領：唐兀·明安，被明軍火銃隊射殺。
消息傳開之後，河套部駐紮的漠南蒙古各部就像炸開了鍋一樣，以原大明襖兒都指揮使司，現今河套鄂爾多斯部爲主打頭陣，打算對明軍進行報復，自此陝西承宣布政使司兵端復開。
河套永謝布部首領之子：唐兀·擺言太，日思報復大明帝國，打算聯合明襖兒都指揮同知：孛兒只斤·博碩克圖濟農、大明順義郡王兼漠南蒙古土默特部副首領：孛兒只斤·卜失兔、漠南蒙古多羅土蠻部首領：孛兒只斤·火落赤、河套鄂爾多斯部忙忽軍民千戶：壘青古拉齊（鐵雷）、河套鄂爾多斯部萬戶兼吉能：孛兒只斤·諾延達喇，河套鄂爾多斯部幹魯忽奴千戶：孛兒只斤·切盡黃臺吉、漠南蒙古敖漢部首領：孛兒只斤·小歹青，等部一起進攻大明帝國。
導致明延綏總鎮總兵：杜桐，先是被朝臣給彈劾罷免，後被明神宗覺得他有斬殺敵軍的功勞，便授封爲「右軍都督府都督僉事」。
10月初1日，明南直隸工部尚書：曾同亨，督工，請「清皇內府工匠」由其弟明南直隸光祿寺少卿：曾乾享，上疏請求；裁冗員以裕經費。
京營各路武官聽信流言，誤以爲欲減其俸糧，共同起事擁兵從內城直入左右長安門，欲向皇城內的內閣羣臣們控訴情況，恰好偶遇明南直隸工部尚書出朝至此，遂鬧嚷大譁圍而辱之。
幸好明兵部尚書：石星，聞訊立即前往，並傳旨宣佈解散鬧事的京營武將，還懲罰了掌管後軍都督府事的明太子太保兼定國公：徐文璧，被奪俸半年，守門官由法司提審問罪。
同時明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成樑，隨着他官場的不斷髮展，爲越發變得貴極而驕，奢侈無度，全遼的商民之利他都攬入自己名下，從此他結交權門和朝廷的官員。
在11月初9日，被明都察院山東道監察御史：張鶴鳴，給彈劾，不成想明神宗直接就罷免了李成樑在遼東都指揮使司的一切職務，僅僅以大明寧遠伯的身份讓李成樑來朝覲見。
之前明寧遠伯：李成樑，在遼東都指揮使司的時候，所立的戰功大多數都是在塞外，所以很容易掩飾真實情況。
如果敵寇進入內地，就以堅城清野作爲依託，擁兵觀望形勢然後出擊，甚至可以掩飾敗績變爲功勞，殺良民冒充敵軍的首級，也是常有之事！
導致閣部的官員們都被他所矇蔽，總督、總鎮巡撫、監察御史，稍微有與他忤逆的意思，就被他排擠出去，以至於都不能檢舉他的不法行徑。
先後有明遼東總鎮巡按兼都察院山西道監察御史：陳登雲、明都察院河南道監察御史：許守恩，得到了他殺降冒功的罪證，想要上奏。
不成想卻遭到明遼東總鎮巡撫兼都察院右僉都御史：李鬆、明都察院右副都御史：顧養謙，等人給阻止。
既而又引起了朝中的議論沸騰，明都察院雲南道監察御史：朱應轂、明河南都指揮僉事：任應徵、明福建提刑按察僉事：李琯，相繼上書予以抨擊。
因爲明寧遠伯：李成樑，的事情有證可查，但是最終因爲朝中靠山的暗中支持，纔不至於治罪，等到他的靠山明內閣首輔：申時行、明禮部尚書：許國、明文淵閣大學士：王錫爵，等人相繼離職之後，明寧遠伯就完全失去了依託，最終被罷免。
12月10日，葉赫女真部東城貝勒：納拉·納林布祿，派遣使臣：宜爾當、阿擺斯，到建州左衛軍民指揮使司去面見明建州左衛軍民指揮使：鬆塔，順便拜訪一下親家，明建州左衛軍民指揮僉事：愛新覺羅·努爾哈赤，打算撈點好處。
經過一番誇讚之後，葉赫女真部東城貝勒就直奔主題，提出索要地臨海西葉赫女真部的額爾敏城、扎庫木城，這兩處地方。
此話一出，當即就遭到了明建州左衛軍民指揮使的嚴詞拒絕，就連一旁的明建州左衛軍民指揮僉事也從旁反駁，表示不肯割地！
這讓親家方面的葉赫女真部東城貝勒，碰了一鼻子的灰，還沒撈到任何好處，只能灰溜溜地先走了。
在此之後葉赫女真部東城貝勒爲了報復，便聯合了；輝發女真部、哈達女真部，一同派遣使臣至建州左衛軍民指揮使司，以武力相威脅，繼續索要土地。
從而也激怒了明建州左衛軍民指揮使與明建州左衛軍民指揮僉事。
掌管衛所軍印的明建州左衛軍民指揮使，當即就下令將葉赫女真部爲主的，三部女真使臣，全部驅逐出建州女真左衛軍民指揮使司。
之後又在明建州左衛軍民指揮僉事的鼓動下，寫了一封十分辛辣的書信，用來譏諷葉赫女真部東城貝勒：納拉·納林布祿，與葉赫女真部西城貝勒：納拉·布寨，並讓使臣當着兩人的面宣讀此信，以此來羞辱兩位親家貝勒爺。
這使得被明建州左衛軍民指揮使惹惱了的葉赫女真部東城貝勒，自恃部衆強大，並在朱舍裡部女真、納殷部女真，的支持下，搶掠了建州左衛軍民指揮使司統治下的洞寨城。
但是這讓明建州左衛軍民指揮使很生氣，他打算派出明建州左衛軍民指揮同知：王忽、明建州左衛軍民指揮同知：勝革力、明建州左衛軍民指揮僉事：王忽疼克、明建州左衛軍民指揮僉事：昂己、明建州左衛軍民指揮僉事：大疼克、明建州左衛軍民指揮僉事：愛新覺羅·努爾哈赤、明建州左衛軍民經歷使：馬哈塔吉，負責調配軍需抵抗。
這其中明建州左衛軍民指揮僉事兼聰睿貝勒：愛新覺羅·努爾哈赤，由於考慮到出於親情的關係，再加上自己已經派出兵力去東征東海野人女真部、長白山女真部、鴨綠江女真部去了。