2月初2日，身穿皮弁服的明神宗：朱翊鈞，親自在紫禁城太極殿內召見番邦使者，此係大明帝國天皇帝陛下親自接見的第一位歐洲傳教士。
而這位泰西傳教士：利瑪竇，也不負衆望地嚮明神宗進獻了；三座天主聖像、聖母像、天主經典、二臺自鳴鐘、鐵絃琴、珍珠嵌十字架，以及世界各地圖簡稱「萬國圖志」至此大明漢人才知道世界上有五大洲。
明神宗亦待以優禮，賜屋於宣武門內，其所需銀、米，冠帶等俱由朝廷按時供給。
同時泰西傳教士：利瑪竇，在傳播宗教的時候，還介紹了西方比較先進的科學技術知識，並把大明帝國的傳統文化介紹到西方去，叫做（西學東漸）和〈東學西漸〉之事。
2月初6日，葉赫女真部東城貝勒：納拉·納林布祿，聞訊哈達女真部貝勒：納拉·吳爾古代，繼承了貝勒爺職位還得朝廷敕書，讓葉赫女真部東城貝勒有些嫉妒。
隨即聯合了漠南蒙古諸部一起去劫掠哈達女真部，總共掠走敕書六十多道。
2月14日，湖廣承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵達武昌府逮捕明湖廣分巡僉事：馮應京，時相率痛哭，憤憤不平，爲馮大人呼冤號屈。
因明湖廣礦監稅使：陳奉，利用官職肆意壓榨百姓，欺負民女，又殘害嬰兒，故此被明湖廣分巡僉事舉報，怎奈這位明湖廣礦監稅使朝中有後臺，無人敢動他。
故此明湖廣礦監稅使四處派人，到大街小巷去公佈明湖廣分巡僉事的罪狀，一時間就引起了士民們的公憤。
3月26日，百姓們集合數萬人，羣起包圍陳奉的礦監稅使衙門，聲言；誓必殺奉，嚇得陳奉狼狽逃匿到楚親王府避難。
但憤怒的羣衆遂把其黨十六人，全部投入長江中溺死。
同時又恨明湖廣總鎮巡撫：支可大，爲惡助虐，焚其湖廣總鎮巡撫衙門，威逼支總鎮巡撫讓他不敢出門。
直到馮應京坐着囚車出來勸解，羣衆們才慢慢離開，但明湖廣礦監稅使依舊在楚親王府儀衛司、楚親王府護衛指揮使司（武昌中護衛）的保護下，一個多月不敢露面。
5月11日，明司禮監太監：孫隆，督稅浙江承宣布政使司、南直隸，駐紮在蘇州府，任意橫徵暴斂，肆意增加苛捐雜稅，致使廣大機戶關廠停產，織工失業。
6月初6日，蘇州府織工：葛賢，毅然領導百姓進行反抗鬥爭，將孫隆的隨員、明蘇州府稅官：黃建節，等六七人投入河中，又放火焚燒明南直隸礦監稅使：湯莘，等人的住宅，還包圍礦監稅使衙門，並要求停止徵稅，史稱「蘇州府民變」。
事後明神宗：朱翊鈞，下令逮捕參加暴動者，葛賢視死如歸，挺身而出，投案自首，捨己救人，被關下獄至萬曆四十一年才獲釋出獄。
7月10日，漠南蒙古永謝布部與漠南蒙古多羅土蠻部合軍進犯大明陝西行都指揮使司鎮番衛，被明延綏總鎮總兵：達雲、明鎮番衛總兵：葛賴，等將領聯軍大破蒙軍，斬首三百七十餘人。
捷報傳至京師後，明神宗爲之祭告太廟、並頒行賞賜，封賞將領。
9月10日，朝廷又起用了被罷免的前任明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成樑，希望他能夠扭轉當時那惡劣的局勢。
在明遼東總鎮總兵：李成樑，上任後依舊採用了，原來對付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，和他兄長的矛盾，大力拉攏他，對他恩禮有加，格外器重。
爲此還讓二子明貴州都指揮同知：李如柏，娶明建州右衛軍民指揮使的二女兒：愛新覺羅·額恩哲，爲妾並建立起親家關係。
從而孤立了明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）以達到建州女真八部的內亂局面。
10月15日，因明建極殿大學士：沈一貫，等人一再疏請，明神宗終於同意冊立明皇長子：朱常洛，爲皇太子。
同時還冊封明皇三子：朱常洵，爲福親王、明皇五子：朱常浩，爲瑞親王、明皇六子：朱常潤，爲惠親王、明皇七子：朱常瀛，爲桂親王，並頒詔佈告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福親王：朱常洵、明皇五子瑞親王：朱常浩、明皇六子惠親王：朱常潤、明皇七子桂親王：朱常瀛，諸藩王亦加冠服藍色冕服九章。
到此歷時十六年之久的「國本之爭」就結束了。
此時李氏朝鮮王國的大臣們，也紛紛上奏明神宗要求冊封李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子撫君司光海君：李琿，爲〈世子邸下〉卻被大明禮部給拒絕。
12月初8日，因遼東都指揮使司開原衛、廣寧衛，兩地馬市，以及義州衛木市屢次遭受兀良哈朵顏衛諸部犯邊，遂被朝廷罷之。
但明遼東總鎮巡撫兼都察院右僉都御史：李植，卻上奏表示；遼東都指揮使司開原衛、廣寧衛兩地馬市以及義州衛木市，的興廢經過，並以事關遼東都指揮使司邊防，還請朝廷儘快商議對策，以決大計。
又以明朵顏衛指揮使：董長昂，等人納降並請開復市，才被明神宗許其奏請。
同時遼東都指揮使司關外的建州女真八部，自明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，起兵之後，勢力就不斷壯大，他還開始創立了［八旗制度］。
所謂的八旗制，是由牛錄製擴充而來的，一牛錄爲三百人，首領稱（牛錄額真）漢譯「佐領」、五牛錄爲一甲喇，首領稱〈甲喇額真〉漢譯［參領］、五甲喇爲一固山，首領稱｛固山額真｝漢譯〖都統〗。
每一固山額真有特定顏色之旗幟，當時建州八部軍共有四個固山額真，分；紅、黃、藍、白，四種顏色之旗幟。
明萬曆三十年公元1602年2月初8日，明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主良淵王：明耶仰達梅（漢名：莽雍罕）親率戰象4百頭、騎兵5千人、士卒5萬人前去攻打蠻莫安撫使司。
還聲言道“緬甸語：開採寶井，漢使令我殺思正以通蠻莫安撫使司道路，吾爲天朝除害！”
又加上木邦軍民宣慰使司也因與明蠻莫安撫使：思正，有仇，就一起發兵助其討伐蠻莫安撫使司。
此刻明蠻莫安撫使得知明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主良淵王前來征討，便修築城防工事準備迎戰，但後來見對方兵馬衆多，自知無力抵抗，便棄城內奔騰越州。
隨即緬軍和木邦軍民宣慰使司兵馬就尾隨而來，歷三宣，越諸關，直抵南甸宣撫使司黃連關，距離騰越州僅有30裡地。
致使騰衝衛城內大爲震驚，明金騰兵備道副使：漆文昌、明騰衝衛左參將：孔憲卿，擔心緬軍會攻破騰衝衛？就決議要殺掉思正，以阻止兵端。
於是就派明騰衝衛把總：鄭有庸，等三人相機行事。
三人藉口保護，引明蠻莫安撫使入永昌衛，但在渡龍川江之時，明騰衝衛把總卻趁明蠻莫安撫使：思正，登象走脫不得，直接用標槍將其刺殺，還割取首級。
其後又派人將屍體送給緬軍。
緬甸史詩《明耶岱巴埃欽》對此寫道：“緬甸語：八莫土司，背叛抗上，奔向大明，遠方逃亡。擊響戰鼓，緊追不放。喧囂往討，望勿窩藏。無由留此，不能魯莽。國事難寧，無利遭殃。烏底勃瓦，反覆思量。來人雖死，將屍送上。大王陛下，重返國邦。”
2月13日，明皇太子：朱常洛，成婚納太子妃：郭倩，其費銀達二百萬兩。
2月16日，明神宗因飲酒過度，加之春宵一刻熬壞了身體突然患病，急召諸大臣至紫禁城仁德門，又命明內閣首輔：沈一貫，單獨入啓祥宮，明神宗對他說道“朕病沉重，前興礦稅，是出於修建三殿、二宮之需，非長久之策，自今開始，礦稅、江南織造、江西燒造，俱止勿行，所遣內監，俱令回京。”
當晚宣讀上述詔書，並說道“對此命令，如有奸惡截阻，以及驛遞應付遲慢者，指名參處。”
可是到了次日，明神宗卻轉危爲安，馬上就反悔，還下令收回詔書，但明內閣首輔不能止，明司禮監太監：王義，正在明神宗身邊，遂力爭道“聖言何可反汗！”
然明神宗不思己過，反而大怒，欲親手殺死王義，但明司禮監太監也不畏死，還進一步力爭，反對明神宗收回成命，終因爲時已晚，無濟於事了！
此後諸大臣、言官們都請罷礦稅之疏不絕，可明神宗皆不理，稅監使們也依舊肆虐如故。
2月21日，因明江西礦監稅使：潘相，及其隨行人員恣橫不法，引起公憤，致使江西承宣布政使司饒州府景德縣萬餘名瓷工發動暴亂，摧毀瓷器廠，燒稅署，打死明江西礦監稅使爪牙陸太守，還斷了江西礦監稅使官員的飲食。
待明江西礦監稅使逃走之後，爲了讓人背鍋就誣奏明饒州府通判：陳奇可，讓他被逮捕下獄。
3月22日，明雲南礦監稅使：楊榮，橫徵暴斂，肆害官民，作惡多端，激起了雲南承宣布政使司騰越州人民首先奮起反抗，殺死了明雲南稅監委官：張安民，焚燬稅廠，史稱「騰越州民變」。
事後明神宗下令逮捕，真正首惡，依律處治，並經廷臣們一再請求，羅列楊榮罪狀以定民心，無辜族人才免遭株及。
明萬曆三十一年公元1603年3月17日，漠南蒙古河套諸部再犯甘州前、後、左、右、中五衛，明太子少保兼右軍都督府左都督：達雲，明陝西總鎮巡撫：李徽猷，等出奇兵設伏，擊敗蒙軍，斬首六十五級，獲牲畜上千只。