而松山堡大戰之後，漠南蒙古河套各部們只能退居到賀蘭山附近，還與青海蒙古諸部屢次聯兵攻掠邊境，尤以是青海蒙古韃靼土默特部首領：孛兒只斤·伊勒登代青（銀定歹成）依舊桀驁不馴。
4月11日，戶部上疏請令有司奉行一條鞭法，既酌量徵收以充公費，不得僉派里長，挨月輪直，以滋苛刻。
1庫役不許僉派民間富戶充當。2不許於預備倉庫僉編計級看管。3條鞭所載供應上官及過往使客，俱有定額，不許分外巧立富民、義民名色，藉以供應。4條鞭夫馬，歲有定額，輸銀在官，而僱役於民，不許遇夫馬緊急，再於糧上重納。5不許以保甲人戶充迎送、色攝罪犯、打卯應差。6不許省祭義民充勾攝管工承委之役。7不許派民當行價值半給，支領衍期。8不許有司於罰贖之外，橫肆科罪，折銀充索。9徵銀不許糧甲串同保歇吏書任意侵沒，徵糧不許糧長串同吏書花戶任意折乾，官收官解，則嚴禁火面。10通行江南直隸府州縣，將一應田土查覈見在戶名，徵糧之日，先行開派，定限收納，拖欠者坐名查比，以免賠累。11凡內庫之生絹、闊布，俱照光祿寺料銀，供用庫麻、蠟，改從官解。
這十一條在戶部奏疏呈上後，得到明神宗：朱翊鈞，批准可其請頒行。
5月初7日，明神宗冊封蜀府：朱奉爵，爲隆昌郡王、唐府：朱器增，爲寶慶郡王，益府：朱常漴，爲安義郡王、朱由核嗣羅川郡王，周府：朱肅濛，嗣柘城郡王、朱肅溱嗣瑞金郡王、朱在預嗣鄢陵郡王。
同時明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟努爾哈赤）帶領族人遷都到赫圖阿拉城，設立了〈建州女真都督府〉。
6月28日，山東承宣布政使司濟南府泰安州大水爲災，淹死男女八百餘人，毀壞民舍數千區。
7月23日，京師大雨不斷，保定府祁州、安肅縣，兩地同時連降暴雨，頃刻間水深一尺餘，拔樹折木、苗稼盡傷，其中祁州因爲大水，田舍俱沒城垣倒圯。
8月初4日，福建承宣布政使司泉州府發生洪水，溺死萬餘人，毀壞民居不計其數，該府同安縣還颶風大作，暴雨隨至，海溢潮涌，沖壞民居、死人無數。
9月11日，江北地方及鄰近各布政司州府縣，因災傷重大，不斷髮生饑民造反事端。
因而有明鳳陽行都督府漕運巡撫：李三才，稱“近月來江北各處大風拔木，洪水滔天，饑民蜂起，南直隸徐州有趙古元造反、鳳陽行都督府毫州有李大榮造反、河南承宣布政使司歸德府睢州則有楊思敬造反！陛下每有徵求，心說內府匱乏，其實不然，陛下所謂匱乏者，黃金未遍地，珠玉未滿天而已。小民無食，重以徵求，而且鞭撻無時，官惟丐罷、民惟請死。陛下毋謂臣禍亂之言爲未必然，若已然，將置陛下於何地！”
但此疏呈上後，明神宗：朱翊鈞，卻置之不理。
11月初6日，明神宗命令戶部撥給明福親王：朱常洵，每年祿米一萬石，今在京每年先支給三千石，大明通行寶鈔一萬貫，待正式到藩府之後，全數供給。
12月26日，明福親王在京被明神宗選立女子：郭青雪，納爲側妃，結爲良緣共度一生。
明萬曆三十二年公元1604年正月18日，在帝都京城內發生一件浩浩蕩蕩的大喜事，乃是大明神宗萬曆顯皇帝：朱翊鈞，的皇三子明福恭親王：朱常洵，舉行的成親儀式。
此次禮節規模龐大，明神宗還特意從戶部開出30萬兩黃金，專門用來籌辦這場隆重的婚禮。
席間最先到達的除了明神宗與明王皇后：王淑蓉，其次就是明皇太子：朱常洛，與各大附屬國使者、都指揮使、總鎮總兵、六部尚書、都察院，等文武官員們皆前來祝賀。
這次明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，也發來賀禮，就連諸位親王也率先趕來，郡王們紛紛把賀品交由禮部，就這樣明福恭親王與明恭親王妃：郭青雪，就在京城舉行婚禮。
6月11日，京畿順天府昌平州大雨，浸壞了宗廟；明成祖燕王永樂文皇帝：朱棣，的「長陵」、明孝宗弘治敬皇帝：朱佑樘，的〈泰陵〉、明武宗正德毅皇帝：朱厚照，的（康陵）、明穆宗裕王隆慶莊皇帝：朱載垕，的［昭陵］，導致石渠及陵牆開裂。
至7月初1日，京城各地又連降大雨，續兩月不止，外城正陽門、崇文門一帶，城垣中陷者七十餘丈，民居多壞。
明神宗遂發太倉庫銀十萬兩救濟被水淹居戶，而永平府、保定府、真定府各州縣亦大雨不止，溺死男女無數。
9月10日，明戶部尚書：趙世卿，奏報稱“各鎮下半年年例通該給發銀一百五十七萬八千餘兩，今查本庫實在各項只有四千五百六十五兩，無從給發，乞借發老庫銀若干，馬價銀若干。”
於是明神宗下詔借支太倉庫銀二十萬兩、太僕寺銀三十萬兩，作速解邊，以濟邊鎮之急，待日後有餘時，務補足歸還。
9月20日，明楚親王：朱華奎，賄賂明內閣首輔兼東閣大學士：沈一貫，讓通政司不報明楚親王府鎮國將軍：朱華勣，奏報的僞楚子嗣案件，指；現任明楚親王：朱華奎，與其弟明宣化郡王：朱華壁，俱不屬於明楚恭親王：朱英㷿，所生子嗣。
因爲明楚親王：朱華奎，是明楚恭親王妃：王蘭英，的哥哥：王如言，侍妾：尤金梅，所生的兒子。
而明宣化郡王：朱華壁，則是明楚恭親王妃族人：王如綍，的家人：王玉，的兒子，兩人都是在出生數月後，被抱到楚親王府中撫養。
這種說法得到了楚藩宗室明東安郡王：朱英燧、明武岡郡王：朱華增，等多人的支持，由此引發了一場曠日持久的楚親王血統之爭，朝廷對宗室血統出現混亂極爲重視，處罰極其嚴厲。
畢竟當年漢親王府就曾發生過，抱養異姓人，用來冒充宗室子弟的惡例，使得已故明漢陰恭懷郡王：朱徵鍉，被廢爲庶人，明漢陰郡王母妃：平倩、明漢陰郡王妃：周文秀，以及冒封的明漢陰郡王：朱偕汪、明安良縣主：朱鳳兮，均遭斬殺。
首犯明漢陰郡王岳父：周恂，被凌遲處死，妻妾子女都被殺了頭，受牽連之人都被斬殺、流放。
包括晉親王府也被曝光了類似的事件，因明鎮國將軍：朱鍾鏕，無嗣，於是與夫人：張氏、岳父：張瑁、岳母：孫氏，合謀找了張氏懷孕的弟媳婦入府產子，用來冒稱自己的兒子。
同出自晉王藩系的明方山郡王：朱鍾鋌，也爲他們遮掩，在成功誕下男嬰之後，奏請朝廷爲這個男孩賜名爲（朱奇漺），並授予封爵。
同時明方山郡王也被告發其他各種不法行爲，使得明方山郡王被廢並通報批評，朱鍾鏕被削封號之後，張瑁夫婦便被處斬，朱奇漺則被賜自盡。
因而反被判以誣告罪，使得楚親王府宗人們皆不服，俱稱楚親王僞跡昭著，行賄有據。
還上京告御狀，可明神宗非但不聽，還下旨切責諸楚親王府宗人們罰祿削爵。
之後明楚親王又獻銀一萬兩資助大興土木，但諸楚藩宗室疑其輸賄？特意渡江攔劫，明湖廣總鎮巡撫：趙可懷，令有司抓捕治理楚藩宗室。
使得楚藩宗室懷恨趙總鎮巡撫治獄不公，故意庇護楚親王殿下。
9月24日，楚藩宗室們集結了數百人，各自持刀闖入湖廣總鎮巡撫衙門內，當場殺死趙總鎮巡撫。
一時間人心洶涌，官員紛紛逃避，惟獨明湖廣佈政司使右參政：薛三才，與明湖廣提刑按察使：李燾，堅守崗位。
再由明湖廣總鎮巡按：吳楷，向朝廷宣告楚藩宗室叛變消息。
事後明神宗急命南鎮撫司錦衣衛提騎逮捕諸楚藩宗室，共有七十三人坐獄問罪，成爲當時轟動遠近的大案。
同時將爲首的楚藩宗室：朱蘊鈐、朱蘊鍧，處斬，賜朱華堆等三人自盡，朱華嫶等二十三人禁錮獄中，朱蘊鈁等二十二人革職閒住，朱蘊鎏等十八人降爵革祿，並停其待封者。
明萬曆三十三年公元1605年正月初5日，青海蒙古韃靼土默特部首領：孛兒只斤·伊勒登代青（銀定歹成）爲報復明軍襲破松山堡之仇，便聯合漠南蒙古鄂爾多斯部首領：孛兒只斤·賓兔、漠南蒙古右翼土默特部臺吉：孛兒只斤·沙赤星，一起發兵攻打大明帝國陝西行都指揮使司鎮番衛。
結果被明陝西總鎮總兵：達雲，派遣明陝西都指揮僉事：柴國柱，出兵給打敗，並斬首二百多人，還繳獲衆多馬、駝及軍械。
2月11日，尼德蘭王國（荷蘭）何屬東印度公司，開始入侵大明帝國福建承宣布政使司臺灣府澎湖巡檢司，並伐木建房。
還派遣大明商人：李錦、郭震，向地方官上報大明天子準備通商的消息，當即就被拒絕。
明福建總鎮巡撫兼都察院右僉都御史：徐學聚，下令禁止漁民下海，斷了尼德蘭人的經濟，導致尼德蘭人被迫撤走，之後又反攻臺灣府奪取了澎湖巡檢司開始設防。
3月初1日，青海蒙古諸部又大舉入侵，依舊被明陝西總鎮總兵：達雲，等將領指揮將士們分道截擊，並生擒其首領厄魯特蒙古臺吉：孛兒只斤·沙賴，導致蒙軍餘部敗逃。
4月27日，明神宗命明通政司右通政：陳子貞，等十二人爲正使、明中書舍人：莊元臣，等十二人爲副使，冊封周王系宗人：朱在錝，爲奉新郡王、朱勤煘，爲義陽郡王、朱在壑，爲安吉康和郡王。