在交到刑部後，首先由明刑部郎中：胡士相，等人重新提審。
這時張差似乎清醒了些，他回答道“草民被鄰居：李自強、李萬倉，等人欺負了，他們燒掉了我的柴草，草民非常氣憤，就打算到京城告狀，擊鼓伸冤，於是我就在4月中旬來到了京城，我是從東門走進來的，但我不認得路，只好一直往西走，半路上遇到了兩個男子，他們給了我一根棗木棍，告訴我拿着這根棗木棍就可以伸冤了，我也不知道怎麼回事，就喝了隨身攜帶的酒壯膽子，可能一下子犯迷糊了，就走到皇宮宮門了，還打傷了許多人，最後被捉住了。”
此話讓明刑部郎中難下結論，他認爲張差是瘋癲之人，於是把情況上奏給了明神宗。
然而明刑部主事：王之寀，卻看出了破綻？
有一日，明刑部主事在爲牢中犯人們分發飯菜時，他覺得張差決不像瘋癲之人，便決定再次審訊張差，爲了讓他說出實情，明刑部主事對張差說“你若說出實情，本官就給你飯吃，要不然就餓死你。”
這時張差低頭不語，他過了一會兒才搖搖頭說道“草民不敢說！”
明刑部主事見狀，當即命令牢中其他獄吏迴避，只留兩名獄卒在旁，在親自對他進行審問，並以好酒好菜相威逼之下，張差終於說出了實情，並牽扯出了一樁驚天大陰謀……？
據張差講述，他本名叫：張五兒，父親已經去世了，比較近的親戚有：馬三舅、李外父，等人。
他們讓他跟着一個不知道姓名的老公公？只要按照他的要求去做，完事後就能給他30畝土地。
於是他就跟着這位老公公到了京城，來到一個大宅子裡，但又來了一位老公公，請他吃飯，席間囑咐他說“你拿着棍子先衝進去，撞着一個打一個，殺人也無妨，尤其是見到穿着黃袍者(指明皇太子：朱常洛)這是個奸人，務必要把此人打死，若打死穿黃袍者，重重有賞，如若被人捉住，咱家自會去救。”
就這樣吃完飯後，便領着他經過紫禁城厚載門，進入了慈慶宮境內，兩位公公在身後指指點點讓他從這，一路進去，之後便轉身離開了。
但慈慶門看門的宦官們，見到穿着普通宮服之人且手拿木棍，便以沒有令牌爲由不讓張差進去。
因此喝了點酒，且爲了利益衝昏頭腦的張差，二話不說直接就擡起棗木棍，把看門人給打傷了。後來就是他在一路上，打傷了十幾個人，闖進慈慶宮前殿時被逮住了的事。
等明刑部主事：王之寀，再問他“兩位老公公是誰？”
張差就不在說話了。
此事立刻被明刑部主事上報給明神宗：朱翊鈞，故此還明確提出道“張差，年輕力壯，非瘋癲之人，他手持木棍，闖入東宮，定是受人指使的陰謀活動，目的是爲了加害皇太子殿下，否則一介平民怎可輕易躲過宮中層層侍衛，並且暢通無阻？”
明神宗一聽，似乎還有隱情？就命令明刑部員外郎：陸夢龍，再次提審張差，並引誘他，宣稱；若畫出，入宮的路徑，說出所遇到人的名字，不僅可以免除他的罪過，而且還可以償還他被燒掉的柴草。
張差信以爲真，於是說“馬三舅名曰：三道，李外父名曰：守才，都住薊州井兒峪（而前面不知道姓名的老公公，實際上則是修鐵瓦殿的龐保？）三舅和外父常到龐公公住的地方送灰，龐公公與另外一位公公（劉成？）兩個人在玉皇殿前商量，還有我三舅、外父，他們逼我拿着棗木棍子打進宮中，如果能夠打死黃袍之人（皇太子殿下），那麼吃的有了、穿的也有了，一同密謀的還有姐夫：孔道。”
隨後又畫出了入宮的路徑。
由明刑部員外郎馬上派人調查取證，逮捕了馬三道等人，經覈實與張差所說基本無誤。
但是龐保、劉成二人，他們僅僅只是兩名宦官，且地位低下，單憑他們兩人是不可能有如此膽量的。
可他倆的身份卻均爲明鄭皇貴妃：鄭妙瑾，的內侍→莫非此事是明鄭皇貴妃背後指使的？
一時間朝野上下譁然，都紛紛猜測，並懷疑是明鄭皇貴妃以及其弟明後軍都督府左都督：鄭國泰，兩人聯合想要謀殺明皇太子：朱常洛，以便於扶立自己的兒子明福恭親王：朱常洵，回朝繼任儲君皇太子職位。
此消息傳開後，明皇太子和明鄭皇貴妃先後趕來面見明神宗：朱翊鈞。
在看到雙方如此對立時，明神宗便指着明鄭皇貴妃說道“羣情激怒，朕也不便解脫，汝自去求皇太子吧！”
就這樣明皇太子看到了父皇生氣的面孔，又聽出話中有音？就只得將態度緩和着說道“這件事只要張差一人承擔，便可結案，請速令刑部辦理，不可再株連其他人。”
這讓明神宗聽後，頓時眉開眼笑，頻頻點頭道“還是太子殿下說得對。”
明神宗見此事果真牽扯到了明鄭皇貴妃，而且她還一直哭訴着說是被冤枉的，再加上得到了明皇太子的原諒，便也不想再追查下去。
最後明神宗不得已上朝召見羣臣，下令定張差爲「風癲奸徒」且不準任何官員再議論此事。
原來在皇城的左面，每逢初四、十四、二十四，這三日俱設市貿易，稱之爲（內市）而在梃擊案發生之後，經過明京城守備禦史：劉廷元，等人上疏後，請求禁止內市，以消除隱禍。
同時還要在皇城以內四門，規定內臣出入必須接受檢查，四門還要按時開閉，任何人不得藉故阻撓。
5月24日，明神宗爲此下詔稱“門禁本宜嚴密，今令兵部及巡城科、道官隨時嚴加盤查，廠衛巡捕衙門以及守門官員密切偵察，擒拿奸宄，內市因相沿年久，有助濟需，暫不停罷，但任何人都不許持挾棍棒銅鐵弓刀劍等物進入，違者必懲。”
5月26日，葉赫女真部西城貝勒：納拉·布揚古，決定把妹妹：納拉·布喜婭瑪拉（東哥）許配給漠北蒙古喀爾喀貝哈達爾漢貝勒：暖免，的兒子：蟒古兒大，並捕捉了建州女真八部奸細6人。
5月29日，張差由北鎮撫司錦衣衛緹騎偷偷處決，馬三道等人則被髮配邊疆，龐保、劉成，兩人也被一同處死，一場梃擊案最後就這樣不了了之。
同時革去明刑部主事：王之寀，的官職爲民，還把要求嚴懲明後軍都督府左都督：鄭國泰，的明工科給事中：何士晉，給調出北直隸順天府紫禁城，改爲明浙江提刑按察使司僉事。
其他主張（梃擊）論者，或被降職或被罰俸。
然而梃擊案之爭卻並沒有因此結束，直至明天啓五年公元1625年仍私下裡爭論不休。
此時北部邊疆外，還發生了漠南蒙古河套部與土默特部、察哈爾部、科爾沁部，大舉進攻大明帝國陝西承宣布政使司延綏總鎮地區事件，而榆林衛秦軍鐵騎全速出動抗擊外夷，擔任起了守衛九邊重鎮的責任。
7月18日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）趁着葉赫老女指（葉赫女真部東哥格格：納拉·布喜婭瑪拉）與被賜婚的漠北蒙古部落成婚之際發兵三千人，屯駐在南關舊地，準備一舉蕩平海西葉赫女真部。
可由於明軍已經注意到了建州女真八部的擴張，再加上有明撫順守禦千戶所遊擊將軍：李永芳，派人隨時盯着，故此明建州左衛軍民指揮使只好暫時息兵。
11月初1日，明建州左衛軍民指揮使正式創立〈八旗制度〉規定每三百人立一（牛錄額真）、五牛錄額真立一「甲喇額真」、五甲喇額真立一［固山額真］而固山額真則分左右各立〖梅勒額真〗。
固山額真，既；正黃旗、正白旗、正藍旗、正紅旗，這四旗加上；鑲黃旗、鑲白旗、鑲藍旗、鑲紅旗，總共稱之爲（八旗）也稱［八固山］約爲6萬人。
其中；正黃旗、鑲黃旗，由明建州左衛軍民指揮使統領，正紅旗由次子明建州左衛軍民指揮僉事：愛新覺羅·代善，統領、鑲紅旗則由明建州左衛軍民指揮僉事長子：愛新覺羅·嶽託，統領、鑲藍旗由明建州左衛軍民指揮使同母弟前任明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，次子明建州右衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·阿敏，統領、正藍旗由明建州左衛軍民指揮使第五子明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·莽古爾泰，統領、正白旗由明建州左衛軍民指揮使第八子明建州左衛軍民千戶：愛新覺羅·紅歹是（愛新覺羅·皇太極）統領、至於鑲白旗則由明建州左衛軍民指揮使長子：愛新覺羅·褚英，長子：愛新覺羅·杜度，統領。
建州女真各部不論男女老少都算旗人。
還把明建州左衛軍民千戶：鈕鈷祿·額亦都、明建州衛軍民指揮同知：瓜爾佳·費英東、明建州衛軍民鎮撫使：覺爾察·安費揚古、明建州右衛軍民鎮撫使：董鄂·何和禮、明建州左衛軍民副千戶：佟佳·扈爾漢，這五位將領分封爲〈五大臣〉。
這時又逢建州女真左衛廣略貝勒：愛新覺羅·褚英，因爲軍功顯赫又是建州女真都督的繼承人，所以藐視一切女真子弟，再加上面壁思過裡毫無悔改之心！反而還與五大臣們爲敵。
故此明建州左衛軍民指揮使在左右衡量之後，便下定決心廢了這位，自己承認的未來繼承人。
11月初5日，威名一時的大明寧遠伯：李成樑，進入了耄耋之年正常老死去，享年90歲。
而遼東都指揮使司撫順守禦千戶所關外，經常發生漢人或者商人到建州女真八部採摘靈芝、偷挖人蔘、盜取蜂蜜等現象，此舉深受建州女真八部軍民憎恨，因此襲擊過商隊以及大明漢人。