冊封益王系宗人：朱由棅，爲安仁郡王，冊封榮王系宗人：朱載珁，爲貴溪郡王，冊封魯王系宗人：朱壽鍈，爲東原郡王、朱以浩，爲安丘郡王、朱壽碒，爲鄒平郡王。
冊封楚王系宗人：朱盛浮，爲通城郡王，冊封蜀王系宗人：朱奉𨨫，爲南川郡王，冊封沈王系宗人：朱效鑍，爲保定郡王、朱效鋞，爲沁水郡王。
冊封秦王系宗人：朱誼侃，爲永壽康裕郡王，冊封晉王系宗人：朱敏淴，爲河東郡王，冊封遼王系宗人：朱術𨥉，爲蘄水郡王。
6月11日，漠南蒙古內喀爾喀巴嶽特部老薩貝勒：孛兒只斤·答補，的侄子：孛兒只斤·恩格德爾，爲了東去大明帝國遼東都指揮使司嚮明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟努爾哈赤）示好，並獻馬二十匹。
因爲要入境，就必須經過遼東都指揮使司慶雲堡，再走開原衛過鬆山堡在南下入建州女真八部地界。
但是入境的話，如果沒有赦書，又不是商隊，外加邊境不太安定，魚龍混雜，難免少不了帶些私兵，如此一來就成了明軍重點關注的對象。
首先是明慶雲堡守備：熊錀，在得知有一批漠南蒙古內喀爾喀私兵，無赦書的情況下私自入境時，立馬派兵攔截。
這讓孛兒只斤·恩格德爾，一行人大吃一驚！
不過隨行隊伍中包括有漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗：孛兒只斤·齋賽，也在其中，狡猾的他就謊稱是要去參加開原衛的。
可這畢竟是私自入境，要是抓回去還能邀功請賞，故此明慶雲堡守備是不會放過大好時機的，他直接下令士兵準備進攻，卻被漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗提前動手，抓獲了明慶雲堡守備。
想利用他來通關，前去開原衛馬市，在過鬆山堡，畢竟只要到了開原衛馬市，入境之事就會不了了之，明軍最多也就是防備一下慶雲堡罷了！
帶着這個想法漠南蒙古內喀爾喀部一行人就繼續出發了。
卻不料到，明慶雲堡守備寧死不屈，在途中反抗，慘遭殺害以身殉國，也讓漠南蒙古內喀爾喀一行人改變想法，只能伴做商隊，混在別支商隊中進入開原衛。
隨後在經過層層關卡後，終於來到了建州女真八部境內，大喜過望的明建州左衛軍民指揮使對孛兒只斤·恩格德爾，等一行人非常的友好，贈送了他們豐厚的禮物，拉近彼此間的關係。
對此孛兒只斤·恩格德爾與漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗也都很感動。
9月25日申時，京師發生小規模地震，自東北向西南行，連震二次。
此時京軍三大營官軍前往京師內城盔甲廠領取盔甲火藥，而監放火藥的明兵仗局掌印太監：臧朝、明提督軍器庫太監：王才，因壇內舊火藥已結成硬塊，不便分發！
於是就命令工匠用鐵斧劈開。
可結果卻造成了爆炸，聲若雷霆，火槍、火箭等，均進射百步之外，還燒死明兵仗局掌印太監：臧朝，以及明五軍營把總：傅鍾，等十人、明神機營把司：李仲保，等八十三人。
其局內工匠人等，包括街市經過居民，死傷者多不可稽，焚燬明時坊五處！
10月初7日，明蠻哈守備：李天常，前往蠻哈守備任職，剛行至橄欖坡驛時，就聽到“有鳥常徹夜鳴，甚悲。”
這讓明蠻哈守備感到很奇怪，便詢問當地夷人，而夷人卻告訴他，“啓稟大人，自前任蠻莫安撫使：思正，死後，此處即有此鳥，應爲思正之魂魄。”
並嚮明蠻哈守備敘述了思正的冤死之狀。
這讓明蠻哈守備感觸頗深，連忙向天禱告“若果思正，當爲爾復仇復地。”
話音剛落鳥遂不鳴，由此故事可以看出，當地夷人對思正內附，卻被殺的遭遇十分憤慨和悲痛。
就連明楚雄府副總兵：鄧子龍，當年也說過“我堂堂大明天朝，若不能爲內奔者作張主，何以威遠？”
而殺思正退緬軍的做法，也使大明帝國的權威在雲南承宣布政使司西部邊地土司心中一落千丈，均認爲；內附不保首領、土地，而附緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝才得安全！
11月14日，明皇太子才人：王瑤英，成功誕下明皇長孫：朱由校，但其地位卻與婆婆明王恭妃：王淑蓉，一樣不受自己夫君待見！
12月初1日，自萬曆二十四年設礦監稅使以來，廷臣們上疏諫阻者不下百餘次，但明神宗：朱翊鈞，卻俱不聽，以致於礦監稅使四出，大肆虐民，流毒全國，結果是民窮財竭，各地騷動暴亂。
而萬曆二十五年至萬曆三十三年近十年間，各礦監所進礦銀不足三百萬兩，至於不計其數的金珠、寶玩、貂皮、名馬則俱爲大明天子所有。
導致內閣大臣們再次極論礦稅害民狀，又言“開礦破壞天下名山大川，盡傷靈氣，恐對陛下身體大爲不利，只有急停開礦，靈氣才能恢復。”
爲此明神宗於12月初2日，下詔罷天下礦稅，以稅務收歸有司，以歲輸所入的一半歸於內府，另一半歸戶、工二部，時稱“停礦分稅”。
然而礦監稅使們卻並沒有撤回來，其害一直延續到明神宗病死，方告結束。
明萬曆三十四年公元1606年正月24日，由於明神宗下詔罷免全國礦稅，所以遭到平時獲利的礦監稅使們的反抗，明陝西稅監礦使：樑永，不僅堅持不撤陝西承宣布政使司咸陽縣、陝西都指揮使司潼關衛，兩地的稅役，且糾集無賴縱橫苛徵，漁肉百姓，濫捕無辜百姓數十人，橫加拷掠，勒索民財，致使人心惶惶。
因此明陝西總鎮巡撫兼都察院右副都御史：顧其志，爲平民憤，將首要分子明陝西稅監右少監：王遇義，等人依法治罪。
這讓明陝西稅監礦使大爲惱恨，伺機報復。
此時其黨咸陽縣百姓：胡奉因，與明咸陽縣知縣：陳時濟，積有私怨，就即唆使明陝西稅監礦使令取咸陽縣絨氈一千五百件，價值計銀四千兩。
因而被明咸陽縣知縣給拒絕，怒而不給，被明陝西稅監礦使誣告明咸陽縣知縣抗旨劫稅，遭到明神宗下令逮捕明咸陽縣知縣！
正月28日，雲南承宣布政使司邊境上的蠻莫安撫使司、孟養長官使司，相繼失陷！
2月11日，由於明皇三子福親王：朱常洵，出生時即封其生母明鄭貴妃：鄭妙瑾，爲皇貴妃，而對明皇長子：朱常洛，之生母明王恭妃：王淑蓉，卻遲遲不依廷臣之請進封爲皇貴妃。
在未立皇太子之時，此事就曾引起種種猜測，鬧得滿城風雨，現在明神宗剛剛覺悟，開始進封明王恭妃爲〈皇貴妃〉。
3月初6日，明雲南稅監礦使：楊榮，長期恣行威福，破壞祖宗制度，奏開寶井，又脅迫當地土司獻地開礦，致使邊境不安，外夷乘機用兵，犯我邊民。
被明雲南總鎮巡按：宋興祖，上疏彈劾，但明神宗卻不理！
使得明雲南稅監礦使由是怙寵益橫，也讓雲南承宣布政使司各族人民無不恨之入骨，首先由騰越州人民發起暴動。
此時明雲南礦監稅使非但不懸崖勒馬，改弦更張，反而還怙惡不悛，先將孝敬財寶不足的幾位知府投入比刑部牢獄，還慘毒百倍的北鎮撫司錦衣衛「詔獄」。
還將抗擊開礦的明越州衛指揮使：樊高明，打斷肋骨後戴枷示衆，又以求馬不獲繼續毒虐，殘酷殺害居民數千人。
還進一步以取馬四十匹不足數爲由，擅自逮捕了明平夷衛指揮使：賀瑞鳳，且令明廣南衛指揮使：於可繼，等人大肆宣稱要盡捕；雲南前衛、雲南後衛、雲南左衛、雲南右衛、雲南中衛、曲靖衛，這六個衛的將領問罪。
弄得人人自危！
3月11日，明雲南前衛指揮使：賀世勳、明曲靖衛指揮使：韓光大，等將領忍無可忍，帶領冤民萬餘人，衝入楊礦監稅使的官署，放火焚燒，並殺死楊榮，爲民申冤，還斬殺其黨二百餘人，釋放奴隸百人。
明神宗：朱翊鈞，得知明雲南礦監稅使被殺後，數日不進食，且欲逮問守土官。
但經過明東閣大學士：沈鯉，再三勸解，以及明司禮監左少監：陳矩，詳細分析利害，明神宗才怒氣稍消，命令只殺明雲南前衛指揮使一人。
4月初9日，因貴州承宣布政使司石阡府苗民長官使司有叛變行爲，故此明貴州總鎮巡撫：郭子章，就命明貴州總鎮總兵：陳璘，率部一萬人攻打苗民長官使司附近的水硍山。
攻克了水硍山之後，又移師到新添屯，獨攻東路，又攻克後，讓苗民長官使司完全與外界切斷，才安定下來投降明軍。
5月13日，參加萬曆朝鮮戰爭的福建承宣布政使司漳州府漳浦縣同里人士，明鎮海衛守備：劉志邁，被罷回家之後，與明同裡庠生：程可兆，等人暗中組織羣衆千餘人，共圖起事。
5月18日晚，劉志邁帶領衆人在漳浦縣城教場上祭旗，約定於第二天發動起事，卻不料遇大風雨，便改爲5月25日，並分衆人各自二百人於城內外相互呼應。
同裡百姓：李調梅，得知此消息後，密告明漳浦縣知縣：黃應舉，讓他主持公道。
5月21日，漠南蒙古內喀爾喀翁吉喇部大汗：孛兒只斤·齋賽，又聯絡了一批漠南蒙古內喀爾喀五部的貝勒們，攜帶好駱駝和馬匹，拿出之前繳獲的赦書，繼續化妝成商隊前去見建州女真八部。
在拜見了明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟努爾哈赤）之後，就爲他奉上了〈昆都倫汗〉的汗號。
對此明建州左衛軍民指揮使很是高興，再次賞賜給他們很豐厚的禮物。