消息傳到北直隸紫禁城後，明神宗：朱翊鈞，立即前去祭告宗廟，並撥銀一千兩，犒勞陝西都指揮使司邊關將士。
因漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜，遭到了嚴重打擊，但在朵甘都指揮使司一帶，並不只是這一個部落，比較強大的還有漠南蒙古右翼多羅土蠻部首領：孛兒只斤·火落赤、漠南蒙古永謝布部首領：孛兒只斤·瓦剌他卜囊、漠南蒙古右翼多羅土蠻部臺吉：真相，等漠南蒙古諸部依舊強大。
這讓偷雞不成蝕把米的漠南蒙古永謝布部臺吉非常不甘心，他便又糾集了這些部落，組成了一支1萬5千多人的龐大軍隊，傾巢而出。
10月13日，由答思麻萬戶府入東科爾方向，在進犯西寧衛。
隨後明甘肅總鎮巡撫：田樂、明西寧衛參政監軍：龍膺，等官員商議後，決定先把敵軍放入西川鎮海堡，在憑堡壘據守，消磨他們的銳氣。
到時候再出一支生力軍，定能一舉大獲全勝。
所以根據這個戰略計劃，明軍就在西川鎮海堡康纏釣兒灣建立防禦，在以4千多人面對漠南蒙古大軍，明甘肅總鎮巡撫負責率軍防禦西寧衛，隨時準備出擊。
10月17日，兵部考選軍政，明神宗下令說“其中有許多副千戶，未經奏請即署秩正四品官職（衛指揮僉事）？”
於是下令，嚴厲責備大臣們徇私、兵科不檢舉揭發，又責備五城御史抄太監客用家時不稱旨，責備客用的財產私藏於明崇信伯：費甲金，家而刑部拷訊無實。
最後又移怒於南北兩京六科、監察道御史官，責其失職，閉口不言。
爲此先後將兩京中的；兵部武選清吏司郎中、兵部給事中、兵部員外郎、兵部主事、十三道監察御史等文臣武將，三十餘人盡罷斥爲民，數十人或被降爲雜職，或被貶級調外、發配邊疆，或仃支俸一年。
此時明內閣首輔：趙志皋、明東閣大學士：陳於陛、明吏部尚書：沈一貫，及九卿各自上疏救援，導致明兵部尚書：石星，還請自己罷職以寬被害諸臣，但明神宗：朱翊鈞，皆不聽。
反而還惹得明神宗嚴治諸臣的聖旨頻煩下達，舉朝無不震驚，史稱「軍政之獄」。
10月24日，蒙軍就包圍了明軍，四面發起進攻，明西寧衛左參將：達雲，負責指揮將士們迎擊，從上午戰到下午，明軍陣營依然沒有被攻破。
待天色將晚時，明甘肅總鎮巡撫才交接完西寧衛的城防，並親自率領明西寧衛參政監軍：龍膺、明莊浪衛指揮同知：佘德榮、明甘州中衛總兵：鄭恕，等將領帶着1200多名精兵從西寧衛趕來增援。
明軍與蒙軍激戰了一天，導致蒙軍士氣開始低落，又聽說有明軍援兵到來，覺得無法取勝，開始撤退。
當即就被明甘肅總鎮巡撫率兵追擊，一直追趕蒙軍到了東科爾寺白石崖才返回，蒙軍已無心戀戰，被明軍斬首8百多人，史稱（西川大捷）其中還包括青海蒙古諸部首領：滿克王、把漢他卜囊、脫賴舍人，等人都被明軍俘殺。
還要提到的是，這一場仗看上去似乎是明軍以少勝多，以五六千人擊敗三倍於自己的蒙軍，實際上這裡面還有其他藏族、土族等部落的援助。
西寧衛一帶的藏族、土族部落，長久以來就受到漠南蒙古部落（青海蒙古土默特部～也叫西海蒙古諸部）的欺壓，早就視其爲敵人，所以明甘肅總鎮巡撫在戰前就派人四處聯絡，還得到了他們的支持，並許諾出兵助戰。
西川鎮海堡一戰，參戰的藏族、土族等首領有：刺卜爾、西納、大咎順、申中，隆奔、罕東、班撒兒、思蠻、下咎順、祁採忠，等部落都各出3百精騎與明軍配合作戰，還有果迷等十九族7千多士兵直接聽從明軍將領調遣。
甚至就連瞿曇寺、圓覺寺、寶貝寺、會寧寺的大小喇嘛也都參加了戰鬥，事後又在轄地內積極配合明軍築堡招撫番民。
若沒有這近萬名藏軍助戰，明軍想要以劣勢兵力擊敗優勢的蒙軍，恐怕比較困難！
以至於後來在報功時，朝廷兵部也承認此一役也，官兵之截戰，誠爲首功，而番兵衆之夾擊，亦爲特殊功績。
此三次大捷總稱爲〈湟中三捷〉在萬曆二十三年這一年的時間裡，接連打擊了勢力強大的多個西海蒙古部落，致使漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜、漠南蒙古永謝布部首領：孛兒只斤·瓦刺他卜囊，等部落不敢再留在原地。
而是迅速遷徙到鹽池以西，其中漠南蒙古多羅土蠻部首領：孛兒只斤·火落赤，也率部渡過黃河南遁，途中還被藏族番兵追擊。
幾個挑起邊患的主要西海蒙古部落遠遁後，留在當地的小部落實力非常弱小，因此大明趁機招撫，各部紛紛重新依附大明帝國，這纔是湟中三捷的政治意義。
軍事上，青海蒙古各部落在祁連山一線的實力被削弱，明軍乘機招募士兵，修築邊堡，把防線往前推進，這是爲下一步做準備。
11月初6日，明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主：南達勃因（漢名：莽應裡）只能自保於都城〈勃固城〉之內，卑謬王國宣佈獨立，其中清邁蘭納泰王國更是爲了抵禦瀾滄王國兼老撾軍民宣慰使：諾皎固蒙，的進攻。
而接受了大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝的宗主權。
隨後明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主在東籲的堂弟良淵王：明耶仰達梅（漢名：莽雍罕）更是對勃固城的王位垂涎三尺，這使得緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝各地，再次陷於軍閥割據的狀態。
11月10日，被留在四川承宣布政使司重慶府的明播州宣慰使司都事：楊可棟，突然病死在明軍監視中。
消息很快就傳開來，楊應龍得知自己二子死去的消息，就懷疑是大明官員毒害的？他當即拒絕繳贖金，實際上朝廷東部戰線未穩定，不可能在挑起爭端，爲此又激起了朝廷的猜忌。
但沉浸在喪子之痛中的楊應龍，卻未必會這樣認爲。
他要求地方官歸還次子：楊可棟，的遺體，而官方以尚未完成勘報爲由拒絕，並敦促播州宣慰使司繼續繳納贖罪金。
這使得楊應龍大怒，直接丟下一句“假如吾的兒子復活，銀子就能送來。”
隨後就率部驅使一千多名僧侶，舉行招魂儀式，馳返播州宣慰使司，他認爲這樣可以把次子的靈魂帶回故鄉。
明萬曆二十四年公元1596年6月24日，明府軍前衛副千戶：仲春，疏請開銀礦，以助重建坤寧宮、乾清宮，兩大殿費用。
明神宗得知後馬上降旨，命戶部和北鎮撫司錦衣衛隊各派一人同明府軍前衛副千戶一起開採，其中明戶科給事中：程紹、明工科給事中：楊應文，各上疏諫阻，可明神宗根本不聽。
於是明戶科給事中上奏說道“自嘉靖二十七年七月命採礦，至嘉靖三十六年十二月的盡十年間，先後委官四十餘人，派防兵一千一百八十人，俸糧、器械、鉛、炭，所費計銀三萬餘兩，而開礦所得只有銀二萬八千五百餘兩，得不償失！”
然而自從明府軍前衛副千戶奏開礦之疏行起，獻礦洞者踵至。
7月初2日，明北鎮撫司錦衣衛百戶：陸鬆、明鴻臚寺主簿廳主簿：許龍、明順天府儒學教授：馮時行、明順天府經歷使：趙鳳華，等官員各言開礦助大工，還有明詹事府錄事：曾長慶，請在山西承宣布政使司平陽府解州夏縣開礦。
明神宗不但皆予允准，而且於同日正式命戶部赴北直隸京畿境內的真定府、保定府、薊州鎮、永平府，一帶巡查開礦。
7月10日，被囚禁在建州左衛軍民指揮使司的烏拉女真部貝勒：納拉·滿泰，之弟：納拉·布佔泰，在這三年中一直接受洗腦。
其中明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，的弟弟明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·舒爾哈齊，還按兄長的旨意，將自己的長女：愛新覺羅·額實泰，嫁給了納拉·布佔泰爲妻。
當烏拉女真部貝勒死後，明建州左衛軍民指揮使見時機成熟了，便立即派遣明建州左衛軍民試百戶：圖爾坤·黃佔、明建州左衛軍民總旗：博爾昆·費揚古，率兵護送納拉·布佔泰迴歸烏拉女真部，並迅速地掌管起烏拉女真部政權。
但烏拉女真部內前任烏拉女真部貝勒之叔：納拉·博克多，因與納拉·布佔泰一起爭奪汗位，先後被護送的建州左衛女真軍所殺。
在兩位建州左衛女真將領的輔助下，納拉·布佔泰牢牢地掌握起烏拉女真部的統治大權。
在新任烏拉女真部貝勒：納拉·布佔泰，返回烏拉女真部的初期，他從自身安危考慮，只能與建州左衛軍民指揮使司所部保持着友好的部鄰關係。
爲此還將自己的妻妹嫁與明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·舒爾哈齊，爲妻，兩部又一次聯姻。
7月14日，前任明播州宣慰使：楊應龍，再次起兵叛亂，他率軍襲擊了四川承宣佈政司播州宣慰使司境內的餘慶長官使司，挖出前任明餘慶長官使：毛承雲，的棺木開始亂砍屍體。
還焚燒了草塘安撫使司，圍攻黃平安撫使司，以及派弟弟明播州宣慰使司副使：楊兆龍，屠殺明重安長官使：張熹，一家上下。
又去掠奪貴州承宣布政使司境內的；石阡長官使司、都壩裡，貴州都指揮使司興隆衛、偏橋衛、都勻衛，等地使得地方駐軍們，紛紛聯名上奏，要求朝廷儘快派兵鎮壓明播州宣慰使。
7月20日，明承運庫掌印太監：王虎，帶領明戶部山西清吏司郎中：戴紹科，和明北鎮撫司錦衣衛指揮僉事：張懋忠，在京畿內上述各府州興工開採。