他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐紮在遼東都指揮使司的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本沒有出手的意思。
在萬念俱灰的絕望處境下，明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，又回到了兄長的帳下。
但是這次兄長明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟努爾哈赤）對他卻不再講兄弟情誼了，而是直接把他囚禁在一間暗室之中，用鐵鏈鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。
這下建州女真八部又壯大了許多，明神宗爲了牽制建州女真八部的發展，纔不得已派遣了明行人司行人：劉用，出使李氏朝鮮王國，正式冊封李氏朝鮮光海大君爲李氏朝鮮國王（大明李氏朝鮮郡王）。
但大明禮部，還是拒絕承認李氏朝鮮光大海君，是大明帝國的郡王！
直到李氏朝鮮官員們賄賂禮部，纔打通關係勉強承認，但也讓李氏朝鮮郡王光海大君：李琿，開始討厭大明帝國。
3月10日，襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部首領：拱菟，集合兵力開始報復大明，遂率衆五千餘人進入遼東都指揮使司大勝堡，明廣寧中屯衛遊擊將軍：於守志，率兵出擊兵敗。
致使漠南蒙古河套部首領俘獲了明大勝堡總兵：耿尚文，將其五馬分屍，且在大勝堡一帶大肆殺掠，還深入小淩河22裡地。
然而明遼東總鎮總兵：杜鬆，卻駐紮大淩河，沒有前往救援，導致明軍大敗。
12月初5日，南直隸揚州府劉家莊百姓造反，殺死明如皋縣知縣：張藩，致使軍情緊急明漕運總督：李三才，立即奏報明泰州知州：劉民愛，又遭遇了明高郵衛指揮使：王正國，等將領失事。
並說道“因各處饑荒，故流民日衆，且千百成羣，正在行劫，非速免租，進行救濟，安撫人民，否則後果將不堪設想。”
話說早在大明附屬國琉球中山郡王兼英祖仁耶添按司添：尚永，死後，其女婿琉球小祿御殿：尚寧，遣人去大明帝國請求襲封爵位。
但是明福建總鎮巡撫：許孚遠，卻讓他請按照嘉靖年間明刑部尚書：鄭曉，領封之例，遣官一員帶着皇帝詔書至福建承宣布政使司，在由琉球中山王國使臣面領聖旨歸國，或者派遣一位習海的武官與其使臣一同前往。
此舉明神宗：朱翊鈞，表示同意，可後因安土桃山幕府侵略李氏朝鮮王國，海上多事之秋，所以一直拖至萬曆三十四年公元1606年纔始遣明禮科給事中：夏子陽，等官員冊封，仍令琉球中山王國領封海上，永爲定製。
二年後始完事，同時德川幕府徵夷大將軍：德川幕府，取代了安土桃山幕府時期的豐臣氏政權而且正在逐漸發展壯大，似有吞滅琉球中山王國的野心，
而琉球中山王國外御強鄰，內則修貢不絕，人少力薄。
終於在明萬曆三十七年公元1609年12月11日，德川幕府薩摩藩藩主：島津忠恆，被德川幕府徵夷大將軍下令派兵三千人由德川幕府大野權左衛門尉：樺山久高、德川幕府美濃守：平田增宗，的率領下，自九州島山川港出發，入侵併攻佔了琉球中山王國，而琉球中山郡王：尚寧，等君臣百餘人及其宗器也被一起擄到鹿兒島去。
其中琉球中山郡王也被德川幕府薩摩藩藩主帶到了江戶城。
事後明浙江總鎮總兵：楊宗業，得知消息才趕忙奏報朝廷，明神宗急忙勒令總鎮總兵、總鎮巡撫官員嚴查海上兵備。
此時行進到達河南承宣布政使司歸德府的明潼關衛千總：吳俊振，正架着馬車，又繼續問道“馬兄，那後來建奴，又是怎樣把矛頭指向大明的呢？”
於是明潼關衛把總：馬維，就說道“說來就話長了且聽我一一道來…。”
明萬曆三十八年公元1610年2月18日，齊、楚、浙，三黨與宣昆黨相互攻擊東林黨人和明東宮皇太子：朱常洛，此後不斷爭吵，搞得朝廷烏煙瘴氣，朝政逐漸混亂不堪！
接着，泰西神聖羅馬帝國傳教士：龐迪峨、熊三拔、鄧玉函、高一志、艾儒略，蒲麗都家（葡萄牙）傳教士：羅雅谷，奧地利哈布斯堡王朝傳教士：湯若望，西西里（意大利南部）傳教士：龍華民，等亦先後到達大明帝都京師紫禁城內，他們都精究天文曆法。
11月初1日，在東方亞洲大陸中發生了日食現象，根據大明禮部欽天監所推算出的日食起止，分秒以及虧圓俱不準確。
禮部官因此博求知歷學者，令與欽天監官晝夜推測，以期曆法準確不差。
於是明欽天監屬官春官正：周子愚，就上疏說“來華傳教士：龐迪峨、熊三拔，等人，所帶來他們國家的歷法，多爲中原典籍所未備者，請按照洪武中翻譯《西域曆法》之例，取知歷儒臣，率同監官將諸書如數翻譯，以補我國典籍之缺。”
然後禮部遂奏言稱“我國精通曆法的，如；明兵部職方清吏司郎中：範守己、明陝西按察使：邢雲路，著有《古今律歷考》，綜採詳密，爲時所稱，請改授京官，共理歷事，又有明翰林院檢討：徐光啓、明南直隸工部員外郎：李之藻，亦皆精心歷理，可與龐迪峨、熊三拔，等人同譯西洋曆法，再由我朝參訂修改。”
然而這個曆法疏密，莫過於交食，欲議修歷，必重測驗，請命所司修治儀器，以便從事，明神宗先是將禮部的這份奏疏留中不發，
不久即召明陝西按察使：邢雲路、明南直隸工部員外郎：李之藻，至北直隸京畿順天府紫禁城內參與歷事。
明陝西按察使據其所學，明南直隸工部員外郎則以西法爲宗，從此西洋曆法始入中原。
明萬曆三十九年公元1611年正月初1日，明北直隸總鎮巡按兼都察院山西道監察御史：喬允升，奏稱“北直隸河間府地方民衆聚集至八千餘人，已經起事逼近了京師附近，宜早作防備。”
這讓明神宗：朱翊鈞，聽後立刻命令兵部派兵，在京城內外嚴行緝捕。
正月16日，明河南總鎮巡撫：曾用升，上奏道“宗室橫肆，防禁宜先。其一嚴禁宗室窩藏盜賊，其二嚴禁宗室搶奪財物，其三嚴禁藩王出城，其四嚴禁宗室出城，其五嚴禁宗室把持商稅，其六嚴禁無祿宗室打死人，其七嚴禁宗室開張賭場，其八庶宗訓責當申，其九王官輔宗當選，此九條律法當一一束以法紀，否則萬一狂宗姑惡不悛，百姓鋌而走險，爲虎添翼，亡命之徒，爲紂助虐，天下危亡之憂恐不可免。”
但此奏摺送上去之後，卻遲遲不見有批覆。
5月13日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，點齊兵將命令明建州衛軍民指揮同知：瓜爾佳·費英東，跟隨建州女真左衛軍民指揮使司貝勒兼青巴圖魯：愛新覺羅·巴雅喇，前去討伐東海女真渥集部。
後又佔領了赫席黑路、鄂摩路、蘇魯路和佛納赫托克索路，俘獲東海女真渥集部二千多人。
7月11日，東海女真渥集部的烏爾古辰路、木倫路兩支部落進犯建州女真八部所屬領地。
明建州左衛軍民指揮使得知消息後，急忙命令明建州衛軍民指揮同知與七子臺吉：愛新覺羅·阿巴泰、明建州右衛軍民鎮撫使：董鄂·何和禮，明建州左衛軍民左參將：鈕鈷祿·額亦都，各自率軍兵分一千人前往討伐。
很快就擊敗了東海女真渥集部的烏爾古辰、木倫路，這兩支部落勢力。
隨後又繼續討伐東海女真渥集部虎爾哈路，還攻破了克扎庫塔城總共俘獲了三千人凱旋而歸，此戰讓建州女真八部的力量變得更加壯大起來。
9月13日，明王皇貴妃：王淑蓉，病危，明皇太子：朱常洛，請旨前往探視，期間明王皇貴妃手拉明皇太子的衣服，哭泣道“兒長大如此，吾死何恨。”
但明皇太子卻大哭不止，左右宮女、太監們皆伏地哭泣。
到了酉時一刻，明王皇貴妃去世，但是過了四日都沒有發喪，直到明內閣首輔兼東閣大學士：葉向高，提出意見一再上奏，這才得以發喪。
但是禮官呈上禮儀制度之後，接連五天都沒有回覆，最後還是明內閣首輔出面，才讓明神宗始賜明王皇貴妃諡號爲〈肅靖皇貴妃〉葬於「天壽山」。
10月初5日，明福親王：朱常洵，的府第建成之後，工部請求皇帝陛下讓明福親王回到封國藩地內。
由明內閣首輔擬旨交上去，但明神宗卻直接不發聖旨，並改在次年春天在讓明福親王回封國。
等到日期臨近時，明內閣首輔就請求先整頓明福親王的儀衛司、舟車，等儀仗隊用度，但明神宗卻不予採納，依舊打算拖延下去。
12月13日，又遇到明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）再次來朝進獻寶物，以解除大明帝國對建州女真八部的猜忌，並恭祝大明天子天皇帝陛下萬壽無疆。
這更讓明神宗欣賞明建州左衛軍民指揮使的表現，不僅當衆表揚了他，還賜很多絹匹銀兩。
明萬曆四十年公元1612年4月初2日，南直隸都察院、河南道、山西道，山東道，等道都察院監察御史各官員們奏言“臣等歷觀祖宗朝二百餘年以來，未有皇太子六七年不開講而滿朝催請置之不理，未有兩都六部尚書、侍郎缺乏至一二人者，未有臺、司空虛而長期不補者，以致諸多廢墮！陛下深居二十餘年，不見大臣一面，不議國家一事，長此不變，不知數年之後，有誰能與陛下共治多事之天下。”
然而明神宗依舊把奏摺放在一邊不理！
9月12日，烏拉女真部貝勒：納拉·布佔泰，聯合漠南蒙古科爾沁部率騎兵攻打建州女真八部所屬的虎爾哈路掠奪物資。