待緬軍退後，明隴川宣撫使：多思順，因此次緬軍入侵是明猛卯土司：多俺，引導的，便糾集明孟密宣撫使司同知：思化，與明芒市御夷長官使：多泰，等同僚一起攻打多俺。
斬殺其子：多荒，嚇得多俺急忙逃往木邦軍民宣慰使司，後歸附緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝。
5月28日，南直隸鳳陽行都督府潁州百姓：王自簡，聚衆千人發動造反，旋即遭到官軍鎮壓。
6月20日，朝廷以明潁州兵備道副使：李驥，等俘獲王自簡等人有功，下令嘉獎，並各賞銀有差。
所以當明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主：南達勃因（漢名：莽應裡）第五次出兵征討大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝失敗後，又加上之前明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王儲：摩訶·烏巴羅闍乘納，的戰死。
以及漢達瓦底城還爆發了鼠災，導致全國軍民嚴重處於饑荒狀態。
也讓明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主徹底喪失了，繼續出兵征戰的機會，只能先穩定國情再說。
12月26日，漠南蒙古內喀爾喀巴嶽特部老薩貝勒：孛兒只斤·答補、漠南蒙古科爾沁部貝勒：博爾濟吉特·明安，因之前參與過九部聯軍討伐建州女真左衛軍民指揮使司被明軍以及建州女真軍暴打過。
所以知道有朝廷爲靠山的，建州女真八部勢力不斷強大，就遣使與其通好。
12月30日，明神宗：朱翊鈞，聽從明兵部尚書：石星，之請，命明臨淮候勳衛兼後軍都督府署都督僉事：李宗城，爲正使、明五軍營右副將署大寧都督僉事：楊方亨，爲副使，各賜武官一品服。
讓他倆帶着［郡王常服］與冠冕，前往李氏朝鮮王國尚慶左道慶州府釜山浦對倭軍宣誓封幕府關白：豐臣秀吉，爲幕府國王兼大明郡王，並且還要親自去安土桃山幕府和談。
明萬曆二十三年公元1595正月初3日，明鄭恭親王：朱厚烷，長子明鄭恭親王世子：朱載堉，奏請“宗室子弟，皆得儒服就試，中式者無論中外職，視才器使。”
明神宗從其奏請，後經禮部大臣會議，至明萬曆三十三年公元1605年12月初1日才正式施行，但規定宗室子弟和及第之後不得授予京朝官。
4月初8日，明神宗派遣明兵部左侍郎：李汶，負責總督三邊軍務，在讓明西寧衛遊擊將軍：劉敏寬，出任〈西寧衛兵備道副使〉、明肅州衛遊擊將軍：達雲，升爲「西寧衛左參將」。
就這樣明甘肅總鎮巡撫：田樂，得到了軍備上的幫助認爲時機已經成熟，就召集諸將們開會，商量如何整肅西部邊患。
首先明甘肅總鎮巡撫認爲，陝西行都指揮使司甘肅總鎮甘州五衛的漠南蒙古永謝布部萬戶兼喀喇沁部領主昆都侖歹成臺吉：孛兒只斤·青把都兒，以及青海蒙古的漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜，互相呼應。
往往先後發起劫掠，讓我軍顧此失彼，疲於奔命，如今應該集中力量，發起一次突襲，先打衛拉特垮切吉合吉部，再回過頭來專心對付漠南蒙古永謝布部，就能夠平定這兩個部落了。
於是明甘肅總鎮巡撫就做出了部署，明軍兵分四路，去奇襲衛拉特切吉合吉部所在的甘浚山。
4月11日，大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝國王：宋德·帕·納黎萱·馬哈拉吉，率領大軍，第一次正面出擊，直接攻打緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝的首都〈勃固城〉。
預知危機後，明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主立刻求助於鄰國的阿拉幹王朝國王：明耶娑基，想讓他幫助自己，並給予相應的報酬。
阿拉幹王朝國王也比較給力，立即就派遣了弗朗基王國（葡萄牙）菲利浦·德·布里託（漢名：人勃利多）率領弗朗基僱傭軍，協同東籲王朝軍隊聯合，並侵佔沙廉鎮。
而清邁蘭納泰王國兼八百媳婦王國，既；（明八百大甸軍民宣慰使）副王：莽農他梅宋，也派遣部隊援助兄長緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝，前去騷擾大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝的北部，使得暹羅軍這次沒能攻陷勃固城。
但是緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝，卻已經失去了往日霸主的地位。
5月初3日，明軍順利抵達預定位置，決定在次日辰時發起進攻。
由於漠南蒙古永謝布部萬戶兼喀喇沁部領主昆都侖歹成臺吉：孛兒只斤·青把都兒，沒有任何防備，導致在被明軍襲營時無法組織起有效防禦，手下們還自相殘殺，迸奔冒竄。
這讓明軍見狀大喜，明甘肅總鎮巡撫：田樂，下令全軍追擊，除了漠南蒙古永謝布部萬戶隻身逃脫外，其餘衛拉特切吉合吉部首領多數陣亡，明軍還追擊出去二百多裡，斬首六百七十多人，取得了第一個大勝仗，甘山一帶被平定。
史稱（甘山大捷）此意義在於明軍拔除了這個方向的一根刺，從此可以專心對付朵甘都指揮使司方向的青海蒙古部落了，而不用擔心背後起火。
5月11日，明四川總督：邢玠，下令讓明重慶府知府：王士琦，單騎趕赴播州宣慰使司。
在鬆坎裡就收到戰報，並接見了明播州宣慰使：楊應龍，他帶手下五花大綁前來。
這一次明播州宣慰使不施展兵法，玩起了演技，把自己捆綁起來，跪在路旁痛哭請罪，還雙膝下跪去迎接明重慶府知府，期間一直磕頭磕到頭破血流。
他還主動獻出了明播州宣慰使司副使：黃元、明播州宣慰使司僉事：阿羔、明播州宣慰使司經歷使：阿苗，等十二個替死鬼，以抵銷自己的罪責，並認罰四萬金，並協助朝廷採木。
最終朝廷議定將楊應龍革職，由其長子明播州宣慰使司同知：楊朝棟，代理職務，暫時羈押其次子明播州宣慰使司都事：楊可棟，爲人質，等楊應龍如數繳納罰款再行釋放。
5月23日，遼東都指揮使司方面發現建州女真八部相比於其他女真諸部都強，可能是出於制衡建州女真八部的需要，遂決定在開原衛和漠南蒙古內喀爾喀五部互市。
由於在開原衛的互市，也使得漠南蒙古內喀爾喀五部經濟上得到滿足，漸漸開始疏遠建州女真八部，因此埋下了伏筆。
6月17日，甘山之戰結束，明軍就可以騰出手來對付漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜，他是韃靼部俺答汗兼大明順義郡王：孛兒只斤·阿勒坦，的從子。
明隆慶五年被朝廷封爲從一品龍虎將軍兼莊浪衛指揮同知。
但在韃靼部俺答汗兼大明順義郡王死後，明龍虎將軍兼莊浪衛指揮同知：孛兒只斤·永邵卜，就失去了約束，他叛逃明廷丟失官職，帶領部落進入朵甘都指揮使司境內的答思麻萬戶府，勢力逐漸強盛。
他和漠南蒙古永謝布部首領：孛兒只斤·瓦剌它卜囊，都是明軍最強大的兩個對手。
由於漠南蒙古永謝布部臺吉部衆強盛，野心很大，所以漠南蒙古永謝布部萬戶被明軍擊潰的事，並不會影響他的驕傲，他也不會主動收縮防禦，反而可能主動出擊，以顯示自己的強大。
這點已經在大明官員的預料之中。
8月初2日，明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·舒爾哈齊，首次帶領建州女真左衛使團前往京城朝貢。
這次回來經歷讓他大開眼界，看着中原地區的繁華景象，在想想建州左衛軍民指揮使司的蠻荒部落地區，讓他開始對自己屈居在兄長的屬下地位感到不滿，他希望有朝一日能夠當上建州女真左衛軍民指揮使。
他還對中原先進的農耕文明和漢文化產生了濃厚興趣。
爲此還特意在京城訂製了一件漢服，並且親自穿着漢服入朝覲見大明天子，朝中的文武百官們見狀，紛紛誇讚這是建州女真八部裡面最有漢文化之人了。
就連穿着冕服十二章的明神宗：朱翊鈞，也很賞識明建州左衛軍民鎮撫使，還賜了許多金銀珠寶給建州女真左衛朝貢使。
另外明禮科給事中：楊天民、明都察院四川道監察御史：牛應元，曾奏“建文年號，不宜革除，值會纂修國史之時，當更正洪武三十二年至洪武三十五年的年號，以復建文元年、二、三、四，的四年之舊。”
禮部議從其議，明神宗亦表示同意，於9月初6日，下詔以建文朝附國史《太祖本紀》末，復其年號。
同時漠南蒙古永謝布部臺吉定下了在九九重陽節日，準備進攻西寧衛的計劃，他認爲這個重大節日，明軍必定不會有所防備。
然而漠南蒙古永謝布部臺吉的計劃，卻早以被大明收買的其他部族所通知了明甘肅總鎮巡撫，還召集衆將領們經商議後，明軍決定採取將計就計的策略。
以明南直隸國子監博士：龍膺，爲參政監軍，明西寧衛兵備道副使：劉敏寬，在南川伏羌堡捏爾朵峽一帶設下伏兵，圍殲漠南蒙古永謝布部臺吉。
9月初9日，漠南蒙古永謝布部臺吉糾集了漠南蒙古右翼多羅土蠻部首領：孛兒只斤·火落赤、漠南蒙古右翼多羅土蠻部臺吉：孛兒只斤·真相，等部落的2千多精銳騎兵進入了南川伏羌堡。
等他們大部進入峽谷後，明軍四面伏兵四起，明西寧衛左參將：達雲，一馬當先，陣斬了漠南蒙古主帥：把都爾恰。
致使蒙軍騎兵遭到埋伏，又損失了主帥，方寸大亂，無力抵抗，只能四散奔逃，明軍一直追殺到了午時，戰鬥才結束，總共斬獲夷首六百三十九人。
這次戰鬥給了漠南蒙古永謝布部臺吉以沉重打擊，從朝廷到邊關將士們都深受鼓舞，明陝西總鎮巡按：喬廷棟，聞訊連忙和明陝西三邊總督：李汶，一起前來考察戰場，並稱“真是樹壯酞於九塞，豈直築京觀於兩河。”
史稱（南川大捷）。