但是得知情況危急之後，明備倭總兵：麻貴，即刻將各地的駐守兵力召來，全力守衛李氏朝鮮王國首都京畿右道漢城府。
此時倭軍自忠清右道公州牧兵分兩路，由幕府第一軍左副將：加藤清正、幕府豐後國藩主：太田一吉，率兵攻取了忠清右道清州府、天安郡，幕府第三軍甲斐守：黑田長政、幕府第八軍右軍大將：毛利秀元，率兵攻取全羅右道全州府黃石山城。
其餘倭軍則乘勝長驅直入，再次將兵鋒指向京畿右道漢城府，各地的李氏朝鮮守軍們又得知明軍撤退，頓時戰心全無。
又加上倭軍的節節勝利，使得京畿右道漢城府再度陷入到恐慌之中，就連明備倭總兵也準備放棄漢城府王京，攜帶李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，北逃平安西道平壤府的打算。
很快駐紮在平壤府的明都察院右僉都御史兼朝鮮經略：楊鎬，得知後，他急忙趕到京畿右道漢城府，當面斥責了明備倭總兵的舉動，責其不戰之狀，並將臨陣脫逃的明軍南原都護府守將明東征左副總兵：楊元，押解回去遼東都指揮使司遼陽衛問斬。
並打算交由明遼東總鎮總兵：李如鬆，處理，至於全州府守將明大寧總兵：陳愚衷，則打三十軍棍用來穩定軍心。
9月15日，李氏朝鮮三道水軍統制使：李舜臣，獲知倭軍即將進攻的消息，立刻召集諸將，以〈必死則生，必生則死〉和（一夫當逕，足懼千夫）的信念來激勵大家背水一戰。
翌日，李氏朝鮮三道水軍統制使所率的12艘戰船在全羅右道海南郡之鳴樑海峽，遭遇到了330餘艘倭軍戰船，戰況一觸即發。
此時李氏朝鮮三道水軍統制使不慌不忙，開始下令諸船一時鼓譟齊進，各放；地、玄，字（火銃番號）又加上箭鏃射擊如雨下，聲震河嶽，賊船三十隻被撞破，不敢靠近李氏朝鮮水師船隊，只能識趣撤退。
此乃天幸，事後明朝鮮經略：楊鎬，賞給李氏朝鮮三道水軍統制使大量白銀和紅緞，以示戰功嘉獎。
李氏朝鮮郡王更是打算升他爲「崇政大夫」但有大臣說李統制使官階已高，如果再立功勳則難以獎賞，因此李氏朝鮮郡王就沒有給李統制使繼續升官，只給李統制使的手下諸將們升官。
此時另一邊剛上任的明薊遼總督：邢玠，當機立斷斬殺了奸臣明御倭遊擊將軍兼通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭發明兵部尚書：石星，通倭罪證。
把石星抓去北鎮撫司詔獄大牢。
而明備倭總兵爲了拖住倭軍北上的攻勢，爲明軍動員爭取時間，特此決定伏擊倭軍，命明備倭副總兵：解生，等率軍2600人奔赴忠清左道稷山縣北部，鞏固京畿右道漢城府的前沿陣地。
9月17日，明都察院右僉都御史兼朝鮮經略下令讓明軍設伏於稷山縣附近，恰好與幕府第三軍甲斐守發生遭遇戰，倭軍先頭部隊被擊潰。
又遇明軍的後續部隊明神武中衛遊擊將軍：楊登山，率軍趕到徹底擊敗倭軍。
後因幕府第八軍右軍大將也趕到，打擊明軍從容撤退，迫使幕府第三軍甲斐守成功的佔領了稷山縣，但卻依舊未能北上京畿右道漢城府。
此戰爲明軍以少勝多的戰例，史稱（稷山大捷）雖然倭軍最終佔領了稷山縣城，但倭軍卻懾於明軍的野戰能力，未敢前進，永遠的喪失了戰爭主動權，對明、幕，雙方戰略意義重大。
不久，倭軍全線撤退至尚慶左道慶州府釜山浦，而明軍阻滯倭軍攻勢，爲大明帝國增兵李氏朝鮮王國贏得了時間，戰略目的完美實現。
是役明軍傷亡兩百餘人，倭軍傷亡六百餘人。
隨後明薊遼總督：邢玠，還派明廣東都指揮僉事：陳璘，在忠清左道青山縣夾擊斬殺倭軍5千人獲得小勝，史稱〈青山大捷〉。
但倭軍卻閉城不出堅守待援，被明軍圍困十日卻不能克！倭軍則以詐降爲緩兵之計拖住明軍。
9月21日，青海蒙古部土默特首領：孛兒只斤·清永，等部首領又繼續入侵西寧衛邊境，被明延綏總鎮總兵：達雲，與諸將分兵抵禦，先後斬首蒙軍一百七十多人。
另一邊前任明播州宣慰使：楊應龍，又繼續攻佔了四川承宣布政使司重慶府江津縣、南川縣、瀘州合江縣，貴州承宣布政使司銅仁府洪頭屯、高平屯、新村屯，以及侵略湖廣承宣布政使司保靖州宣慰使司、辰州府，總共48屯地區，惹得地方官府震驚，朝廷震怒。
10月17日，明神宗：朱翊鈞，授封安南黎世宗：黎惟潭，爲（大明安南都統使）使得安南政權又從莫氏轉入黎氏。
另外明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）還與葉赫女真部西城貝勒：納拉·布楊古、葉赫女真部東城貝勒：納拉·金臺吉，聯姻椎牛刑馬爲盟，逐步孤立了哈達女真部和輝發女真部。
爲了隱瞞朝廷自己勢力擴大的消息，明建州左衛軍民指揮使決定第四次入京城，前去朝貢大明帝國。
而這次明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·舒爾哈齊，也一起前來，這是他第二次入京朝貢，也更加助長了他的野心。
在到達京城之後，兩人都受到了朝廷隆重接待，並賞賜了許多的金銀綢緞，其中明建州左衛軍民指揮使在得知朝廷又一次發兵抗倭時，明建州左衛軍民指揮使大義凜然地再次提出，要發兵支援。
但這次依舊被明神宗，給好言相勸拒絕了，不過看在他的忠心份上，已經鎮守遼東都指揮使司女真各部也需要兵力，便賜封他爲「龍虎將軍」賞〈尚方寶劍〉。
而朝中官員有些擔心建州左衛軍民指揮使司做大？又加上建州右衛軍民指揮使司與建州衛軍民指揮使司暫無人管理！
於是明神宗爲了制約明建州左衛軍民指揮使，便授封明建州左衛軍民鎮撫使爲「建州右衛軍民指揮使」來做爲一種戰略對策，也算是盡力拉攏和收買效忠於大明帝國之人。
此事被明建州左衛軍民指揮使看在眼裡、恨在心裡，兩者間的矛盾瞬間激化。
不過明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，卻是非常的感激大明帝國恩寵，他決定誓死捍衛大明帝國，除了積極與大明發展密切關係之外，他還通過聯姻把二女兒：愛新覺羅·額恩哲，嫁給明寧遠伯：李成樑，次子明東征右副總兵：李如柏，爲妾加強聯繫。
並且利用姻親關係，與其它女真部落炫耀，用來擴大他個人的實力。
10月11日，明備倭總兵：麻貴，以明御倭總兵：李如梅，率領數千人攻向尚慶右道星州牧固城縣，幕府從四位下筑後守：小早川秀包、幕府筑後三池：筑紫廣門，負責死守城池。
但由於明軍猛烈攻勢，再加上探哨來報援軍到達，之後兩人商議決定趁夜突圍去迎接幕府岡山藩左衛門督：小早川秀秋，派出的援軍幕府從五位下玄藩頭：山口正弘、幕府兵庫頭：南部無右衛門，匯合後轉守爲攻，重創明軍。
使得明御倭總兵遂下令退去，因此被革職查辦。
同時攻打忠清左道青山縣的幕府第八軍右軍大將兼長府藩藩主：毛利秀元，等倭將則被明瀋陽中衛左參將：彭友德、明瀋陽中衛鎮撫使：柴登科，率領的明、朝聯軍重兵包圍，死傷慘重。
怎奈從尚慶左道蔚山都護府出來了的，幕府從五位下左京大夫：淺野幸長、幕府河內守：宍戶元續、幕府豐後國藩主：太田一吉，等倭軍將領接應，並掩護他們撤退。
10月26日，幕府倭軍水師第一軍伊勢津藩主：藤堂高虎，則率領133餘艘戰船出發，欲趁漲潮時攻進鳴樑海峽，全殲李氏朝鮮水師。
結果李氏朝鮮三道水軍統制使：李舜臣，首先將海峽內的民用船隻僑裝成戰艦，以此來擾亂倭軍，使其以爲李氏朝鮮水師船隊已經恢復過來。
他自己則親率14艘戰船引敵深入鳴樑海峽，在成功引誘倭軍進攻後，李氏朝鮮三道水軍統制使隨即便發起了集中的攻擊，對準倭軍指揮艦攻去，結果殲滅了倭軍指揮艦和其他戰船2艘，並擊斃幕府第四軍水師河野家督大名：來島通總。
同時間潮水開始退卻，李氏朝鮮船隻趁勢進攻，倭軍船隻卻因失去主帥，軍心散渙，只得順潮向東撤退。
但卻遇上了李氏朝鮮三道水軍統制使事先埋下的鐵索和木樁，使其無法退卻。
結果李氏朝鮮水師全力拼殺，擊斃倭軍十數人，擊殺三島水軍的大將幕府風早郡領主：得居通年，並挫敗倭軍水師力量，史稱「鳴樑海戰」。
12月初1日，援朝明軍追擊倭軍至尚慶左道蔚山都護府，各路明軍接連獲勝，倭軍節節敗退。
明萬曆二十六年公元1598年正月23日，明軍開始攻打蔚山都護府，以明宣武衛遊擊將軍：茅國器，率領的南軍作爲先鋒，展開凌厲的攻勢，並迅速突破了蔚山都護府城門，把幕府第一軍左副將兼主計頭：加藤清正，率領的軍隊圍困在島山城。
然而明都察院右僉都御史兼朝鮮經略：楊鎬，卻徇私將馬上就要突入島山城的南軍部隊，給換成遼東軍前去攻城。
結果失敗，喪失了最佳戰機！
此時又因幕府第八軍正三位參議：毛利秀元、幕府第三軍甲裴守：黑田長政，等倭軍的援兵突然趕至，讓明軍們大爲震驚。
恰逢天又下起了大雨，明軍火器無法使用，瞬間解了幕府第一軍左副將部隊之危難。
這時候明朝鮮經略又指揮失誤，下令倉促撤軍，策馬率先趕奔京畿右道漢城府，明備倭總兵：麻貴，繼而趕之，一時間大部分明軍皆潰敗。