但也不過是女真內部事宜，無傷大明邊防，又加上被都察院審查的李家，也一直替建奴說話，故此便將備戰奏疏轉給兵部處理，後始下令整飭邊備。
然而明兵部尚書：李化龍，手下左右侍郎等官員皆是虛銜，有些官職甚至無人充任！再加上經歷（萬曆三大徵）之後，國庫銀兩損失過大，且處於黨爭以及開礦時期，又沒陛下備戰旨意。
加之建奴現在並未造反，故此兵部沒有任何備戰的意思！
3月16日未時，李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，在吃糯米飯時突然被噎住，隨即薨逝，享年57歲。
他死後傳出兩道遺教，一道是囑咐李氏朝鮮世子邸下：李琿，愛護兄弟，另一道是託付李氏朝鮮領議政：柳永慶、李氏朝鮮右領議：韓應寅、李氏朝鮮國丈敦寧府事兼西平府院君：韓浚謙、李氏朝鮮義州防禦使：申欽、李氏朝鮮平安西道觀察使：樸東亮、李氏朝鮮吏曹判書：許筬、李氏朝鮮兵曹判書：徐渻，這七名重臣復原。
並要求他們保護李氏朝鮮嫡長子永昌大君：李㼁，的生命安全，以防不測！
4月20日，明禮部尚書兼東閣大學士：李庭機，也上奏稱“自臣受事以來，饑饉日趨嚴重，雲南承宣布政使司、兩廣之地冠敢於橫行，遼東都指揮使司建奴漸驕，皆深可憂慮！每見參劾將領之章奏，多是尅餉剝軍，沒人與士卒同甘苦，兵弱餉急，太倉庫久空，太僕寺亦空，內庫難捐，稅使難撤，部、院缺官，六科、十三道積滯，人心日以渙散，政事日以廢弛，鹽法積弊不可禁除，京商苦累莫爲計議，至於工作之虛糜，官吏之貪墨，刑獄之淹抑，風俗這奢靡，民間之愁怨，天下事尚有不能盡言者。臣論義則不可當止，論力則不能當正，請賜罷歸。”
此奏摺由通政使司交給明神宗：朱翊鈞，覽疏後下令優旨慰留，而對於政事則不置可否！
4月25日，明尚膳監監丞兼遼東礦監稅使：高淮，自從負責開礦之日起，便徵稅遼東都指揮使司各地，其黨橫行激起民變。
於是明遼東礦監稅使遂誣逮諸生數十人，反被明遼東總鎮巡按兼都察院右僉都御史：熊廷弼，所彈劾。
但明神宗卻置之不理。
隨後明遼東礦監稅使就率家丁三百餘人，聲言將入京見明神宗，潛駐在北直隸京師外城廣渠門外。
明兵科右給事中：田大益，等臣子們言“高淮蒐括士民，取金至數十萬，招納諸亡命降人，意欲何爲？”
就連明吏部尚書：李戴、明刑部尚書：蕭大亨，亦皆上疏彈劾稱“高淮撤離信地遼東都指揮使司，挾兵潛往京師，此爲數百年來未有之事。”
包括明都察院山東道監察御史：袁九皋，等人也分別彈劾明遼東礦監稅使：高淮，可明神宗就是不聽！
最後明遼東總鎮巡撫：趙輯，也彈劾道“高淮罪惡萬端，且無故打死廣寧衛指揮使：張汝立。”
這次明神宗依舊不聽。
於是明遼東礦監稅使開始反擊了，他上疏自稱鎮守有功，且協同關務，但是兵部卻奏其狂妄，不過明神宗心護他，回覆道“朕固命之矣。”
從此明遼東礦監稅使自恃無恐，便進一步招募死士，時時出塞射獵，又發黃票龍旗，向李氏朝鮮王國索取冠珠、貂馬，且數次與邊軍將士爭搶功勞，山海衛內外皆被其害。
其中明遼東礦監稅使還時時剋扣將士月糧，手下明遼東礦監太監：廖國泰，旋誣劾暫任明遼東總鎮總兵：馬林，扣除軍士月糧俸祿。
明神宗得知後，就讓吏部下令免去馬林總鎮總兵一職，改爲前任遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成樑，去上任，並且還撤去都察院調查之事。
爲此還激起了廣寧前屯衛、金州衛，將士3千多人發生兵變，皆稱要食明遼東礦監稅使：高淮，之肉。
6月10日，廣寧中屯衛、松山堡，以及山海衛等地明軍，也加入到討打高淮的陣營中，此舉讓明遼東礦監稅使大驚，他連忙逃奔入山海衛關內。
怎奈路遇山海衛叛軍無路可走，只能由水路乘船到天津衛碼頭，在前往京師避難。
途中還上奏託人誣告明山海衛指揮同知：王邦才、明山海衛左參將：李獲陽，逐殺朝廷命官，劫奪上供錢糧？
結果被明神宗：朱翊鈞，命令北鎮撫司錦衣衛緹騎逮問王邦才、李獲陽，因此激起了邊民們的大譁。
由此明薊遼總督：蹇達，立即上書揭露了明遼東礦監稅使的反間計罪狀，明神宗得知後始命高淮回京，而以明通灣礦監稅使：張曄，兼領其事。
6月19日，年老體邁82歲米壽之年的前任明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成樑，致仕正式下崗，由明薊州總鎮總兵：杜鬆，代替其職。
6月26日，李氏朝鮮光海大君：李琿，以權署國事的名義，派遣了李氏朝鮮禮曹參議：李好閔，等使臣趕赴大明帝國求賜封。
但大明禮部與明神宗因爲有「國本之爭」的案例在，所以就一再堅持認爲李氏朝鮮光海大君的合法性不足，非要派遣官員去李氏朝鮮王國調查才行。
可李氏朝鮮禮曹參議則辯解稱；先王長子李氏朝鮮臨海大君：李珒，已中風，無法繼承王位！
於是大明禮部又要求，提供李氏朝鮮臨海大君讓賢的奏文，果然明神宗隨後就派遣了明遼東都指揮同知：嚴一魁、明自在州知州：萬愛民，進入李氏朝鮮王國展開調查。
這兩個官僚非常愛錢，爲此李氏朝鮮光海大君便準備了數萬兩白銀賄賂他們，在讓他的表叔李氏朝鮮刑曹參判：金禮直，強迫李氏朝鮮臨海大君向大明欽差們回答預定的內容。
明遼東都指揮同知等按套路到喬桐驛，向李氏朝鮮臨海大君問話，待完成使命後便返回大明，並回奏朝廷稱“李氏朝鮮臨海大君果真有病，確實不能繼承王位。”
8月初9日，因雲南都指揮使司滇軍與地方土司兵的聯合圍攻之下，叛賊首領：鄭舉、叛賊僞武定府知府：阿克，兩人兵敗被俘送至京師問罪。
同時朝廷還以失武定府印璽罪爲由，逮捕了明雲南總鎮巡撫：陳用賓、明雲南總鎮總兵兼黔國公：沐叡，下大理寺獄論死，實乃可悲之事！
12月11日，兀良哈部朵顏衛進犯大明帝國北直隸順天府薊州，大肆劫掠軍民住宅區，明薊州左參將：馬棟，不能低御。
還好大明禁衛騎兵以及薊州鎮、薊州衛、營州右屯衛、營州後屯衛、興州左屯衛，的援軍及時所至，以火器進攻敵人，碰巧讓居民們望見天空中明軍交戰時火器打出來的火光，就以爲是敵軍將至？
導致百姓紛紛大驚，各自逃入京城，每日多達數萬人，少則數千人，使得京師內外城的九門盡閉，帝都開始戒嚴。
而明兵部尚書：李化龍，就請以白銀三十萬兩填補薊州鎮缺餉，並修軍械器具，戶部則以國庫告乏，請暫借內務庫礦稅銀，定期補還。
明神宗不許借用內務庫銀，而命發太僕寺馬價銀十萬兩、戶部銀十萬兩，才讓薊州衛以及薊州鎮軍心稍定。
此刻朵顏衛見明軍有備而來，且久攻不下損失慘重，大多數朵顏軍都被明軍火器打傷，便開始撤兵，但明軍追擊時還趁勢殺了襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部151人。
這讓漠南蒙古河套部首領：拱菟，懷恨再心伺機復仇。
12月18日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）首先是責令三弟明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，放棄自立爲王的念頭，重新歸附到建州女真三衛麾下，但被拒絕了。
在勸說無效的情況下，他決定斷然採取了強硬措施。
在明萬曆三十七年公元1609年正月10日，明開原衛左參將：李如楠，準備伏擊漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗：孛兒只斤·齋賽，以報四年前漠南蒙古內喀爾喀五部誘殺明慶雲堡守備：熊錀，之仇。
這個消息被明建州左衛軍民指揮使知道了，他迅速報給漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗聽，並讓他成功逃脫。
然而誘殺漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗失敗後，而造成的後果卻很嚴重，還引起了在漠南蒙古內喀爾喀五部中地位舉足輕重的漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗，對明建州左衛軍民指揮使的感謝和對明廷的憎恨。
再加上漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗，又覬覦大姨子葉赫老女：納拉·東哥（布喜婭瑪拉），還聽信了明建州左衛軍民指揮使的讒言，認爲海西扈倫葉赫女真部人協助明廷誘殺他，因而出兵配合建州女真八部一起來攻打海西扈倫葉赫女真部。
這導致了開原衛明軍不得不派出火器手去救援葉赫女真部，又派人向漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗解釋誘殺事件和葉赫女真部沒有關係。
但這卻並不能緩和漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗與葉赫女真部的關係，反而讓嚐到甜頭的明建州左衛軍民指揮使更加註重和漠南蒙古的關係，還進一步去拉攏和爭取孛兒只斤·恩格德爾。
3月初7日，明建州右衛軍民指揮使的兩個兒子（長子：愛新覺羅·阿爾通阿、三子：愛新覺羅·扎薩克圖）兩人均被兄長明建州左衛軍民指揮使派兵誅殺。
包括明建州右衛軍民總旗：納拉·武爾坤，也被處死。
但明建州左衛軍民指揮使的餘怒還未消，仍打算將他的次子：愛新覺羅·阿敏，處死，只是在自己的第八子：愛新覺羅·紅歹是（愛新覺羅·皇太極）等人的極力求情下，才逃過一劫免於一死，不過他的一半家產卻被沒收。
面對兄長咄咄逼人的姿態，更讓明建州右衛軍民指揮使開始向着復仇出發，誰知出兵戰敗！導致失去了繼續抗爭的勇氣。