長安兵亂之後，朝政由李傕、郭汜等共同把持，雖說如此，陳凌並不氣餒，反而更加勤勉，韜光養晦。爲了選拔新的官員，培養新的帝黨，陳凌恢復了科舉。
初平四年（公元193年）九月甲午，赴京考試的儒生共四十餘人，上第的賜位郎中，其次的封太子舍人，下第的考生沒被錄用。陳凌看到考生中有年過六十的老人，心生憐憫，下詔賜封這些年過半百的考生爲太子舍人。詔書上寫道：“孔子嘆‘學之不講’，不講則所識日忘。今耆儒年逾六十，去離本土，營求糧資，不得專業。結童入學，白首空歸，長委農野，永絕榮望，朕甚愍焉。其依科罷者，聽爲太子舍人。”
陳凌之所以這麼做，一方面是念及他們寒窗苦讀幾十春秋，有的甚至賒借錢糧赴京考試，爲的就是能有一天及第受封，報效朝廷。如今年已花甲，卻再度落榜，恐怕往後再也沒有機會參加科舉考試了。陳凌是從千年以後來的人，深知科舉的弊端，因此非常同情這些儒生；另一方面，她認爲這些老儒生最念漢朝舊恩，現在賜封他們，他們必定感恩戴德，擁護搖搖欲墜的東漢王朝，而且她也可藉此收納天下士人之心。
同年冬十月，陳凌在司空趙溫的提議下，遣使者段訓給大司馬劉虞增加封地，令其督統六州，同時升遷公孫瓚爲前將軍，封易侯。陳凌本來猶豫再三，然而李傕、郭汜二人卻極力贊同，因此她也只好首肯。當段訓到達幽州之時，公孫瓚誣陷劉虞圖謀稱帝，脅迫段訓斬劉虞及其妻子兒女於薊市。劉虞死後，公孫瓚將他的首級送往京師。劉虞舊部尾敦念主舊恩，在路上劫走了他的首級並安葬。公孫瓚本以爲這招借刀殺人就可以掩蓋其弒主之名，卻不知這樣反而適得其反。在害死劉虞之後，公孫瓚喪失人心，土崩瓦解，爲他最後的覆滅種下禍根。
興平元年（公元194年）春正月辛酉，大赦天下，改元興平。
同年二月，陳凌追尊諡劉協已故生母王氏爲靈懷皇后，後改葬於文昭陵。
同年三月，久居涼州的徵西將軍馬騰入長安朝見天子，駐軍於霸橋，因李傕拒絕其請求，馬騰與侍中馬宇、左中郎將劉範、諫議大夫種劭、中郎將杜稟等人合兵進攻李傕，二軍相持多日。與馬騰同據涼州的鎮西將軍韓遂知道消息後，帶兵到長安爲他們和解，然而被馬騰等說服，一同攻打李傕。兩軍在長安以西五十里的長平觀擺開陣勢。
當下，馬騰、韓遂聯騎而出，馬騰指着李蒙、王方罵道：“反國之賊！誰去擒之？”
這時，只見一位英俊的少年將軍，面如冠玉，眼若流星，手執虎頭湛金槍，坐騎駿馬，從陣中飛出。這位英勇不凡的少將軍，便是馬騰之子馬超，這時的馬超年方十七，英氣逼人。
校尉王方見出來的是個年幼的小將，根本就不放在眼裡，於是揮刀躍馬迎戰。兩人戰不到數合，王方便被馬超一槍刺於馬下。李蒙見王方已死，於是挺槍驅馬迎戰。馬超一個閃身，李蒙刺空，兩馬相併，馬超一個回槍，李蒙被刺下馬。軍中無主，王，李的軍隊頓時成了一盤散沙，到處奔逃。馬騰、韓遂於是乘勢追殺，大獲全勝，直逼隘口安營紮寨。
李傕、郭汜聽說李蒙、王方皆被馬超殺了，一陣驚慌。於是採用了賈詡之計，緊守關防。任由馬騰等人罵到口水乾，他們就是不出來迎戰。不到兩個月，西涼軍糧草已盡，馬騰等人只得拔寨退軍。這時，李傕、郭汜卻令張濟引軍追趕馬騰，樊稠引軍趕韓遂，西涼軍大敗。馬騰只好安排馬超斷後，張濟不敵，只好退兵。樊稠追韓遂到陳倉，眼看就要趕上。
韓遂勒馬向樊稠喊道：“我與公乃同鄉之人，今日何太無情？”
樊稠也勒住馬回答道：“上命不可違！”
韓遂接着說道：“我此來亦爲國家，公何必咄咄相逼？”
樊稠聽罷，自覺有愧，於是與韓遂交談良久後方才罷兵，讓韓遂帥部衆離去。
然而李傕的侄子李利一直不滿樊稠，他把樊稠放走韓遂一事報告給了李傕。李傕聽罷，懷疑樊稠想與韓遂聯合，然後圖謀自己，於是對樊稠產生了猜忌。
國家社稷即將顛覆，天下災難不斷。興平元年(公元194年)，三輔大旱，自四月至七月正是農事旺季卻一百多天沒下過雨。糧食短缺以至於谷價騰貴，谷一斛五十萬，豆麥一斛二十萬，京城四周的饑民不斷涌入長安城討飯，城中甚至出現了人吃人的現象，餓殍橫屍街頭，慘不忍睹。
朝堂之上，陳凌與公卿大臣在商議救災一事。
“陛下，自開春以來，天久旱無雨，城中饑民衆多，恐怕遲早生亂呀。”太尉楊彪上言道。
“衆愛卿誰有良策？”陳凌問道。
“陛下，不如一面下令守城將士緊閉城門，以絕四周流民涌入。一面開倉濟糧，救濟城中饑民，以緩燃眉之急。”侍中劉其說道。
“不可，城內城外皆是漢室子民，朕豈可棄之不顧。”陳凌否定了劉其的建議，接着說道：“爲今之計，能救一人是一人。”
於是陳凌下詔開倉救濟，並且派遣侍御使侯汶主持爲饑民煮粥佈施。然而接連幾天下來，死人並不減少。陳凌自知有人徇私舞弊，但是空口無憑，難以服衆。於是召集羣臣，在御座前親自命人做粥，來計算一斗米可煮多少粥，可救多少人。朝中大臣無不信服，陳凌便派侍中劉其去責問有關部門，調查舞弊之事。這一下負責此事的衙門人員都紛紛向陳凌謝罪，彙報說已將侯汶逮捕一一覈實，確實有弊。陳凌也不想因此事責怪任何人，畢竟慌亂之年，誰家都不好過。
“放了他吧”陳凌對劉其命令道。
“不可，此人貪贓枉法，剋扣濟災之糧，放了他怕難以服衆。請陛下三思”劉其勸諫道。
“國家蒙難，百姓受苦，是朕之過錯。侯汶固然有罪，但朕不忍心讓他爲此入獄。可以打他五十棍作爲懲罰，然後放他去吧。”陳凌說道。
“諾！”劉其雖然並不同意皇帝的做法，但心感天子的善良，只好照辦。
經此一事，沒人敢再作弊，奉命賑災的官員，把在官倉中取出的糧食全部如實地拿來救濟災民，因而救下了許多人命。
陳凌當然明白“帝王之道不在小恩小惠，而在抓根本、重農商使天下富庶，百姓自然安居樂業，否則救一飢救不百飽”的道理。然而她這小皇帝力所能及的，也就這點“小恩小惠”了。